病原菌是麻風杆菌。在光學顯微鏡下完整的杆菌為直棒狀或稍有彎曲，長約2～6微米，長約0.2～0.6微米，無鞭毛、芽孢或莢膜。非完整者可見短棒狀、雙球狀、念珠狀、顆粒狀等形狀。數量較多時有聚簇的特點，可形成球團狀或束刷狀。在電子顯微鏡下可觀察麻風杆菌新的結構。麻風杆菌抗酸染色為紅色，革蘭氏染色為陽性。離體後的麻風杆菌，在夏季日光照射2～3小時即喪失其繁殖力，在60℃處理一小時或紫外線照射兩小時，可喪失其活力。一般應用煮沸、高壓蒸氣、紫外線照射等處理即可殺死。
麻風病人是麻風杆菌的天然宿主。麻風杆菌在病人體內分布(以瘤型一端病人為例)比較廣泛，主要見於皮膚、粘膜、周圍神經、淋巴結、肝脾等網狀內皮係統某些細胞內。在皮膚主要分布於神經末梢、巨噬細胞、平滑肌、毛帶及血管壁等處。在粘膜以甚為常見。此外骨髓、睾丸、腎上腺、眼前半部等處也是麻風杆菌容易侵犯和存在的部位，周圍血液及橫紋肌中也能發現少量的麻風杆菌。麻風杆菌主要通過破潰的皮膚和粘膜(主要是鼻粘膜)排出體外，其它在乳汁、淚液、精液及陰道分泌物中，也有麻風杆菌，但菌量很少。
麻風病的傳染方式 主要是直接接觸傳染，其次是間接接觸傳染。
1、直接接觸傳染這種方式是健康者與傳染性麻風病人的直接接觸，傳染是通過含有麻風杆菌的皮膚或粘膜損害與有破損的健康人皮膚或粘膜的接觸所致。這種傳染情況最多見於和患者密切接觸的家屬。雖然接觸的密切程度與感染發病有關，但這並不排除偶爾接觸而傳染的可能性。
2、間接接觸傳染這種方式是健康者與傳染性麻風患者經過一定的傳播媒介而受到傳染。例如接觸傳染患者用過的衣物、被褥、手巾、食具等。間接接觸傳染的可能性要比直接接觸傳染的可能性小，但也不可能忽視。
3、其它傳染方式從理論上說，麻風菌無論通過皮膚、呼吸道、消化道等都有可能侵入人體而致成感染。近來有人強調呼吸道的傳染方式，認為鼻粘膜是麻風菌的主要排出途徑，鼻分泌物中的麻風菌在離體後仍能存活相當的時間，帶菌的塵埃或飛沫可以進入健康人的呼吸道而致感染。也有人指出，以吮血蟲為媒介可能造成麻風的傳染。然而，對這些看法尚有爭論。而且在麻風的流行病學方麵還未能得到證實。
必須指出，盡管目前尚無足夠的證據肯定什麼是主要的傳染途徑，但要機體的抵抗無疑是在傳染過程中起主導作用的因素。一個傳染性患者的周圍人群受到感染的機會雖然相似，但發生麻風的畢竟是少數。麻風院(村)附近的地區，麻風發病率也並不高，即使是麻風患者的配偶，患病率一般不超過5%。此外約有2/3的麻風病人並問不出麻風接觸史。這些都表明，多數長期密切接觸者並不發病。麻風杆菌進入人體後是否發病以及發病後的過程和表現，主要取決於被感染者的抵抗力、也就是機體的免疫狀態。近年來不少人認為，麻風病也和其他許多傳染病一樣，存在有亞臨床感染(Subcllinicalinfection),借以說明麻風病的感染率要比發病率高得多，絕大多數接觸者在感染後建立了對麻風菌特異性免疫力，以亞臨床感染的方式而終止感染。
