引起肛門劇痛的病因主要有以下幾種：
1.肛周膿腫:本病較常見,就是俗稱為“膿包”的疾病。肛門旁可以捫及一個腫塊，觸痛明顯，如果位置較深可以伴有發燒。此病疼痛較劇烈，活動時加劇，如果位置較淺可自行破潰並有膿汁流出。治療：立即手術行膿腫一次性根治術，每日換藥2次，如果僅僅單純排膿，可能再次複發。膿汁不放出，光靠輸液用消炎藥有時治療無效，切開後疼痛立即大大地緩解。
2.內痔嵌頓:常見於患有混合痔的患者,因大便幹燥、蹲時間長、著涼、著急上火等多種原因，導致混合痔發炎水腫，內痔脫出，由於肛門括約肌痙攣，使脫出的內痔血液循環不暢，進一步加重水腫，形成惡性循環，越腫越大，產生劇烈的疼痛。
治療：立即到肛腸醫院在麻醉狀態下，使肛門括約肌鬆弛，將脫出部分送回肛門內，經過抗炎和局部換藥使炎症消退，再通過手術徹底根治。
3. 肛裂:一般疼痛能夠忍受，但有個別病例也能產生劇烈的疼痛，往往發生在排便後，疼痛時間幾十分鍾至幾小時不等。慢性肛裂可以引發多種肛腸疾病，最多見的是肛周膿腫和肛瘺。
治療：這樣程度往往需要手術治療。
4. 肛管直腸癌晚期:劇痛
治療：藥物止痛無其他方法。
5. 肛門異物:疼痛較劇烈，有時可以並發肛門膿腫。一般是由於不慎誤吞魚刺、棗核、排骨等物，排便時卡在肛門口，刺入肛門的組織並引起局部感染。
