腸結核一般都由人型結核杆菌引起，偶有因飲用帶菌牛奶或乳製品罹患牛型結核者，結核杆菌侵犯腸道的主要途徑有：
一、胃腸道感染 為腸結核的主要感染方式，患者原有開放性肺結核，因經常吞咽含有結核菌的自身痰液而繼發感染;或經常與肺結核患者密切接觸。又忽視消毒隔離措施可引起原發性腸結核。 結核杆菌被食入後，因其具有含脂外膜，多數不被胃酸殺滅。病菌到達腸道(特別是在回盲部)時，含有結核杆菌的食物已成食糜，有較大機會直接接觸腸粘膜，同時因回盲部存在著生理性瀦留及逆蠕動
二、血行播散 血行播散也是腸結核的感染途徑之一。見於粟粒型結核徑血行播散而侵犯腸道。
三、鄰近結核病灶播散 腸結核還可由腹腔內結核病灶直接蔓延而引起，如輸卵管結核、結核性腹膜炎、腸係膜淋巴結核等。此種感染係通過淋巴管播散。 結核病和其它許多疾病一樣，是人體和細菌(或其它致病因素)相互作用的結果。隻有當入侵的結核杆菌數量較多、毒力較強，並有機體免疫功能異常(包括腸道功能紊亂引起的局部抵抗力削弱)時，方能致病。
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