病理性尿痛的病因很多，但主要是膀胱及尿道疾病。
常見病因有：①膀胱尿道受刺激：最常見為炎症性刺激，如腎盂腎炎、腎結石合並感染、腎結核、膀胱炎、尿道炎、前列腺炎、陰道炎。在急性炎症和活動性泌尿係結核時最為明顯。非炎症性刺激如結石（膀胱結石、尿道結石、輸尿管下1/3段結石等）、腫瘤（膀胱、尿道、前列腺腫瘤等）、膀胱或尿道內異物、膀胱瘺和妊娠壓迫等刺激。
②膀胱容量減少：如膀胱占位性病變，或膀胱壁炎症浸潤、硬化、攣縮所致膀胱容量減少。
③膀胱神經功能調節失常：見於精神緊張和癔病，可伴有尿急，但無尿痛。
症狀病因
⑴排尿開始時尿痛明顯，或合並排尿困難者，病變多在尿道，常見於急性尿道炎。
⑵排尿終末時疼痛，且合並尿急者，病變多在膀胱，常見於急性膀胱炎。
⑶排尿末疼痛明顯，排尿後仍感疼痛，或覺“空痛”，或不排尿亦痛者，病變多在尿道或鄰近器官，如膀胱三角區炎、前列腺炎等。
⑷排尿突然中斷伴疼痛或尿瀦留：見於膀胱、尿道結石或尿路異物。
⑸排尿不暢伴脹痛：老年男性多提示前列腺增生，亦可見於尿道結石。
⑹排尿刺痛或燒灼痛：多見於急性炎症刺激，如急性尿道炎、膀胱炎、前列腺炎、腎盂腎炎。
在診斷時除仔細問診與體格檢查外，在尋找病因時，應首先作中段尿細菌培養。若尿菌落數≥105/mL，則尿路感染診斷可以成立，此時應進一步確定上、下尿路感染，可作尿液抗體包裹細菌檢查，或尿溶菌酶和尿FDP的測定，必要時作輸尿管導尿法或消毒膀胱尿培養法以區別上、下尿路的感染。尿路造影檢查可查明尿路異常等尿路感染的易患因素及複發的原因。腎功能測定可以了解腎功能狀態和估計病變的程度，從而指導臨床用藥及對預後的判斷。若中段尿細菌培養多次陰性者，應進一步尋找尿路刺激症狀產生的其他原因，如結核、膀胱腫瘤和急性尿道綜合征。
