1、慢性腹瀉或腸功能紊亂者，疑及腸阿米巴病;
2、典型的痢疾樣粘液血便，中毒症狀輕，有反複發作傾向，糞便鏡檢找到吞噬紅細胞的溶組織內阿米巴滋養體，可確診為腸阿米巴病;
3、有典型症狀但糞便未發現病原體時，可借助血清學檢查或在謹慎觀察下應用特效、窄譜殺阿米巴藥，如有效可作出臨床診斷。預後 一般良好。無並發症患者及達到有效病原治療的患者預後良好。有腸外病愈正或暴發型者預後差。
糞便量多的鑒別診斷：
1、輕型 臨床症狀不明顯，間歇出現腹痛、腹瀉，糞便中有包囊。常為致病性與非致病性蟲主混合感染。腸道病變輕微，有抗體形成，當肌體抵抗力下降時，可發生痢疾或肝膿腫症狀。
2、普通型 包括急性與慢性兩種表現，全身症狀輕，無發熱，起病緩慢呈間歇性腹瀉又稱阿米巴痢疾。典型急性表現為粘液血便呈果醬樣，每日10餘次，便量中等，糞質較多，有腥臭，答辯鏡檢可發現滋養體。本型的基本表現為結腸直腸炎熱，症狀輕重與病變程度有關，如病變局限於盲腸、升結腸、粘膜潰瘍較輕時有便此次增多，偶血便，潰瘍較時表現為典型緩解，未經治療或治療不徹底者易複發或轉入慢性。慢性者各種症狀可交替持續數月或數年，反複遷延發作後可致貧血、乏力、腹脹、排便規律改變或腸道功能紊亂，體檢觸及結腸增厚與壓痛。大便鏡檢可有滋養體和/包囊。
3、重型 起病突然，高熱，先有較長時間的劇烈腸絞痛，隨之排出粘液血性或血水樣大便，每日10輿論額次，伴裏急後重，糞便量多，伴有嘔吐、失水，甚至虛脫或腸出血、腸穿孔或腹膜炎。本型少見常發生在感染嚴重、營養不良，孕婦或接受激素治療者。
注意飲食衛生。對慢性腹瀉者應及時檢查，如為腸阿米巴病患者或帶包囊者須進行徹底治療並與腸道隔離。如為餐飲業人員應暫調離工作。大力消滅蒼蠅和蟑螂，加強糞便管理亦很重要。
