雖然局灶性蜂窩織炎，肌炎和擴散性肌壞死症各有明顯的臨床特征可以鑒別，並且得到相應的治療。但常需詳盡的手術探查傷口，和肉眼觀察受累的組織才能確診。例如，肌壞死症時，可觀察到壞死的肌組織，受累的肌肉呈無光澤的品紅色，然後深紅色最後為灰綠色或紫斑色。X線檢查可顯示局部產氣，CT和磁共振可幫助確定氣體和壞死的範圍。
傷口滲出物應送檢培養厭氧和需氧菌，梭狀芽胞杆菌可從純培養分離獲得，也可與其他厭氧菌或/和需氧一起培養。塗片可顯示為革蘭氏陽性梭狀芽胞杆菌。典型的滲出物中幾乎沒有多形核白細胞，用蘇丹染色可顯示遊離的脂肪球。很多外傷，特別是開放性外傷，可同時被致病性和非致病性梭狀芽胞杆菌汙染而無明顯的侵襲性疾病，這種情況的意義需從臨床角度來判斷。
梭狀芽胞杆菌傷口感染，可表現為局灶性蜂窩織炎，局部或擴散性肌炎，或最為嚴重的進行性肌壞死(氣性壞疽)。感染可在受傷後數小時或數日後發生，常發生於嚴重擠壓傷或穿透傷後組織壞死的肢體，類似的擴散性肌炎或肌壞死症也可發生於手術傷口，特別是有閉塞性血管病的病人。
傷口感染的鑒別診斷：
其他厭氧或需氧性細菌，包括腸杆菌和類杆菌，鏈球菌和葡萄球菌屬，單獨或混合感染，常可引起外傷性或手術後傷口的嚴重梭狀芽胞杆菌樣蜂窩織炎，廣泛的筋膜炎或氣性壞疽。若塗片顯示大量的多形核白細胞和大量呈鏈狀排列的球菌，則應考慮厭氧性鏈球菌或葡萄球菌感染。大量的革蘭氏陰性杆菌可表明係某種腸杆菌或類杆菌感染(見下文混合性厭氧菌感染)。測定傷口或血液中的特異性抗原毒素僅對少數通過外傷獲得的肉毒中毒病例有幫助。梭狀芽胞杆菌也可出現,但無重大意義。
治療取決於病情的嚴重程度和感染部位，若在培養中意外發現梭狀芽胞杆菌而無厭氧菌感染的臨床表現，則不必治療。但若出現臨床感染，則應憑經驗迅速及時地應用抗生素。
徹底引流和清創常比抗生素更重要，青黴素G仍是抗梭狀芽胞菌的首選藥物，對嚴重蜂窩織炎和肌肉壞死症，應立即給1000萬~2000萬u/d靜脈滴注。雖然耐藥性罕見，但某些分枝梭狀芽胞杆菌菌株已發生相對耐藥性。治療梭狀芽胞杆菌感染時，甲硝唑有相同的療效。而氯黴素和甲硝唑對大多數厭氧菌有效，包括梭狀芽胞杆菌和某些對紅黴素，四環素和克林黴素耐藥的菌株。若存在其他厭氧菌或需氧菌，則應早期應用廣譜抗生素(如替卡西林與克拉維酸鉀合用或氨苄青黴素與舒巴坦合用)。第3代頭孢菌素或克林黴素與氨基糖苷類合用，可用於某些梭狀芽胞杆菌混合感染，但這些抗生素的療效相對差些，並且，梭狀芽胞杆菌已對氨基糖苷類產生耐藥性。
對傷口肉毒中毒，早期給特異性或多價抗毒素是有價值的。
高壓氧治療對廣泛肌肉壞死症(特別是肢體的)可能有幫助，可作為抗生素和外科手術治療的補充療法。高壓氧療法似乎有潛在的組織搶救作用，若早期進行高壓氧治療，可降低病死率和發病率。
