頭部受到打擊或身體其他部位受到撞擊，可使腦幹撞擊在小腦幕裂孔的切跡緣上或枕骨的斜坡上，或沿縱軸向下劇烈移動或扭轉而造成腦幹的損傷；或頭部外傷導致顱骨嚴重變形，通過腦室內腦脊液衝擊造成中腦導水管周圍或四腦室底的損傷。原發性腦幹損傷常合並有大腦半球彌漫性損傷。
原發性腦幹損傷可出現中樞性高熱、消化道應激性潰瘍、頑固性嗝逆，出現肢體的癱瘓、中腦損傷、去大腦強直等。危機患者生命，要及時治療。
原發性腦幹損傷的典型表現多為傷後立即出現持續昏迷狀態，昏迷深淺程度不一，少數輕者對痛刺激可有反應，但嚴重時常呈深度昏迷，一切反射均消失，四肢軟癱，生命體征明顯紊亂。損傷在中腦下部、橋腦上部時，表現為呼吸節律紊亂；損傷在橋腦下部時，出現抽泣樣呼吸；損傷在延髓部位時常出現呼吸停止。在腦幹損傷的早期，由於處於急性腦休克階段，全部反射可消失，常不能查出錐體束征；待病情穩定後，表現為肢體癱瘓、肌張力增高、腱反射亢進及病理反射陽性等。四肢肌張力由增高變為鬆弛無力時，表示病情危重。腦幹損傷後常出現其他髒器功能異常，如消化道出血、肺淤血或急性肺水腫等。因此，此類病人易於發生肺部感染等並發症。
原發性腦幹損傷往往與腦挫裂傷或顱內出血同時發生，臨床症狀複雜因此，除少數，於傷後立即出現腦幹損傷症狀又沒有顱內壓增高患者者外，其餘大部分病人均需借助CT或MRI檢查始能明確診斷輕症腦幹損傷可按腦挫裂傷處理原則進行治療，能使部分病人恢複重症腦幹損傷則療效甚差，其死亡率幾乎占顱腦損傷死亡率的三分之一，若腦橋、延髓平麵受損，則救治希望很少急性期主要是給予激素、脫水、降溫、吸氧治療，糾正呼吸和循環紊亂，盡可能的維持機體內、外環境的平衡注意該類患者意識障礙時間長，需盡早行氣管切開，對於血壓不穩定的病例慎用脫水劑恢複期應著重於腦幹功能的改善，可用促醒藥物，高壓氧艙治療，防治並發症
1、CT檢查：因受後顱窩骨偽影幹擾，對輕度腦幹損傷診斷困難。常見的CT表現為環池、基底池消失，腦幹內小的的高密度出血灶，或低密度的水腫區。
2、MRI檢查：是診斷腦幹損傷最理想的方法，可清晰顯示損傷的部位、程度。但早期病情危重患者常難以采用該檢查。
3、腰椎穿刺：顱內壓多不增高，腦脊液中紅細胞增多。
原發性腦幹損傷患者對飲食無特殊要求，在經過治療以後推薦患者保證合理膳食習慣：保持清淡飲食。多吃新鮮蔬菜及水產品。禁食辛辣刺激性的食物。
原發性腦幹損傷往往與腦挫裂傷或顱內出血同時發生，臨床症狀複雜。因此，除少數，於傷後立即出現腦幹損傷症狀又沒有顱內壓增高患者者外，其餘大部分病人均需借助CT或MRI檢查始能明確診斷輕症腦幹損傷可按腦挫裂傷處理原則進行治療，能使部分病人恢複。重症腦幹損傷則療效甚差，其死亡率幾乎占顱腦損傷死亡率的三分之一，若腦橋、延髓平麵受損，則救治希望很少。急性期主要是給予激素、脫水、降溫、吸氧治療，糾正呼吸和循環紊亂，盡可能的維持機體內、外環境的平衡。注意該類患者意識障礙時間長，需盡早行氣管切開，對於血壓不穩定的病例慎用脫水劑。恢複期應著重於腦幹功能的改善，可用促醒藥物，高壓氧艙治療，防治並發症。