原發性阿米巴腦膜腦炎的病原體為耐格裏屬中嗜熱的致病性蟲株。現已發現耐格裏屬有七個蟲株，即Naegleria fowleri，N.andersoni，N.australiensis，N.gruberi，N.jadini，N.jamiesoni及N.lovaniensis。目前證實感染人體中樞神經係統引起原發性阿米巴腦膜腦炎隻有福氏耐格裏阿米巴(N.fowleri)。該原蟲生活史有三個階段：滋養體、鞭毛體和包囊(圖1)。滋養體直徑約為10～30μm，有特征性具環暈的大核仁，蟲體一端有單一圓形或鈍性的偽足，而另一端形成指狀的偽尾巴，運動快速而無定向。當滋養體在不適環境中或置於蒸餾水中，可形成臨時性的鞭毛體，一般具有一對或多根鞭毛，直徑為10～15μm，長圓形或梨形，泳動快，為非攝食階段，可在24h內變回到滋養體，但不直接形成包囊。滋養體是嗜熱性的，能在40～45℃溫度下正常生長，並以有絲分裂的方式迅速增生，以攝入細菌或其他有機物為食，為其生活史中的致病階段。當滋養體處於逆境時，可形成抗性很強的包囊，包囊為圓形，直徑為10μm，囊壁光滑有2～3個孔，核與滋養體核相似。
耐格裏原蟲首先進入人體鼻腔，通過嗅神經上皮的支持細胞，以吞噬方式攝入，然後沿著無髓鞘的嗅神經終絲軸係膜空間，穿過篩板後，到達含有腦脊液的亞蛛網膜空間進行增生，並由此擴散而入侵中樞神經係統，形成出血性壞死和膿腫等組織病理學特征。原蟲可進入腦室係統到達脈絡膜的神經叢引起脈絡膜神經炎與急性室管膜炎。原發性阿米巴腦膜腦炎的組織病理學特征為大腦半球及小腦呈現嚴重水腫；小腦扁桃體突出與充血；嗅球嗅泡明顯壞死、出血，有中等數量的膿性滲出液；眼眶前部皮質也出現壞死、出血、膿腫；第三、四、六腦神經癱瘓。在血管間隙、嗅神經的無髓鞘軸突神經叢處和膿性滲出物均可發現滋養體，但無包囊。
原發性阿米巴腦膜腦炎的並發症有鼻竇炎和額竇炎。一個或多個鼻竇發生炎症稱為鼻竇炎，鼻竇炎可分為急性、慢性鼻竇炎2種。累及的鼻竇包括上頜竇、篩竇、額竇和蝶竇，這是一種在人群中發病率較高的疾病，影響患者生活質量。急性鼻竇炎多由上呼吸道感染引起，細菌與病毒感染可同時並發。慢性鼻竇炎較急性者多見，常為多個鼻竇同時受累。
原發性阿米巴腦膜腦炎潛伏期較短，一般僅3～5天，最多7～15天。早期會出現味覺和嗅覺異常，此為病原體侵入的反應。常以劇烈頭痛、高熱、噴射性嘔吐等症狀開始，繼則出現全身性或局限性癲癇發作，並有明顯的腦膜刺激症狀，如頸項強直、凱爾尼格征及布魯津斯基征陽性等。多數在數天內轉入譫妄、癱瘓及昏迷。由於本病為一種暴發性和致命性的腦膜腦炎，患者體內幾乎來不及引起保護性的細胞和體液免疫反應。因此，常在1周內因嚴重腦水腫，導致呼吸、循環中樞衰竭而死亡。
原發性阿米巴腦膜腦炎尚無疫苗避免在不流動的湖塘水或溫熱水中遊泳，盡量做到不要潛入水中，或避免讓水濺入鼻腔內近來認為對遊泳池和旋轉池等水體使用氯氣進行全麵消毒是有效的據澳大利亞國際健康與醫療研究委員會建議在遊泳池內使用氯氣的標準量是當水溫低於26℃時，氯氣濃度為1mg/L；高於26℃時，至少2mg/L；高於28℃時，應達到3mg/L
血中白細胞總數增高，以中性粒細胞為主，核左移，腦脊液呈膿性或血性，白細胞數平均可達2780×106/L，培養無菌，但可查到福氏耐格裏阿米巴，原發性阿米巴腦膜腦炎的臨床檢查手段具體如下：
1、直接塗片法
將腦脊液自然沉澱後，取沉澱物塗片鏡檢，仔細觀察偽足運動情況加以判斷，或固定染色後觀察核的形態特點加以判斷；
2、培養法
將腦脊液接種於1.5％非營養瓊脂上鋪一層產氣腸杆菌或大腸杆菌的培養基中，於37℃培養3～5天觀察結果；
3、動物接種法
將腦脊液接種到小鼠腦中，待症狀發生後剖驗小鼠腦組織，檢查有無本蟲存在，目前尚無適用的免疫診斷技術。
4、CT檢查
腦部顯示有彌漫性密度增高區域，並累及灰質，腦部及腦腳間處的腦池間隙閉塞，大腦半球上部環繞中腦和蛛網膜空間的亞顯微結構均消失。
注意平時吃一些清淡的食物，注意養成良好的飲食習慣。多食新鮮的水果和蔬菜，以保證維生素的攝入量，同時忌吃燥熱、辛辣刺激的食物。
原發性阿米巴腦膜腦炎病死率極高，早期診斷與及時治療十分必要。目前尚無肯定有效藥物，據國外有一成功的報道，靜脈滴注與鞘內注射高劑量的兩性黴素B(amphotericinB)和咪康唑(miconazole)聯合使用可能有效，具體方法是患者被確診後立即應用兩性黴素B1.5mg/(kg·d)，分2次靜脈緩慢滴注(每次不少於1h)，3天後改為1mg/(kg·d)，共用6天；必要時可同時鞘內注射，0.5mg/次。由於兩性黴素B毒性較大、不良反應較多，必須十分謹慎使用，在治療過程中應檢測血清肌酸酐及尿素氮，防止出現腎功能損害。咪康唑劑量為350mg/m2體表麵積，等分3次靜脈滴注，共9天。口服利福平或靜脈滴注磺胺異惡唑(sulfisoxazole，SIZ)可增加療效。一般抗阿米巴藥物無效。本病起病急驟，發展迅速，預後極差。