因沙門氏菌病經糞口途徑傳播，故攝入汙染了沙門氏菌的食物或飲料是唯一的感染方式。
沙門氏菌在自然界有廣泛的宿主，少數沙門氏菌對宿主有選擇性，絕大多數對人和動物均適應，可寄居在哺乳類、爬行類、鳥類、昆蟲及人的胃腸道中，種類繁多的家養和野生動物的感染率在1％～20％以上。故各種家禽、家畜在喂養、屠宰、運輸、包裝等加工處理過程中均有汙染的機會。如家禽、家畜屠宰時的衛生條件差，腸腔的沙門氏菌就可汙染肉類。此外，肉類等也可在貯藏、市場出售、廚房加工等過程中通過各種用具或直接互相汙染，其中在零售市場購買的生肉有1％～58％汙染了沙門菌。蛋類或蛋製品的汙染來源，可以是禽類卵巢或輸尿管，也可以由糞便、肥料、泥土中的沙門氏菌穿過完整蛋殼進入蛋內。一般在許多由蛋混合製成的蛋粉或其他製品中，感染率相當高；乳類及其製品如冰淇淋、袋裝熟食等也會受到沙門氏菌的汙染。以上各種動物源性食物是引起沙門氏菌感染的最常見媒介物。以動物髒器為原料的某些生物製劑，如酶、激素、膽鹽、食用染料等偶爾也會引起感染。發展中國家常常有水源汙染造成的暴發流行，汙水灌溉、生熟不分是散發或家庭集團內流行最常見的原因。人與人的直接傳播常以護理人員的手、醫療器械為媒介，為醫院內感染或幼托機構中暴發流行的主要原因。
細菌可進入血循環引起菌血症敗血症及局部化膿性感染灶。並發胃腸道疾病及支氣管肺炎、肺膿腫、胸膜炎、膿胸、心包炎、心內膜炎、腎盂腎炎等。新生兒、嬰兒的腦膜易受侵犯，病死率可高達80％以上。
沙門氏菌感染的臨床表現多種多樣，按其主要症候群，可分為腸炎型、傷寒型、敗血症型和局部化膿性感染四型。
1、腸炎型(食物中毒)
是沙門氏菌感染最常見的形式，潛伏期一般為8～24小時。起病急驟，常伴有惡寒、發熱，但熱度一般不甚高，同時出現腹絞痛、氣脹、惡心、嘔吐等症狀。繼而發生腹瀉，一天數次至十數次或更多，如水樣，深黃色或帶綠色，有些有惡臭。糞便中常混有未消化食物及少量粘液，偶帶膿血，當炎症蔓延至結腸下段時，可有裏急後重。病程大多為2～4天，有時持續時間較長。鼠傷寒沙門氏菌感染時，以腹瀉、高熱為主，膿血便多見；成人高熱較少，熱程較短，腹痛及裏急後重較多，而兒童高熱較久，嘔吐及脫水較多。
偶有呈霍亂樣暴發性胃腸炎型者，病人嘔吐和腹瀉均劇烈，體溫在病初時升高，立即下降，脈弱而速，可出現嚴重脫水、電解質紊亂、肌肉痙攣、尿少或尿閉，如搶救不及時，可於短期內因急性腎功能衰竭或周圍循環衰竭而死亡。
2、傷寒型
非傷寒沙門氏細菌感染時，可引起類似傷寒的臨床表現，其中以豬霍亂菌較常見。症狀一般較傷寒輕，長期發熱，伴胃腸道症狀，或以胃腸炎為前驅表現，皮疹少見，腹瀉較多，可見脾腫大，白細胞總數低下，而腸穿孔、腸出血等並發症少。病程大多僅1～3周，血和糞便培養可獲有關沙門氏菌。複發機會比傷寒多。
3、敗血症型
在免疫功能正常的宿主中，沙門氏菌感染引起敗血症的機會不到10％，而艾滋病(AIDS)可高達45％。敗血症型患者約有1/3～1/2有肝硬化、係統性紅斑狼瘡、白血病、淋巴瘤或新生物等原發病，預後較差。本型以長期發熱為主要特征，體溫可高達40℃以上，呈不規則熱(弛張熱或間歇熱)，伴反複寒戰、出汗、頭痛、惡心、厭食、體重下降，部分患者有胃腸炎症狀，偶見脾腫大，約1/4患者在病程中出現局部感染病灶，以骨關節最常見，且可累及多關節，遷延不愈，形成瘺管。新生兒、嬰兒的腦膜易受侵犯，病死率可高達80％以上，其他尚有支氣管肺炎、肺膿腫、胸膜炎、膿胸、心包炎、心內膜炎、腎盂腎炎等。
4、局部化膿性感染
可發生於任何部位，但好發於縫線處、骨折處、組織器官移植處、動脈粥樣硬化斑處以及有腫瘤處等原先有病變，或活力不強的部位。本型無胃腸炎或全身症狀，僅有膿腫形成，並呈慢性化傾向，需靠病原菌檢查以明確診斷。
一、控製傳染源
1、對急性期病人應予隔離，恢複期病人或慢性帶菌者應暫時調離飲食或幼托工作
2、飼養的家禽、家畜應注意避免沙門氏菌感染，飼料也不能受該菌汙染
3、妥善處理病人和動物的排泄物，保護水源
4、不進食病畜、病禽的肉及內髒等
二、切斷傳播途徑
1、注意飲食、飲水衛生炊具、食具必須經常清洗、消毒，生熟食要分容器，切割時要分刀、分板食用時要煮熟煮透不喝生水
2、注意食品的加工管理對牲畜的屠宰要定期進行衛生檢查，屠宰過程要遵守衛生操作規程，以避免腸道細菌汙染肉類在肉類、牛奶等加工、運輸、貯藏過程中必須注意清潔、消毒
一、飲食史
有進食不潔飲食(尤其是動物源性食物，如肉類、動物內髒、蛋類、乳類及其製品等)史，往往同席多人或集體食堂中多人發病。
二、臨床表現
進食不潔飲食後1～2天內，突然出現發熱、腹痛、腹瀉、惡心、嘔吐等急性胃腸炎表現；持續發熱1周以上，無明顯係統症狀，或有胃腸道表現，肝脾腫大；有局部病灶形成。
三、有關實驗室檢查
1、血象：白細胞總數大多正常，有局灶性化膿性病變時明顯升高，可達20×109/L～30×109/L。
2、糞便檢查：部分糞便有粘液和血，在鏡下有的可見中性粒細胞增多，在嬰幼兒中較多見。
3、細菌學檢查：胃腸炎時易從嘔吐物和糞便中分離出病原菌；胃腸道外感染時，每可從血、骨髓、膿液和其他體液如胸水、腦積液、關節積液等中檢得病原菌。因細菌間歇入血，如反複培養可提高陽性率。
4、血清凝集試驗：用病人的血清與已知菌種製成的菌體抗原作凝集試驗，如凝集效價大於1∶160，或發病兩周後，凝集效價與發病時相比呈4倍以上增高者，均可考慮診斷為本病。
1、注意飲食、飲水衛生。炊具、食具必須經常清洗、消毒，生熟食要分容器，切割時要分刀、分板。食用時要煮熟煮透。不喝生水。
2、注意食品的加工管理。對牲畜的屠宰要定期進行衛生檢查，屠宰過程要遵守衛生操作規程，以避免腸道細菌汙染肉類。在肉類、牛奶等加工、運輸、貯藏過程中必須注意清潔、消毒。
對本病的治療，主要是對症處理和針對病原治療。
一、對症處理
胃腸炎患者應以維持水、電解質平衡為重點，輔以必要的對症處理。輕、中度失水可予口服葡萄糖-電解質溶液，重度失水則需靜脈補液，情況改善後再改用口服補液。對年老、年幼或虛弱者應積極處理，中毒症狀嚴重並有循環衰竭者應注意維持有效血容量，必要時可采用腎上腺皮質類激素。禁食後腹痛、腹瀉常可顯著改善。重症患者可試用抗分泌的藥物如黃連素、氯丙嗪、心得安、葡萄糖酸鈣、消炎痛等。解痙劑以短期應用為宜。
二、針對病原治療
1、對無並發症的胃腸炎型患者，不必應用抗菌藥物。因為應用抗菌藥物並不能縮短病人的病程，反而促使腸道產生耐藥菌株，使排菌時間延長，造成治療上的困難。
2、對嚴重的胃腸炎或老年、嬰幼兒(尤其是4個月以下的嬰兒)、營養不良、同時合並有慢性疾病或免疫缺陷者，應加用相應的抗菌藥物。對胃腸道外感染及敗血症型、傷寒型、局部化膿感染型，應予抗菌藥物全身應用。
以往對沙門氏菌感染一般選用氯黴素、複方新諾明、氨苄青黴素或羥氨苄青黴素等，且大多於用藥後4～6天熱退。但有些病人可出現複發，不過再次給藥仍然有效。近年來病原菌耐藥現象不斷增加，故最好能參照藥敏結果選用適當抗生素。目前，臨床常用第三代氟喹諾酮類抗菌藥及第三代頭孢菌素，如環丙氟呱酸、氟嗪酸、洛美沙星、益保世靈等，常有較好的療效。
恢複期帶菌者無需抗菌治療。