本病可以並發充血生心力衰竭跟細菌性心內膜炎，以及一些術後並發症：
(1)當冠狀動脈瘺的瘺口有多個可形成類似海綿狀的血管叢，冠狀動脈瘺通入右側心腔者可引致肺循環血流量增多，肺動脈壓力升高。通入左心室者則引致左心負荷增重和左心室肥厚。病程曆時長、瘺口逐漸增大、分流量增多、心髒負荷加重後可引起充血性心力衰竭。充血性心力衰竭是指心髒當時不能搏出同靜脈回流及身體組織代謝所需相稱的血液供應。往往由各種疾病引起心肌收縮能力減弱，從而使心髒的血液輸出量減少，不足以滿足機體的需要，並由此產生一係列症狀和體征。心肌衰竭分為左心衰竭和右心衰竭。左心衰竭主要表現為疲倦乏力，呼吸困難，初起為勞力性呼吸困難，終而演變為休息時呼吸困難，隻能端坐呼吸。陣發性呼吸困難是左心衰竭的典型表現，多於熟睡之中發作，有胸悶、氣急、咳嗽、哮鳴，特別嚴重的可演變為急性肺水腫而表現劇烈的氣喘、端坐呼吸、極度焦慮和咳吐含泡沫的粘液痰(典型為粉紅色泡沫樣痰)、紫紺等肺部鬱血症狀。右心衰竭主要表現為下肢水腫，頸靜脈怒張，食欲不振，惡心嘔吐，尿少，夜尿，飲水與排尿分離現象等。
(2)約5～10%冠狀動脈瘺病例可並發細菌性心內膜炎。當細菌(微生物)進入血流和寄宿在心髒內麵並在這裏繁殖和引起感染時，心菌性心內膜炎發生了。正常心髒有平滑的內膜，使細菌很難在上麵附著。然而，先天性心髒病患者的心內膜上可能有粗糙的區域，是由於受到來自於異常的缺損口或漏的瓣膜的壓力引起。即使在手術後，由於瘢痕組織的形成或引導血流的補片使得粗糙麵仍然可能存在。這心內的粗糙麵是細菌駐留和繁殖的有誘惑力的和適宜的場所。主要的臨床表現有：(1)心髒表現：早期多無雜音，個別起病後短期內出現新的雜音並迅速變為高調、粗糙、及出現心力衰竭。(2)葡萄球菌感染可並發肺膿腫、腦膿腫及其他遷移膿腫，表現為咳嗽，呼吸困難、抽搐、偏癱等。(3)白細胞增加，進行性貧血，多次連續血培養陽性率較高。
(3)對於進行手術的患者，早期並發症包括：股動脈血栓形成、導引導絲造成瘺管壁穿孔心包積液、心肌缺血、殘餘瘺存在、彈簧圈脫位造成栓塞、肌酸激酶輕度升高造成的一過性T 波倒置，以及一過性心律失常。為安全有效地栓堵冠狀動脈瘺，減少並發症，應適當抗凝，輕柔操作，避免反複抽動導絲，盡量將彈簧圈放置瘺道遠端，正確地選擇彈簧圈，注意不要彈簧圈脫離到冠狀動脈。選用的彈簧圈直徑大小通常約為所需栓堵冠狀動脈瘺最小直徑的130%以上，以防殘餘瘺發生及彈簧圈脫落，此外還可根據病情選擇多根彈簧圈。
