傳染源：
肺鼠疫(pneumonic plague)是一種存在於齧齒類與跳蚤的一種人畜共通傳染病，並藉跳蚤傳染給各種動物及人類。它是由鼠疫杆菌(Yeresinia pestis) 所致的烈性傳染病。鼠類特別是褐家鼠，是人間鼠疫的主要傳染源。其他如貓、羊、兔、駱駝、狼、狐等也可能成為傳染源。
(一)經鼠類等齧齒動物傳播
(二)經鼠蚤傳播
通過蚤為媒介，構成齧齒動物→蚤→人"的傳播方式是主要傳播途徑。蚤類吸入含病菌的鼠血後，其中的鼠疫耶爾森菌在其前胃內大量繁殖，形成菌栓堵塞消化道，當在叮咬其他鼠或人時，吸入的血受阻反流，病菌亦隨之侵入構成感染。蚤糞亦含病菌，可因搔癢通過皮膚傷口侵入人體。
(三)經皮膚傳播
剝食患病齧齒類動物的皮、肉或直接接觸病人的膿血或痰，經皮膚傷口而感染。
(四)呼吸道飛沫傳播
肺鼠疫病人痰中的鼠疫耶爾森菌可借飛沫構成人→人之間的傳播，並可引起人間的大流行。
致病菌：
肺鼠疫的致病菌為鼠疫杆菌，屬腸杆菌科的耶爾森菌，為革蘭陰性小杆菌，無鞭毛，無芽孢，有莢膜，兼性需氧，鼠疫杆菌含有多種抗原，與致病性和免疫性有關的有F1，T，V 3種：
1.F1抗原病菌的莢膜抗原，為一種糖蛋白，有高度特異性，已廣泛用於血清等診斷。
2.T抗原中的鼠毒素，僅對鼠類有毒性，而細胞壁內的脂多糖內毒素則可引起人體熱，播散性血管內凝血，補體激活和組織病變。
3.V和W抗原由質粒介導，僅存在於毒型菌株，保護病菌能在單核巨噬細胞內繁殖。
鼠疫杆菌對外界抵抗力弱，特別對熱和幹燥敏感，日曬和常用消毒劑均可殺滅，耐寒冷，在膿液，痰和土壤可存活1年以上。
(二)發病機製
通常肺鼠疫是由最初腺鼠疫晚期感染的繼發性血行傳播引起的。原發性肺鼠疫是由吸入煙霧狀傳染性飛沫造成的，並可在沒有跳蚤或動物卷入的情況下在人與人之間傳播。未經治療的肺鼠疫具有極高的病死率。
鼠疫杆菌經淋巴管至淋巴結，引起原發性出血性壞死性淋巴結炎，病菌釋放毒素可引起全身毒血症狀，病菌可進入血液循環，並在其內大量繁殖引起敗血症，可有感染性休克，播散性血管內凝血。病菌從呼吸道侵入則引起原發性肺鼠疫，出血性支氣管炎和壞死性肺炎，出血壞死性肺門淋巴結炎和纖維素性出血性胸膜炎。
