一、發病原因
克羅恩病的病因迄今未明。可能與下列因素有關：
1.感染 由於其病理學表現類似結核病，過去有人認為本病可能由結核杆菌引起，現在多認為克羅恩病是由病毒感染而引起的。但未證明任何病毒和本病的發病有關。
2.遺傳 臨床資料顯示在同一家族成員中的發病率本病較高，在不同種族間的發病率有明顯差別，提示其發生可能和遺傳因素有關。但尚未發現遺傳規律，可能與多基因或多因子控製的遺傳有一定關係。
3.免疫反應 因本病主要病理改變是肉芽腫性炎症，屬於遲發型變態反應常見的組織學變化，目前有人認為克羅恩病的發病與免疫反應有關。並且在組織培養中，其循環淋巴細胞對自體或同種(包括胎兒)結腸上皮細胞有細胞毒作用;約半數病人的血清中發現抗結腸上皮細胞抗體或出現循環免疫複合物，提示存在體液免疫異常。本病常出現腸外損害，如關節炎、虹膜睫狀體炎、硬化性膽管炎等，且經腎上腺皮質激素治療後能使病情緩解，提示存在細胞免疫異常。上述特點表明克羅恩病可能是自體免疫性疾病。但在克羅恩病的發生與發展中，免疫反應的作用、地位和確切的發病機製有待於進一步研究。
二、發病機製
所有部位的克羅恩病均具有相似的病理解剖學特征。
1.大體標本所見 Madden等(1969)認為食管克羅恩病在大體標本上最為突出的特點是病變累及食管壁的全層，即病變過程呈透壁性，病變浸潤肌層並導致受累食管黏膜層缺血性壞死，繼而糜爛、脫落，形成淺表性潰瘍。Gad(1989)報告的食管克羅恩病病例中，33%在顯微鏡下可見典型的微小肉芽腫。如無肉芽腫性改變，則其他組織學改變如黏膜水腫、糜爛、潰瘍形成、淋巴管擴張以及炎症等表現，可作為食管克羅恩病的診斷依據。
2.鏡下所見 食管克羅恩病最顯著的組織學改變亦為非幹酪性上皮樣肉芽腫。這種肉芽腫由上皮樣組織細胞聚集而成，可伴有Langhans多核巨細胞，其邊緣有淋巴細胞環繞，中心無幹酪性壞死;可見於管壁全層，但以黏膜下層最多見。其鏡下特點為：病變呈透壁性改變，表現為肉芽腫或微小肉芽腫形成，多位於食管黏膜下、外膜下、肌間隙和引流區的淋巴結中，約60%的病例具有這一特點。另外還表現為局灶性淋巴細胞集聚，黏膜下層明顯增厚(組織水腫、淋巴管和血管擴張及淋巴組織增生所致)。
