1.尚未確診的低血糖症 應與癲癇、精神分裂症、癔症以及各種腦血管病相鑒別。以上疾病不存在低血糖。
2.已確立低血糖症者 應從不同病因所致的低血糖症相鑒別。
(1)反應性低血糖(功能性低血糖)：該病常與情緒有關，症狀較輕，多在白天發作(多在早飯前或午飯前)，與饑餓、運動無關。常常在高糖飲食後易發作。進食較多，伴肥胖。測空腹血糖、OGTT、禁食試驗、D860等激發試驗均呈陰性反應。
(2)肝源性低血糖：低血糖發作多在清晨空腹、饑餓或運動促進發病，病情呈進行性。空腹血糖正常或低於正常，OGTT呈糖尿病樣曲線，但在服糖後4～7h血糖降低。低糖飲食可誘發。禁食試驗呈陽性反應。這些病人伴有肝髒嚴重疾患，肝功能異常。
(3)胰島B細胞瘤：典型低血糖發作。多在清晨、饑餓及運動促進發作，病情呈進行性加重，發作時血糖很低。OGTT，血糖為低平曲線。血清胰島素、C肽、胰島素原濃度明顯升高;禁食試驗、D860等激發試驗均呈陽性反應。
(4)藥物性低血糖：多發生在糖尿病病人、注射胰島素或服用磺脲類降糖藥物者。
應重視病史。若因胰島素注射過量所致者，血清胰島素明顯升高而C肽不升高。若是血清胰島素、C肽水平升高，而胰島素原輕微升高者，支持磺脲類引起的低血糖症。後者常常服糖後，血糖恢複較慢。
(5)胰外腫瘤所致低血糖：臨床低血糖發作典型，但測血清胰島素、C肽、胰島素原水平均很低。近年來發現該腫瘤分泌過多的IGF-Ⅱ(胰島素樣生長因子-Ⅱ)，血清中IGF-Ⅱ上升，或IGF-Ⅱ對IGF-Ⅰ的比值增高，可協助診斷。
(6)內分泌疾病引起的低血糖：垂體前葉功能低下、生長激素缺乏、腎上腺皮質功能低下(艾迪生病)、甲狀腺功能低下等內分泌疾患，均可發生低血糖。但通過病史、臨床表現、各種激素測定、內分泌功能檢查，可作出明確診斷。
