1.皮膚炭疽必須和其他原因所致的皮膚損傷相區別 如金黃色葡萄球菌所致的蜂窩織炎、癰等,一般都有明顯的腫痛而無焦痂;牛痘所致皮膚損傷和皮膚炭疽非常相似,但往往是痛性的;羊天花(羊接觸感染性深膿皰)以及擠奶人結節都是由副痘病毒感染所致,傳染源分別為羊和牛,一般都沒有水腫。另外,接種疫苗也能產生類似皮損,患者有近期接種史,一般發生在具T細胞缺陷患者;由於恙蟎叮咬所致的恙蟲病也具有焦痂,並不痛不癢,有附近淋巴結腫大,但皮損一般都位於如腹股溝、腋下、會陰、外生殖器等隱蔽部位。水皰或潰瘍處病原學檢查可確診。
2.肺炭疽早期和一般上呼吸道感染相似,出現呼吸困難應與傳染性非典型肺炎、鉤端螺旋體病、肺鼠疫相區別,多通過流行病學特征以及病原學診斷相鑒別。
3.腸炭疽臨床上似痢疾、傷寒或耶爾森腸炎,有時似急腹症,但其毒血症症狀明顯,大便或嘔吐物培養結果可幫助鑒別。
4.炭疽性腦膜炎須與腦血管意外、其他病原所致腦膜炎鑒別,腦脊液塗片見粗大的呈竹節狀的炭疽杆菌可確診。
5.炭疽敗血症尚應和其他細菌所致的敗血症相區別。病原學檢查可幫助確診。