本病需與以下的疾病進行鑒別
1.軟組織炎症
早期急性骨髓炎與早期蜂窩織炎、丹毒等軟組織炎症常不易鑒別。軟組織炎症時全身中毒症狀較輕，而局部紅腫較明顯，壓痛較淺。早期急性骨髓炎壓痛常發生於長骨幹骺端處。以單指檢查時，患部四個平麵均有深部壓痛征，此即肢體圓柱形深部壓痛征。軟組織炎症時，因病變居於骨骼之一側，故壓痛隻限於一個或兩個平麵，這一點對早期鑒別診斷有重要意義。此外，兩者骨掃描所見也不相同。
2.急性化膿性關節炎
腫脹壓痛在關節間隙而不在骨端，關節活動度幾乎完全消失。有疑問時，行關節腔穿刺抽液檢查可明確診斷。
測定血中C-反應性蛋白含量有助於判斷急性血源性骨髓炎是否並發化膿性關節炎：合並化膿性關節炎時，C-反應性蛋白值較單純骨髓炎為高，且起病後迅即出現此種差別;化膿性關節炎患者C-反應性蛋白恢複正常值也較遲。紅細胞沉降率雖也具有鑒別診斷意義，但兩組患者之差別出現較晚，恢複正常值也遲得多，不如C-反應性蛋白之變化能準確反映臨床狀況。
3.風濕性關節炎
為風濕病的一部分，起病緩慢，全身情況(如發熱)和局部症狀(關節腫痛)均較輕，常為多關節遊走性，血沉、抗O等血液檢查常呈陽性。
4.惡性骨腫瘤
特別是尤文肉瘤，常伴發熱、白細胞增多、X線示“蔥皮樣”骨膜下新骨形成等現象，須與骨髓炎鑒別。鑒別要點為：尤文肉瘤常發生於骨幹，範圍較廣，全身症狀不如急性骨髓炎重，但有明顯夜間痛，表麵可有怒張的血管。局部穿刺吸取活組織檢查，可以確定診斷。
