腸套疊的臨床表現因人因病而異，症狀體征多樣化。診斷時應注意與下列疾病相鑒別。
1.細菌性痢疾 發病急，伴有嘔吐和腹痛，同時大便可帶血而與腸套疊相混淆。但細菌性痢疾大便次數頻繁，含大量黏液和膿血，早期體溫即可高達39℃以上，腹痛不及腸套疊劇烈，腹部無腫塊捫及，大便鏡檢可見大量白細胞和吞噬細胞。而腸套疊大便鏡檢以紅細胞為主。偶爾有腸套疊繼發於菌痢之後，應加以注意。
2.闌尾炎 2歲以下的嬰兒患急性闌尾炎者少見，且闌尾炎一般無血便，其腹部腫塊發生較腸套疊為遲，多在闌尾炎未及時手術形成包裹性闌尾炎或闌尾周圍膿腫。
3.蛔蟲性腸梗阻 病兒多有排蟲史，表現為腹痛、腹脹、嘔吐，有時可吐出蛔蟲。多數可在臍周或右下腹部捫及條索狀或香腸樣腫塊，指壓有高低不平感或有竄動感。X線檢查，平片可在腫塊處見多條蛔蟲影;鋇劑灌腸常可見蛔蟲團在擴張的腸袢內呈典型的麵條狀或叢集小圓形充盈缺損。
4.腹型紫癜 表現為腹痛、嘔吐、便血等症狀。多見於5歲以上兒童。糞便暗紅色或血紅色，腹部有壓痛，但無腫塊，可並發皮疹、關節痛或血尿。值得警惕的是，腹型紫癜由於腸功能紊亂，可並發腸套疊，必要時可做X線檢查加以鑒別。
5.出血壞死性腸炎 臨床上多表現為便血、腹痛、嘔吐。大便呈洗肉水樣，伴特殊腐敗腥臭味，早期即有高熱和全身中毒症狀。
6急性壞死性腸炎
可表現為腹痛、嘔吐和血便，但該病多有腹瀉史，早期即可表現為腹脹、高熱和頻吐，大便頻繁，呈洗肉水樣，量較多，具有特殊腥臭味，全身情況惡化快，常表現嚴重脫水、皮膚花紋等休克症狀。
7過敏性紫癜
多見於年長兒，多數有新鮮的出血性皮疹，伴有關節痛，有時伴有血尿。血便多呈暗紅色，腹部觸不到腫塊，這些症狀有助於與腸套疊鑒別，有時本病可並發腸套疊，應引起注意，必要時應作X線檢查。
8.其他 尚有絞窄性內疝、腸扭轉、結腸息肉等腸道出血性疾病，有時亦可誤診為腸套疊，均可經查體和必要的輔助檢查進行仔細鑒別。
