對於發病時間較長的周期性內斜視應與下列疾病進行鑒別。
1.間歇性斜視(inteRNAittent strabismus) 周期性內斜視雖然也具有間歇性的性質，但與一般的間歇性內斜視不同，後者無時間上的周期規律。同時在疲勞、調節及融合遭受破壞的情況下，不會像間歇性內斜視那樣，可以由隱斜變為顯斜。
2.周期性動眼神經麻痹(cyclic oculomotor paralysis) 主要臨床特征為動眼神經的麻痹與痙攣呈周期性交替出現，其周期極短，一般為數秒至數分鍾。眼位向外下方偏斜，伴有上瞼下垂，瞳孔散大，痙攣時上瞼上舉或退縮，瞳孔痙攣性縮小，眼位恢複正位。
3.急性共同性內斜視(acute comitant esotropia) 常突然發病，首先出現複視，而後發生內斜視，可表現為內隱斜、間歇性內斜或恒定性內斜視，眼球水平運動正常，各方向複像間距相等，無周期規律性現象。
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