軀體感染伴發的精神障礙總的鑒別診斷根據是：
1.與其他疾病時的譫妄狀態相鑒別 感染性的譫妄狀態應與其他原因引起的譫妄狀態相鑒別，如各種中毒性譫妄、震顫譫妄、癔症性意識障礙等。鑒別時注意病史、臨床相及軀體病征。
2.與伴有幻覺妄想的精神分裂症相鑒別 感染性幻覺症，當出現與其相應的妄想時，應與以感染為誘因的精神分裂症相鑒別，前者多少具有一定程度的意識障礙及虛弱狀態，幻覺妄想內容較少離奇荒謬，當感染消除後精神症狀也逐漸消失。精神分裂症時，於感染消除後，精神分裂症的臨床特點反而顯露出來。
3.與神經官能症的鑒別 感染的初期，病人可出現疲乏無力，頭痛頭暈，睡眠障礙，情緒不穩等，應與神經官能症相鑒別。
4.針對各種不同原發感染疾病的鑒別診斷依據 如：
(1)流行性出血熱所致精神障礙鑒別診斷：
①譫妄狀態的鑒別：感染性的譫妄狀態應與其他原因引起的譫妄狀態相鑒別，如各種中毒性譫妄、震顫譫妄、癔症性意識障礙等。鑒別時注意病史、臨床相及軀體病症。
②幻覺症的鑒別感染性幻覺症當出現與其相應的妄想時，應與以感染為誘因的精神分裂症相鑒別，前者多少具有一定程度的意識障礙及虛弱狀態，幻覺妄想內容較少離奇荒謬，當感染消除後精神症狀也逐漸消失，精神分裂症在感染消除後，精神分裂症的臨床表現反而暴露出來。
③衰弱狀態的鑒別感染初期，病人可出現疲乏無力、頭痛頭昏、睡眠障礙、情緒不穩等，應與神經官能症鑒別。
(2)傷寒、副傷寒伴發的精神障礙鑒別診斷：
①譫妄狀態的鑒別：感染性的譫妄狀態應與其他原因引起的譫妄狀態相鑒別，如各種中毒性譫妄、震顫譫妄、癔症性意識障礙等。鑒別時注意病史、臨床相及軀體病症。
②幻覺症的鑒別感染性幻覺症當出現與其相應的妄想時，應與以感染為誘因的精神分裂症相鑒別，前者多少具有一定程度的意識障礙及虛弱狀態，幻覺妄想內容較少離奇荒謬，當感染消除後精神症狀也逐漸消失，精神分裂症在感染消除後，精神分裂症的臨床表現反而暴露出來。
③衰弱狀態的鑒別感染初期，病人可出現疲乏無力、頭痛頭昏、睡眠障礙、情緒不穩等，應與神經官能症鑒別。
(3)HIV鑒別診斷：
①與其他感染性疾病相鑒別：如結核、係統性紅斑狼瘡、結締組織病、血液病的某些症狀相鑒別。
②與能引起淋巴結腫大的疾病相鑒別：如霍奇金病、卡波濟肉瘤、淋巴瘤等。
③與其他皮膚病相鑒別：如皮膚病、黏膜紫癜，血友病的皮膚改變相鑒別。
④與梅毒、淋病相鑒別。
⑤與使用免疫抑製劑或其他引起免疫抑製的疾病相鑒別。
⑥如產生焦慮、抑鬱、癡呆等精神症狀需與抑鬱症、阿爾茨海默病、多發梗死性癡呆、麻痹性癡呆等相鑒別。
