1.細菌學檢驗 不同的菌株或核糖分型有不同的致病力，核糖分型對囊性纖維化患者進行肺移植術前評價其感染的相對危險性是有用的。
根據病情需要，可采取痰液、支氣管肺泡灌洗液、胸腔膿液、血液、腹水、尿等標本。血液標本必須先進行增菌培養後分離培養，其他標本可直接畫線接種血瓊脂和麥康凱瓊脂平板，根據其在血瓊脂或麥康凱瓊脂平板上的菌落特征、形態、染色，結合進一步的生化反應試驗進行鑒定。在常規痰培養基上，洋蔥假單胞菌生長緩慢，菌落形態多種多樣，銅綠假單胞菌和洋蔥假單胞菌共生時，前者生長速度明顯超過後者，所以易和銅綠假單胞菌、金黃色葡萄球菌混淆。本菌的培養還可采用選擇性培養基，如多粘黴素-羧噻吩青黴素PC培養基。
現已成功地應用種係特異的聚合酶鏈反應(PCR)和DNA雜交技術區別洋蔥假單胞菌和銅綠假單胞菌，痰製備、PCR、DNA雜交過程能在一天內完成，次日即可看到放射自顯影結果。
洋蔥假單胞菌分型方法有：質粒分析，通過脈衝場凝膠電泳(PFGE)比較DNA指紋類型核糖分型，細菌素分型，血清分型，生化試驗，結合表型分析通過PFGE獲得DNA指紋，線粒體DNA限製性酶切片段類型分析，細胞外產物類型分析等。有研究發現洋蔥假單胞菌分離菌株的表現型多變，在一定時間內從一個病人身上分離到的細菌菌落外觀、抗生素敏感性、色素產物均不一樣。核糖分型可區分一個菌落衍生的所有分離菌。表現型的多樣性可能為不同基因表達的結果。
2.外周血白細胞增高，血沉加快，C-反應蛋白增多。
X線表現：肺實質浸潤常為肺葉性，偶有廣泛性改變，可有空洞形成。肺功能FEV1、FEV1/FVC進行性下降。
