洋蔥假單胞菌肺炎有3類臨床表現:①長期無症狀帶菌。②數月內進行性惡化,反複高熱,體重進行性減輕,反複住院。③急劇致命的病情惡化,短期內死亡。女性病人臨床症狀常較男性嚴重且預後更差。典型的臨床過程為嚴重細菌感染,表現為反複或持續的高熱,進行性消瘦,肺功能急劇下降,常合並其他嚴重疾病(如惡性腫瘤、囊性纖維化)。少數病人可能有菌血症。洋蔥假單胞菌性肺炎患者肺功能下降比銅綠假單胞菌性肺炎嚴重。
在免疫功能嚴重受損和(或)囊性纖維化病人,反複或持續高熱,進行性體重減輕,肺功能急劇下降,胸部X線表現為肺實質浸潤,痰培養連續2次以上陽性(培養基上僅有或主要為洋蔥假單胞菌),即可診斷為洋蔥假單胞菌肺炎。支氣管肺泡灌洗液培養陽性亦有助於診斷。