多發型和單發型毛發上皮瘤病理結構相同。位於真皮的腫瘤由許多基底樣細胞團索組成,在周邊的基底樣細胞排成柵欄狀,中央排列為網狀為篩狀結構。團塊外圍有明顯的纖維性間質包繞。腫瘤內含多個角囊腫,中心充滿完全角化物質。囊腫周圍可有鈣沉積,染色深藍,如角囊腫破裂,間質內可出現異物巨細胞反應。
組織病理:多發性毛發上皮瘤皮損的界限鮮明。角囊腫為組織學上最特殊的特征。由完全角化的中心及其周圍嗜堿性粒細胞組成。後者的形態與基底細胞上皮瘤中的細胞一樣。角化驟然,完全不像鱗狀細胞癌角化珠中逐漸和不完全角化。一個或數層具有嗜酸性胞漿和大而卵圓形的淡水皰狀核的細胞,常見於嗜堿性粒細胞和角質囊腫之間。此瘤的第2個主要成分為瘤島,由與基底樣細胞瘤一樣的嗜堿性粒細胞構成,常排列成花邊樣或腺樣網狀結構。偶或聚集成實性團塊。這些瘤島周圍細胞排列成柵狀,並由含有中等量成纖維細胞的間質細胞包繞。單發性毛發上皮瘤,隻用於顯示向毛發結構高度分化的損害。向毛發結構分化相當低的單發性損害,最好歸類於角化性基底細胞癌。因此夠條件診斷為單發性毛發上皮瘤的皮損,應既有很多角質囊腫,也有頓挫性毛乳頭,並見僅在少數區域出現基底細胞癌。