一.軍團病預防
目前尚無有效的預防措施。
(一)飲水消毒：
加氯或煮沸可殺滅本菌。
(二)對於空調係統應予關閉，
進行消毒清洗。對於供水係統、濕潤器材、噴霧器等進行衛生管理。以控製暴發流行。
(三)免疫菌苗正在研製中。
可通過預防措施處理軍團病造成的公共衛生威脅。雖然不可能根除感染源，但可以顯著減少風險。軍團病的預防依賴於對可能感染源的良好管理，包括定期清洗和消毒以及采用其它物理(溫度)或化學措施(生物殺滅劑)盡量減少生長。例如，可對冷卻塔定期進行清洗和消毒，並經常或不斷添加生物殺滅劑;在溫泉池中保持足夠水平的氯等生物殺滅劑，並至少每周完全排水一次，清洗整個係統;使冷熱水係統保持清潔，並使熱水保持在60攝氏度，冷水保持在20攝氏度以下，或者使用適當的生物殺滅劑進行處理以限製生長。尤其在醫院、工業場所、旅館、休閑中心等采用這些控製措施，將極大地減少軍團菌染汙的可能性並預防散發病例的發生。目前采用的方法為氯化法(1 x 10-6)或間歇性高氯化法(50 x 10-6)。但該法易腐蝕管道，具一旦將氯化程度降低，軍團菌又可重新被檢出，故理想的消毒措施，尚有待進一步研究。
二.其他注意事項
病情急促和猛烈，若不及時醫治，會死於肺炎及其他並發症。
軍團病最常見的並發症是呼吸衰竭、休克以及急性腎髒衰竭和多器官衰竭。無例外地需要抗生素治療才能恢複，而且通常在數周或數月之後才能完全恢複。偶爾會出現嚴重漸進性肺炎或肺炎治療無效，在極少數情況下還可發生大腦後遺症。
軍團病造成的死亡率取決於：疾病的嚴重程度、最初抗微生物治療的適宜性、感染軍團病的環境以及宿主因素(在發生抑製免疫反應的病人中，疾病通常更為嚴重)。病例死亡率在不接受治療的呈現抑製免疫反應的病人中可高達40–80%，通過適當的病例管理並取決於臨床症候和征兆的嚴重程度可減少到5–30%。對能夠形成免疫反應者，死亡率通常在10-15%的範圍之內。
