按照痛風的自然病程可分為急性期、間歇期、慢性期。急性痛風性關節炎發病前沒有任何先兆。輕度外傷，暴食高嘌呤食物或過度飲酒，手術，疲勞，情緒緊張，內科急症(如感染，血管阻塞)均可誘發痛風急性發作。常在夜間發作的急性單關節或多關節疼痛通常是首發症狀。疼痛進行性加重，呈劇痛。體征類似於急性感染，有腫脹，局部發熱，紅及明顯觸痛等。局部皮膚緊張，發熱，有光澤，外觀呈暗紅色或紫紅色。大趾的蹠趾關節累及最常見(足痛風)，足弓，踝關節，膝關節，腕關節和肘關節等也是常見發病部位。全身表現包括發熱，心悸，寒戰，不適及白細胞增多。
開始幾次發作通常隻累及一個關節，一般隻持續數日，但後來則可同時或相繼侵犯多個關節。若未經治療可持續數周。最後局部症狀和體征消退，關節功能恢複。急性關節炎發作緩解後，一般無明顯後遺症狀，有時僅有發作部位皮膚色加深，呈暗紅色或紫紅色、脫屑、發癢，稱為無症狀間歇期。無症狀間歇期長短差異很大，隨著病情的進展愈來愈短。如果不進行預防，每年會發作數次，出現慢性關節症狀，並發生永久性破壞性關節畸形，手足關節經常活動受限。在少數病例，骶髂，胸鎖或頸椎等部位關節亦可受累。粘液囊壁與腱鞘內常見尿酸鹽沉積。手，足可出現增大的痛風石並排出白堊樣尿酸鹽結晶碎塊。環孢菌素引起的痛風多起病於中央大關節，如髖，骶髂關節，同樣也可見於手，甚至破壞腎小管。
尿酸鹽反複沉積使得局部組織發生慢性異物樣反應，沉積物周圍被單核細胞、上皮細胞、巨噬細胞包圍，纖維組織增生形成結節，稱為痛風石。痛風石對數在發病10年後出現，是病程進入慢性的標誌，可見於關節內、關節周圍、皮下組織及內髒器官等等。典型部位在耳廓，也常見於足趾、手指、腕、踝、肘等關節周圍，隆起於皮下，外觀為芝麻大到雞蛋大的黃白色贅生物，表麵菲薄，破潰後排出白色粉末狀或糊狀物，經久不愈，但較少繼發感染。當痛風石發生於關節內，可造成關節軟骨及骨質侵蝕破壞、增生、關節周圍組織纖維化，出現持續關節腫痛、強直、畸形，甚至骨折，稱為痛風石性慢性關節炎。早期防治高尿酸血症，病者可無本期的表現。
