重慶醫科大學附屬兒童醫院於1956年由上海醫學院兒科係遷渝創建，是集醫教研為一體的國家三級甲等綜合性兒童醫院，最早被國家授予兒科學碩士、博士學位授予點、博士後流動站，是首批兒科學國家重點學科、教育部重點實驗室、國家級國際科技合作示範基地、國家級繼續醫學教育基地、國家級教學團隊、國家精品課程、國家食品藥品監督管理局藥物臨床試驗機構、全國住院醫師規範化培訓示範基地、國家級兒童早期發展示範基地、國家幹細胞臨床研究備案機構、重慶市兒科臨床醫學研究中心；擁有重慶市重點實驗室3個和重慶市幹細胞治療工程中心；先後獲得全國文明單位、全國“三八”紅旗單位、全國優秀衛生計生機構、全國衛生係統先進集體、全國精神文明建設工作先進單位、全國醫德建設先進單位，國家衛計委醫政醫管局2016年“改善醫療服務示範醫院”、國家衛計委“2015—2017年改善醫療服務先進典型”構建和諧關係示範醫院。在全國最佳醫院排行榜中位居全國兒童醫院第三位。
醫院現有教職員工3500餘名，博士生導師26名、碩士生導師180名，高級職稱專家268名、享受政府特殊津貼專家14名。是中華醫學會兒科學分會、中華預防醫學會兒童保健分會、中國醫院協會兒童醫院管理分會副主任委員單位，是《中華兒科雜誌》、《中華小兒外科雜誌》、《中國實用兒科雜誌》、《臨床小兒外科雜誌》等雜誌副總編、副主編單位及國內10餘家雜誌副總編和編委單位；是國家規劃教材《兒科學》第六版主編和第七、八版副主編單位；是統編教材《兒童保健學》第一版主編和第二、三版共同主編單位；是《小兒外科學》第四、五版和《兒科人文與醫患溝通》共同主編單位，《小兒傳染病學》第四版、《兒科雙語教材》、《兒科醫生實習手冊》副主編單位。是重慶市醫學會兒科專委會及小兒外科專委會、重慶市康複醫學會、重慶市營養學會婦幼營養專委會主任委員單位。
醫院現有渝中院區和禮嘉院區兩個院區，共編製床位2480張。開放總床位1700餘張。2017年門急診量290.9萬人次，住院量7.97萬人次，外埠病人比例近40%。醫院專業設置齊全，是美國心髒協會（AHA）授權認證的心血管急救培訓中心、全國聯網的兒童急救中心、國家級兒童早期發展示範基地、全國首批“出生缺陷幹預救助示範基地”、國家衛生計生委先心病介入培訓基地，是國家幹細胞臨床研究備案機構、全國唯一一家擁有肝髒移植資質的兒童醫院，是重慶市哮喘防治中心、重慶市危重新生兒及早產兒急救中心、重慶市兒童營養研究中心、重慶市新生兒篩查機構、重慶市兒童創傷診治中心、重慶市兒童五官診治中心、重慶市兒童發育行為與心理健康中心、重慶市兒童康複中心、重慶市兒童危急重症救治中心，共有42個臨床和醫技科室，兒童重症醫學、小兒呼吸科、新生兒科、小兒外科、兒科臨床護理獲國家臨床重點專科建設項目。罕見病（PID）診治技術、肝移植技術、臍帶血造血幹細胞治療技術、先天性心髒病介入診療技術、介入肺科學技術、兒童癲癇手術、微創外科手術、極低出生體重兒綜合救治及HIFU治療兒童實體腫瘤等技術均達國家一流水平。
兒科學院是全國規模最大的兒科醫師培養基地和兒科學國家級繼續教育基地、住院醫師規範化培訓基地，承擔著臨床醫學（兒科方向）本科、碩士、博士、博士後教育及臨床進修、醫師規範化培訓等教學任務。年招收本科、碩士、博士研究生400-500名，進修生及規範化培訓人員200-300名。擁有先進、齊備的教學設備和臨床技能訓練室供學員學習和模擬訓練。
兒科研究所為醫院科研的重要基地，是發育與疾病教育部重點實驗室，以“發育與疾病”為主線形成“免疫與感染”“神經精神疾病”“先天畸形與組織工程”“腫瘤發病機製與個體化治療”四大方向，初步形成基礎與臨床相互合作與滲透的構架。小兒臨床免疫、兒童保健、兒童呼吸病學、泌尿外科和新生兒病學是重慶市醫學重點學科。團隊引進多名加拿大UBC大學（包括皇家科學院院士和健康科學院院士各1名）和其他海外大學高端科研人才，榮獲中組部“千人計劃”稱號、教育部“長江學者”講座教授、重慶市首屆“兩江學者”等。醫院保持了全國兒科學科學研究的先進地位：牽頭國家衛生計生委行業公益性科研專項1項（1399萬元），國家自然科學基金重點項目資助3項，國際合作重點項目兩項，獲國家自然科學基金資助項目數連續10年名列全國兒科界第一位。
醫院高度重視國際交流與合作，已經與16所國外一流大學、科研機構建立了穩定的合作關係，與美國辛辛那提兒童醫學中心、英國倫敦大學醫學院兒童健康研究所等單位建立長期全麵合作關係。
醫院主動承擔社會責任，參與公益活動，申請到“明天計劃”、“微笑列車”、“重生行動”、“肢殘兒童矯治計劃”、 神華集團捐贈“白血病基金”等各種基金項目，並牽頭建立 “重慶市希望工程--小天使基金”，為緩解貧困疾病兒童看病難做出了積極貢獻，獲全國婦聯慈善貢獻獎。
醫院堅持開放合作，共同發展，牽頭組建西部兒科發展聯盟，並擔任聯盟理事長單位，該聯盟輻射西部10個省區市，聯盟成員共計132家。牽頭組建重慶市兒科發展聯盟，全市39個區縣、61家兒科醫療單位共享優質醫療資源。為促進中國兒科事業發展做出了積極貢獻。
