本病病原體屬披膜病毒科黃病毒屬第1亞群，呈球形，直徑20～40nm，為單股RNA病毒，外有類脂囊膜，表麵有血凝素，能凝集雞紅細胞，病毒在胞漿內增殖，對溫度、乙醚、酸等都很敏感，能在乳鼠腦組織內傳代，亦能在雞胚、猴腎細胞、雞胚細胞和Hela等細胞內生長。其抗原性較穩定。
感染乙腦病毒的蚊蟲叮咬人體後，病毒先在局部組織細胞和淋巴結、以及血管內皮細胞內增殖，不斷侵入血流，形成病毒血症。發病與否，取決於病毒的數量，毒力和機體的免疫功能，絕大多數感染者不發病，呈隱性感染。當侵入病毒量多、毒力強、機體免疫功能又不足，則病毒繼續繁殖，經血行散布全身。由於病毒有嗜神經性故能突破血腦屏障侵入中樞神經係統，尤在血腦屏障低下時或腦實質已有病毒者易誘發本病。
傳染源
乙腦是人畜共患的自然疫源性疾病，人與許多動物都可以成為本病的傳染源。人被乙腦病毒感染後，可出現短暫的病毒血症，但病毒數量少，持續時間短，所以人不是本病的主要傳染源。動物中特別是豬的感染率高，仔豬經過一個流行季以後幾乎100％感染，感染後血中病毒數量多，持續時間長，加上豬的飼養麵廣，因此豬是本病的主要傳染源。一般在人類乙腦流行1-2個月前，現在家禽中流行，故檢測豬的乙腦病毒感染率可預測當年在人群中的流行趨勢。
傳播途徑
乙腦主要通過蚊蟲叮咬而傳播，其中三帶喙庫蚊是主要傳播媒介。由於蚊蟲可攜帶病毒越冬，並可經卵傳代，所以蚊蟲不僅為傳播媒介，也是長期儲存宿主。
易感人群
人群對乙腦病毒普遍易感，感染後多數呈隱性感染，感染後可獲得持久免疫力。病例重要集中在10歲以下的兒童，以2-6歲組發病率最高，大多數成人因隱性感染而獲得持久免疫力，嬰兒可從母體獲得抗體而具有保護作用。近年來由於兒童和青少年廣泛接種疫苗，成人和老年的發病率則相對增加。
流行特征
東南亞和西太平洋地區是乙腦的主要流行地區。我國除東北，青海，新疆和西藏外，具有本病流行，發病農村高於城市。隨著疫苗的廣泛接種，我國乙腦的發病率已逐年下降，但近年來也出現了一些新的流行區，並引起了爆發流行。乙腦在熱帶地區全年均可發生，本病集中發病少，呈高度散發性，家庭成員中很少有多人同時發病。
肺部感染最為常見，因患者神誌不清，呼吸道分泌物不易咳出，導致支氣管肺炎和肺不張。其次有背部褥瘡、皮膚膿癤、口腔感染和敗血症等。
多數病人經治療後痊愈。少數病例因腦組織病變較重而恢複較慢，有的不能恢複而留有癡呆，語言障礙，肢體癱瘓等後遺症。病變嚴重者，有時可因中樞性呼吸及/或循環衰竭、或並發小葉性肺炎而死亡。
多發群體
人類普遍易感，成人多數呈隱性感染。發病多見於10歲以下兒童，以3～6歲兒童發病率最高。據不同報道，發病與隱性感染的比例為1：25-1000。近年來由於兒童和青少年廣泛接種乙腦疫苗，故成人和老年發病相對增多，病死率也高。男性較女性多。約在病後一周可出現中和抗體，它有抗病能力，並可持續存在4年或更久，故二次發病者罕見。
疾病症狀
潛伏期5～15天。大多數患者症狀較輕或呈無症狀的隱性感染，僅少數出現中樞神經係統症狀，表現為高熱、意識障礙、驚厥等。典型病例的病程可分4個階段。
（一）初期
起病急，體溫急劇上升至39～40℃，伴頭痛、惡心和嘔吐，部分病人有嗜睡或精神倦怠，並有頸項輕度強直，病程1～3天。
（二）極期
體溫持續上升，可達40℃以上。初期症狀逐漸加重，意識明顯障礙，由嗜睡、昏睡乃至昏迷，昏迷越深，持續時間越長，病情越嚴重。神誌不清最早可發生在病程第1～2日，但多見於3～8日。重症患者可出現全身抽搐、強直性痙攣或強直性癱瘓，少數也可軟癱。嚴重患者可因腦實質（尤其是腦幹）病變、缺氧、腦水腫及顱內高壓、腦疝、低血鈉性腦病等病變而出現中樞性呼吸衰竭，表現為呼吸節律不規則、雙吸氣、歎息樣呼吸、呼吸暫停、潮式呼吸和下頜呼吸等，最後呼吸停止。體檢可發現腦膜刺激征，瞳孔對光反應遲鈍、消失或瞳孔散大，腹壁及提睾反射消失，深反射亢進，病理性錐體束征如巴氏征等可呈陽性。
（三）恢複期
極期過後體溫逐漸下降，精神、神經係統症狀逐日好轉。重症病人仍可留在神誌遲鈍、癡呆、失語、吞咽困難、顏麵癱瘓、四肢強直性痙攣或扭轉痙攣等，少數病人也可有軟癱。經過積極治療大多數症狀可在半年內恢複。
（四）後遺症期
少數重症病人半年後仍有精神神經症狀，稱為後遺症，主要有意識障礙，癡呆，失語，及肢體癱瘓，癲癇等。如予積極治療可有不同程度的恢複。癲癇後遺症可持續終生。
預防方法
乙腦的預防主要采取兩個方麵的措施，即滅蚊防蚊和預防接種
三帶喙庫蚊是一種野生蚊種，主要孳生於稻田和其它淺地麵積水中成蚊活動範圍較廣，在野外棲息，偏嗜畜血因此，滅蚊時應根據三帶喙庫蚊的生態學特點采取相應的措施如：結合農業生產，可采取稻田養魚或灑藥等措施，重點控製稻田蚊蟲孽生；在畜圈內噴灑殺蟲劑等
預防藥物
蚊蟲控製措施難以全麵落實的情況下，疫苗接種成為控製乙腦流行最為有效的方法目前，國內外應用的乙腦疫苗主要有滅活疫苗和減毒活疫苗兩種
滅活疫苗主要是鼠腦純化滅活疫苗和地鼠腎細胞滅活疫苗鼠腦純化滅活疫苗是從感染鼠腦培養製備的，由日本研製生產並得到國際廣泛認可和使用的疫苗地鼠腎細胞滅活疫苗為我國生產，病毒經原代地鼠腎細胞培養製備的疫苗，1998年開始生產使用，隨後在全國大麵積使用近年來，Vero細胞純化滅活疫苗已在研究生產，這是新一代的乙腦滅活疫苗，有較好發展前景
減毒活疫苗是我國自主研製的乙腦SA14-14-2株，為目前唯一獲得認可和推廣使用的乙腦活疫苗，自1989年獲得新藥證書以來，該疫苗產量不斷增多並在全國廣泛使用達3億多人份該疫苗具有接種針次少，副反應小，免疫原性高、免疫效果好等優點而在國內得到廣泛應用，並出口到韓國、尼泊爾和印度等國家
疫苗注射的對象主要為流行區6個月以上10歲以下的兒童在流行前1個月開始，首次皮下注射，（6～12個月每次0.25ml，1～6歲每次0.5ml，7～15歲每次1ml，16歲以上每次2ml）間隔7～10天複種1次，以後每年加強注射一次預防接種後2～3周體內產生保護性抗體，一般能維持4～6個月
（一）血象 白細胞總數常在1萬～2萬/mm3，中性粒細胞在80％以上；在流行後期的少數輕型患者中，血象可在正常範圍內。
（二）腦脊液 呈無色透明，壓力僅輕度增高，白細胞計數增加，在50～500/mm3，個別可高達1000/mm3以上。病初2～3天以中性粒細胞為主，以後則單核細胞增多。糖正常或偏高，蛋白質常輕度增高，氯化物正常。病初1～3天內，腦脊液檢查在少數病例可呈陰性。
（三）病毒分離及病毒基因檢測 病程1周內死亡病例腦組織中可分離到乙腦病毒，也可用免疫熒光（IFT）在腦組織中找到病毒抗原。從腦脊液或血清中不易分離到病毒。近年來許多快速和敏感的實時PCR方法被嚐試用於乙腦病毒感染的分子生物學診斷。
（四）血清學檢查
⑴補體結合試驗：陽性出現較晚，一般隻用於回顧性診斷和當年隱性感染者的調查。
⑵中和試驗：特異性較高，但方法複雜，抗體可持續10多年，僅用於流行病學調查。
⑶血凝抑製試驗：抗體產生早，敏感性高、持續久，但特異性較差，有時出現假陽性。可用於診斷和流行病學調查。
⑷特異性IgM抗體測定：特異性IgM抗體在感染後4天即可出現，2～3周內達高峰，血或腦脊液中特異性IgM抗體在3周內陽性率達70％～90％，可作早期診斷，與血凝抑製試驗同時測定，符合率可達95％。
⑸特異性IgG抗體測定：恢複期抗體滴度比急性期有4倍以上升高者有診斷價值。
⑹單克隆抗體反向血凝抑製試驗：應用乙腦單克隆抗體致敏羊血球的反向被動血凝抑製試驗，陽性率為83％，方法簡便、快速，已有試劑盒商品供應，無需特殊設備。
（五）CT和核磁共振成像（MRI）檢查
據報道CT檢查異常發生率占56％，呈現丘腦及基底神經節低密度影。基底神經節有時也可見出血。而MRI較CT更為敏感，幾乎所有病例均有異常發現。病變部位（按發生頻度順序）包括丘腦、基底神經節、黑質、小腦、腦橋、大腦皮質及脊髓。在乙腦流行區域，臨床符合腦炎診斷病例者，如MRI檢查呈現雙側丘腦異常改變（通常T1加權低信號，T2加權及FLAIR高信號），高度提示乙腦。
（六）腦電圖檢查
文獻報道，乙腦患者腦電圖大多數呈現彌漫性δ或θ慢波，占89％，癲癇樣活動及α昏迷各占11％。不過乙腦患者出現α昏迷並不一定提示預後差。
流行性乙型腦炎的飲食護理根據病情給予高營養、高熱量飲食，初期及極期應給予清淡、流質飲食，如西瓜汁、綠豆湯、菜湯、牛奶等；昏迷及有吞咽困難者可給予鼻飼，或靜脈輸液，每日入量60～80ml/kg體重，注重水、電解質平衡。抽搐時暫禁食。
注意飲食和營養，供應足夠水份，高熱、昏迷、驚厥患者易失水，故宜補足量液體，成人一般每日1500～2000ml，小兒每日50～80ml/kg，但輸液不宜多，以防腦水腫，加重病情。對昏迷患者宜采用鼻飼。
（一）抗病毒治療
在疾病早期可試用廣譜抗病毒藥物（病毒唑或幹擾素）治療，但療效尚缺乏循證醫學支持。
（二）腎上腺皮質激素及其他治療 腎上腺皮質激素有抗炎、退熱、降低毛細血管通透性、保護血腦屏障、減輕腦水腫、抑製免疫複合物的形成、保護細胞溶酶體膜等作用，對重症和早期確診的病人即可應用。待體溫降至38℃以上，持續2天即可逐漸減量，一般不宜超過5～7天。過早停藥症狀可有反複，如使用時間過長，則易產生並發症。
（三）其他 如抗乙腦病毒免疫血清或單克隆抗體，目前尚處於實驗研究階段。
急救措施
（一）高熱的處理 室溫爭取降至30℃以下。高溫病人可采用物理降溫或藥物降溫，使體溫保持在38～39℃（肛溫）之間。一般可肌注安乃近，成人0.5g，每4～6小時一次，幼兒可用安乃近肛塞，避免用過量的退熱藥，以免因大量出汗而引起虛脫。
（二）驚厥的處理 可使用鎮靜止痙劑，如地西泮、水合氯醛、苯妥英鈉、苯巴比妥鈉等，應對發生驚厥的原因采取相應的措施：①因腦水腫所致者，應以脫水藥物治療為主，可用20％甘露醇（1～1.5g/kg），在20～30分鍾內靜脈滴完，必要時4～6小時重複使用。同時可合用呋塞米等腎上腺皮質激素，以防止應用脫水劑後的反跳。②因呼吸道分泌物堵塞、換氣困難致腦細胞缺氧者，則應給氧、保持呼吸道通暢，必要時行氣管切開，加壓呼吸。③因高溫所致者，應以降溫為主。
（三）呼吸障礙和呼吸衰竭的處理 深昏迷病人喉部痰鳴音增多而影響呼吸時，可經口腔或鼻腔吸引分泌物、采用體位引流、霧化吸入等，以保持呼吸道通暢。因腦水腫、腦疝而致呼吸衰竭者，可給予脫水劑、腎上腺皮質激素等。因驚厥發生的屏氣，可按驚厥處理。如因假性延髓麻痹或延腦麻痹而自主呼吸停止者，應立即作氣管切開或插管，使用加壓人工呼吸器。如自主呼吸存在，但呼吸淺弱者，可使用呼吸興奮劑如山梗菜堿、尼可刹米、利他林、回蘇林等（可交替使用）。
（四）循環衰竭的處理 因腦水腫、腦疝等腦部病變而引起的循環衰竭，表現為麵色蒼白、四肢冰涼、脈壓小，往往同時有中樞性呼吸衰竭，宜用脫水劑降低顱內壓。如為心源性心力衰竭，則應加用強心藥物，如西地蘭等。如因高熱、昏迷、失水過多、造成血容量不足，致循環衰竭，則應以擴容為主。