兒童學習能力障礙的病因不明，可能與下列因素有關：
1、遺傳因素。基因連鎖分析提示：在第15對染色體上存在有以常染色體顯示方式遺傳的基因位點。有學者采用雙耳分聽技術、電生理方法皮層血流分析及透示器半邊視野等方法研究腦功能，發現閱讀困難兒童有腦結構側化異常，可能為胎兒血內睾酮水平異常，導致發育異常所致。
2、器質性因素。有人認為是內耳前庭功能失調所致，父母和家庭的負性生活事件可以加重此類問題。
3、環境因素和營養因素。
4、其他因素。該類兒童文字係統處理的環節中，出現異常或缺陷，或者是識字模式、語言通路異常。
兒童學習障礙會導致孩子智力減退，嚴重影響了孩子的學習效果，這又反過來影響學習能力，容易形成惡性循環。此外，對孩子更大影響的是在這個成長過程中形成另一個疾病：特發於童年的情緒障礙，具體可分為兒童分離性焦慮症、兒童恐懼症、兒童社交恐懼症、兒童學校恐懼症、兒童強迫症和兒童廣泛性焦慮症。
兒童學習能力障礙主要以學習能力發育障礙為特征，在學習方麵與同齡兒童相比，患兒的閱讀、拚音、書寫、計算或運動技巧某一方麵的發育有障礙或缺陷，形成學習困難。患兒的智力正常或接近正常，雖學習很用功，但仍常留級，學習成績測驗結果與其實際智力水平能達到的成績有明顯差距。
兒童學習能力障礙，情緒問題和動力不足是其主要的原因學生的厭學情緒往往源於負向的自我觀念和人際關係，外界環境的影響和學習壓力又起到了催化劑的作用，促使其產生負向情緒，如抑鬱、焦慮、難以悅納他人、自信心受挫等
開展心理谘詢就是創造一個溫暖、接納的環境，進而達到增進他們對自己、對學業的正向行為態度的目的另外，家長改進對孩子的教育方法，使孩子保持良好的學習情緒十分重要因此，加強對學習困難學生的心理谘詢和健康教育，是當前抓好兒童少年素質教育工作不可缺少的一個重要部分
兒童學習能力障礙的診斷除了依靠臨床表現外，相關的輔助檢查也是必不可少的。腦電圖異常較為多見，有慢波活動、節律異常或局限性放電。
兒童學習障礙患者應多進食含膽堿的食物，如魚、瘦肉、雞蛋(特別是蛋黃)等都含有豐富的膽堿。研究表明，每周至少吃一頓魚，特別是三文魚、沙丁魚和青魚的人，與很少吃魚的人相比較，記憶力明顯要高。
兒童學習能力障礙的治療需要家庭、學校和臨床醫療三方麵結合，采取教育幹預和醫療結合措施。藥物治療方麵，目前尚無特殊藥物治療，一般可給予促進腦功能的藥物，包括腦複康、r-氨酪酸等。其他伴發行為症狀可采取對症處理。
學習潛能開發
訓練內容具體包括：以開發大腦潛能為核心的身心基礎訓練；培養學習能力的訓練，著重教學生學會有效接受信息、加工處理信息和反思；社會適應能力訓練，即遷移活動，把操作訓練中悟出的道理、規律、方法，運用到各自的學習、工作、生活中。
感覺統合訓練
感覺統合訓練的本質是以遊戲的形式讓孩子參加，以豐富孩子的感覺刺激。神經係統發育不規則的小孩，無法很好的受理自己在遊玩中的感覺。在感覺統合治療師的指導、訓練時，同時給予兒童前庭、肌肉、關節、皮膚觸壓、視、聽、嗅等多種刺激，並將這種刺激與運動相結合。
改善環境
父母用情感溫暖的教養方式，可在某種程度上抑製或減少學習困難兒童的問題。因此，學習困難兒童家長要及時與孩子進行溝通，增加情感交流，建立和諧民主的家庭氛圍。家長可以幫助孩子建立一個有針對性的學習生活計劃，並在實施過程中給予具體的指導。