流行性甲型腦炎的發病機製不詳。近年來的研究發現部分病人腦脊液寡克隆區帶陽性，並對類固醇激素治療有效，提出該病可能為一種感染後的中樞神經係統自身免疫病。
由於患者有中樞神經係統感染，故在發病的急性期並發腦水腫甚至腦疝而危及生命，其他並發症還有：
1、墜積性肺炎
本病多見於重型患者，在咳嗽及吞咽反射減弱或消失及昏迷患者，易發生肺炎。呼吸道分泌物不能順利排出時可引起肺不張，甚至誘發急性呼吸窘迫綜合征。
2、其他感染
感染包括金黃色葡萄球菌所致敗血症和腸炎，大腸杆菌所致泌尿係統感染等。
3、褥瘡
對於昏迷後較長時間臥床的患者，如不注意經常變換體位易在枕骨後及腰骶椎部位發生褥瘡。
ConstantinEconomo先後收集和觀察了上千例vonEconomo腦炎的病例，並對此進行了仔細的研究，將vonEconomo腦炎的臨床表現分為3種臨床綜合征：
1、嗜睡性眼肌麻痹綜合征
本征表現為發熱、頭昏、嗜睡、昏睡、神誌恍惚、昏迷、抽搐、癲癇、肢體或腦神經麻痹，常見有雙側眼肌麻痹引起的眼球運動障礙，其他腦神經受累時還可以出現複視、斜視、眼瞼下垂、瞳孔擴大或縮小等。
2、運動功能亢進綜合征
本征表現為麵部肌肉僵硬、表情淡漠、興奮躁動、陣攣或舞蹈症、肌張力障礙和手足徐動。
3、肌張力障礙運動失調綜合征
本征表現為全身肌肉僵硬、乏力、倦怠、軟弱無力、震顫、肌張力障礙、共濟失調和行走困難等。
接種甲腦疫苗是預防流行性甲型腦炎最有效的方式目前主要應用的菌苗為死疫苗，全程接種2周後血清中出現中和抗體、補體結合抗體和血凝抑製抗體，1個月左右達高峰其中一定量的中和抗體和血凝抑製抗體能中和進入人體的甲腦病毒，從而阻止甲腦病毒侵犯中樞神經係統，達到預防甲腦的作用對於已經感染的病人應隔離治療，注意切斷呼吸道傳播途徑
流行性甲型腦炎血液檢查可見外周血白細胞的總數輕度增高，中性粒細胞增加，腦脊液細胞數輕度增加，分類以淋巴細胞為主，蛋白質輕度增加，糖、氯化物定量正常，嚴重者可見腦電圖異常。
合理的飲食可幫助疾病得到更好的康複，那麼流行性甲型腦炎患者該如何飲食呢？下麵就為大家介紹一下。
1、補充卵磷脂：蛋黃、豆製品等含有豐富的卵磷脂，不妨適量進食。
2、多食堿性和富含維生素的食物：豆腐、豌豆、油菜、芹菜、蓮藕、牛奶、白菜、卷心菜、蘿卜、土豆、葡萄等屬堿性食物。新鮮蔬菜、水果，如青椒、金針菜(黃花)、薺菜、草莓、金橘、獼猴桃等，都含有豐富的維生素。
3、多進食一些含有膽堿的食物：魚、瘦肉、雞蛋(特別是蛋黃)等都含有豐富的膽堿。
4、補充含鎂食品：豆類、蕎麥、堅果類、麥芽等含有豐富的鎂。
流行性甲型腦炎目前尚無有效的治療方法，發病初期主要采取對症處理，進行精心護理和身體功能的維護。隨著病情的穩定，除維護身體功能外，還要依靠物理療法、語言障礙糾正療法以及營養支持療法來改善身體功能。除此之外，心理療法和情感療法也很重要。最新的研究方向是利用細胞技術，即利用細胞修複被損傷的腦細胞或替換死亡的腦細胞，在近期內將會應用於臨床治療。