肝內膽管癌的病因至今尚不十分清楚，已發現與下列因素有關。
1、膽道慢性炎症，感染因素
長期的慢性炎症刺激是膽管癌發生的基礎，因為臨床上發現與膽管癌有聯係的疾病均可導致膽管慢性炎症，膽汁中某些物質(如膽汁酸的代謝產物)長期對膽道黏膜的刺激，導致上皮不典型增生。
2、膽管，膽囊結石
20％～57％的膽管癌患者伴有膽結石，因而認為結石的慢性刺激可能是致癌因素。
3、潰瘍性結腸炎
有報道，潰瘍性結腸炎患者膽管癌發生率較一般人群高10倍，伴潰瘍性結腸炎的膽管癌患者發病年齡較一般者早20～30年，平均為40～45歲，常有長期的結腸炎病史。病人門靜脈係統的慢性菌血症可能是誘發膽管癌和PSC的原因，病變多波及全結腸，潰瘍性結腸炎致膽道癌可能與慢性門靜脈菌血症有關。
4、膽管囊性畸形(先天性膽管擴張症)
先天性膽管囊腫容易癌變已成為共識，先天性膽管囊腫病人膽管癌的發病率高達2.5％～28％，膽管囊性畸形者發生癌變較正常人早20～30年，盡管75％的膽管囊性畸形在嬰兒期和兒童期出現症狀。但就膽管癌的發生來說，有3/4的患者是成年期出現膽管囊性畸形症狀者。關於膽管囊性畸形導致膽管癌變的機製，有人認為胰管彙入膽管的開口異常高時，會使胰液反流入膽管引起膽管上皮惡變，其他可能導致惡變的因素有膽汁淤滯、結石形成和囊腔內慢性炎症等。
5、肝吸蟲(中華分支睾吸蟲)感染
華支睾吸蟲感染也被認為與膽管癌的發生有一定聯係，雖然華支睾吸蟲多寄生於肝內膽管，但也可寄生在肝外膽管。蟲體本身及代謝產物對膽管黏膜上皮長期刺激，引起膽管黏膜增生，產生瘤樣改變、癌變。
6、膽道手術史
膽管癌可發生在手術多年之後，可發生在不含結石的膽管，主要是慢性膽道感染導致上皮間變，常是在膽道內引流術後。
7、放射性二氧化釷
與釷有接觸史的患者中，膽管癌的發病年齡較無釷接觸史者早10年，其平均潛伏期為35年(接觸釷後)，且較多發生在肝內膽管樹的末梢。
8、硬化性膽管炎
惡變原發性硬化性膽管炎(PSC)病人患膽管癌的機會也高於一般人群，PSC亦與潰瘍性結腸炎有關。
9、乙型肝炎病毒感染
國內部分膽管癌病人伴有乙型肝炎病毒感染，二者之間是否有聯係尚待進一步闡明。
10、K-ras基因突變
近年來分子生物學研究表明，膽管癌K-ras基因12密碼子突變率達77.4％，說明K-ras基因突變在膽管癌的發生中可能起比較重要的作用。
此外，可能與胰液反流，膽汁淤滯，結石形成，膽管良性腫瘤惡變，肝髒幹細胞的腫瘤樣分化有關，均可造成對膽管黏膜的慢性炎症刺激，進而誘發膽管癌。
肝內膽管癌如合並膽結石及膽道感染，可有發冷、發熱等，且有陣發性腹痛及隱痛。晚期因腹膜侵犯或侵犯門靜脈，導致門脈高壓，可出現腹水。晚期患者可並發肝腎綜合征。
肝內膽管癌的臨床表現主要為伴有上腹部不適的進行性黃疸、食欲不振、消瘦、瘙癢等。如合並膽結石及膽道感染，可有發冷、發熱等，且有陣發性腹痛及隱痛。如位於一側肝管癌腫，開始常無症狀，當影響至對側肝管開口時，才出現阻塞性黃疸。如膽管中部癌不伴有膽石及感染，多為無痛性進行性阻塞性黃疸。黃疸一般進展較快，不呈波動性，檢查可見肝腫大、質硬，膽囊不腫大。如為膽總管下端部，則可捫及腫大的膽囊，如腫瘤破潰出血，可有黑便、大便潛血試驗陽性、貧血等表現。
肝內膽管癌病因尚不清楚，與膽石症的關係也不如膽囊癌密切，因此，膽管癌的一級預防缺乏有效的方法，主要是對肝膽管結石的防治以及定期的係統的健康檢查
肝內膽管癌的實驗室檢查可見血總膽紅素、直接膽紅素、堿性磷酸酶和γ-穀胺酰轉移酶可顯著升高。轉氨酶一般輕度異常，這種膽紅素、轉氨酶升高不平衡現象有助於與病毒性肝炎相鑒別。凝血酶原時間延長，部分患者CA199、CEA可升高。此外還可進行影像學檢查，影像學檢查可以有助於明確膽管癌的診斷，了解有無轉移灶及評估腫瘤可否切除，具體如下。
1、超聲顯像檢查
B超檢查簡便、快捷、準確、花費少，可發現肝內外膽管擴張，顯示膽道的梗阻部位以及梗阻的性質。超聲檢查是梗阻性黃疸的首選檢查。
2、經皮肝穿刺膽道造影（PTC）
PTC可清晰地顯示肝內外膽管樹的形態、分布和阻塞部位。該檢查是侵襲性的操作，術後出血和膽漏是較常見和嚴重的並發症。
3、內鏡逆行膽胰管造影（ERCP）
ERCP不宜作為膽管癌的常規檢查，甚至是相對禁忌的。對高位膽管癌，經皮肝穿刺膽道造影可以顯示膽管癌的部位，也可以置放內支撐導管減黃。ERCP對下段膽管癌有診斷意義，有助於與十二指腸乳頭腫瘤、胰頭癌相鑒別。
4、CT檢查
CT能較準確顯示膽管擴張和梗阻部位、範圍，對確定病變的性質準確性較高，三維螺旋CT膽道成像（SCTC）有代替PTC、ERCP檢查的趨勢。
5、磁共振膽胰管成像（MRCP）
MRCP檢查是一種無創傷性的膽道顯像技術。可以詳盡地顯示肝內膽管樹的全貌、腫瘤阻塞部位和範圍、有無肝實質的侵犯或肝轉移，它是目前肝門部膽管癌理想的影像學檢查手段。
6、核素顯影掃描
使用99m锝EHIDA靜脈注射，然後用γ相機連續攝影，可獲得膽道的動態圖像，對病人無損害，方法簡單。
7、選擇性肝動脈造影和門靜脈造影
主要目的是了解門靜脈及肝動脈與腫瘤的關係及受侵犯情況，幫助術前對腫瘤的可切除性做出評估。數字減影造影（DSA）可以顯示肝門部入肝血流與腫瘤的關係，對膽管癌的擴大根治術有意義。
肝內膽管癌除了常規的治療外，患者注意清淡飲食，多喝水。患者還要注意進食大量的蔬菜以及富含維生素的水果等。忌辛辣刺激性食物。
肝內膽管癌的治療原則是早期病例以手術切除為主，術後配合放療及化療，以鞏固和提高手術治療效果。對於不能切除的晚期病例，應施行膽道引流手術，控製膽道感染，改善肝髒功能，減少合並症，延長生命，改善生活質量。
外科手術切除是膽管癌惟一的根治性治療，輔助性放射治療隻能提高患者的生存率，對於不可切除和局部轉移的膽管癌經有效的膽道引流後，放療可以改善患者的症狀與延長壽命。但是，膽管癌一直被認為屬於放射線不敏感的腫瘤。一般報道放射治療的中位生存期為9～12個月。
膽管癌對化學治療並不敏感，膽管癌較其他胃腸道腫瘤例如結腸癌化療敏感性差。但化療可能緩解膽管癌所引起的症狀，改善患者生活質量，還可能延長存活期。