在胚胎第5周起，原腸管腔內上皮細胞過度增殖而將腸腔閉塞，出現暫時性的充實期，至第9～11周，上皮細胞發生空化過程形成許多空泡，以後空泡相互融合即為腔化期，使腸腔再度貫通，至第12周時形成正常的腸管。如空泡形成受阻，保留在充實期，或空泡未完全融合，腸管重新腔化發生障礙，即可形成腸閉鎖或狹窄。此為十二指腸閉鎖的主要病因（Tandler學說），常伴發其他畸形，如先天愚型（30％）、腸旋轉不良（20％）、環狀胰腺、食管閉鎖以及肛門直腸、心血管和泌尿係畸形等。多係統的畸形同時存在，提示與胚胎初期的全身發育缺陷有關，而非單純的十二指腸局部發育不良所致。有人認為胚胎期腸管血液供應障礙，有缺血、壞死、吸收、修複異常，亦可形成十二指腸閉鎖或狹窄。
病變多在十二指腸第二段，梗阻多數發生於壺腹部遠端，少數在近端。常見的類型有：
1、隔膜型：腸管外形保持連續性，腸腔內有未穿破的隔膜，常為單一，亦可多處同時存在；或隔膜為一膜狀的蹼，向梗阻部位的遠端脫垂形成風袋狀；或於隔膜中央有針尖樣小孔，食物通過困難。壺腹部常位於隔膜的後內側或近、遠側。
2、盲段型：腸管的連續中斷，兩盲端完全分離，或僅有纖維索帶連接，腸係膜亦有楔形缺損。臨床上此型少見。
3、十二指腸狹窄：腸腔粘膜有一環狀增生，該處腸管無擴張的功能；也有表現為在壺腹部附近有一縮窄段。
梗阻近端的十二指腸和胃明顯擴張，肌層肥厚，腸室間神經叢變性，蠕動功能差。腸閉鎖時遠端腸管萎癟細小，腸壁菲薄，腸腔內無氣體。腸狹窄時遠端腸腔內有空氣存在。
因劇烈嘔吐，有明顯的脫水、酸堿失衡及電解質紊亂、消瘦和營養不良等並發症。
1、脫水：鈉鹽（NaCl，NaHCO3）是決定細胞外液滲透壓的主要無機鹽，因此血清鈉濃度是決定血漿滲透壓高低的主要因素，由於水，鈉缺失的比例不同，導致不同的血漿鈉濃度變化和滲透壓變化。脫水時，臨床上常根據血清鈉濃度的高低將脫水分為3種類型：等滲性脫水，低滲性脫水和高滲性脫水。
2、電解質紊亂：水和電解質廣泛分布在細胞內外，參與體內許多重要的功能和代謝活動，對正常生命活動的維持起著非常重要的作用。體內水和電解質的動態平衡是通過神經、體液的調節實現的。臨床上常見的水與電解質代謝紊亂有高滲性脫水、低滲性脫水、等滲性脫水、水腫、水中毒、低鉀血症和高鉀血症。
可作X線直立前後位平片檢查，可見左上腹有一寬大液平麵，右上腹亦有一液平麵，此即為擴張的胃及十二指腸近段，整個腹部其他部位無氣體，形成“雙氣泡征”，此為十二指腸閉鎖的典型X線征象。十二指腸狹窄的平片與閉鎖相似，但十二指腸近端擴張較輕，液平略小，餘腹可見少量氣體。在新生兒腸梗阻時，禁忌作鋇餐檢查，可引起致死性鋇液吸入性肺炎，有時為了與腸旋轉不良作鑒別，可作鋇劑灌腸，觀察盲腸、升結腸的位置。但實際上並非必要，因腹部平片所見，已可確定診斷。年長兒病史不典型，有十二指腸部分梗阻症狀者，可作吞鋇檢查，檢查後應吸出鋇劑
近年在產前應用超聲斷層掃描測得腹腔內有兩個液性包塊，對診斷有一定價值，可為出生後早期手術提供依據。
有十二指腸閉鎖時，孕婦在妊娠早期可能有病毒感染、陰道流血等現象，常有羊水過多征。嬰兒出生後數小時即發生頻繁嘔吐，量多，含有膽汁，如梗阻在壺腹部近端則不含膽汁。沒有正常的胎糞排出，或可排出少量白色粘液或油灰樣物，但亦可有1～2次少量灰綠色糞便。高度狹窄時的症狀與閉鎖相似。狹窄程度輕者，間歇性嘔吐可出生後數周或數月出現，甚至在幾年後開始嘔吐。因屬於高位梗阻，一般均無腹脹，或僅有輕度上腹部膨隆，胃蠕動波少見。因劇烈嘔吐，有明顯的脫水、酸堿失衡及電解質紊亂、消瘦和營養不良。
十二指腸部位在胚胎發育過程中發生障礙，形成十二指腸部的閉鎖或狹窄本病無特別有效的預防措施，早發現早治療是本病防治的關鍵
可作X線直立前後位平片檢查，可見左上腹有一寬大液平麵，右上腹亦有一液平麵，此即為擴張的胃及十二指腸近段，整個腹部其他部位無氣體，形成“雙氣泡征”，此為十二指腸閉鎖的典型X線征象。十二指腸狹窄的平片與閉鎖相似，但十二指腸近端擴張較輕，液平略小，餘腹可見少量氣體。在新生兒腸梗阻時，禁忌作鋇餐檢查，可引起致死性鋇液吸入性肺炎，有時為了與腸旋轉不良作鑒別，可作鋇劑灌腸，觀察盲腸、升結腸的位置。但實際上並非必要，因腹部平片所見，已可確定診斷。
術後立即灌輸營養液，促使康複。禁食刺激性食物如煙、酒、咖啡、濃茶以及各種辛辣調味品，如蔥、薑、蒜、辣椒、胡椒粉、咖喱等。
術前放置鼻胃管減壓，糾正脫水與電解質失衡，適量補充血容量，保暖，給予維生素K和抗生素。
術時必須仔細探查有無其他先天性畸形，如腸旋轉不良和環狀胰腺，閉鎖遠端需注入生理鹽水使之擴張，順序檢查全部小腸，有無多發性閉鎖與狹窄。根據畸形情況選擇術式，隔膜型閉鎖應用隔膜切除術，作切除時須慎防損傷膽總管入口處。十二指腸近遠兩端相當接近，或同時有環狀胰腺者，可作十二指腸十二指腸吻合術。十二指腸遠端閉鎖與狹窄可選擇十二指腸空腸吻合術，但術後可產生盲端綜合征。亦可用十二指腸裁剪法，將擴張段腸管用裁剪法整形吻合，可以早期恢複十二指腸的有效蠕動，提早進食日期，減少並發症。
有人主張胃造瘺可保證胃排空，防止誤吸，並可將胃管通過吻合口進入空腸，早日喂養。亦可在空腸放置導管，術後立即灌輸營養液，促使康複。
十二指腸閉鎖的處理相當困難，療效至今尚不滿意，死亡率在50％左右，預後與確診時間、畸形程度、多發性閉鎖、嚴重合並畸形、早產兒或低體重兒等因素有關。