引起鞏膜炎的真菌是真核微生物，在空氣、土壤和自然界中廣泛分布，可分為酵母菌(yeast)、真菌(mold)和二態菌(dimorphic)。最常見引起鞏膜炎的是絲狀菌(filamentous)，如曲黴菌(aspergillus)、支頂孢菌(acremonium)。另一些形成鞏膜感染的是二態絲狀菌如申克孢子絲菌、鼻孢子菌等，大多數為腐物寄生菌，在全身或局部創傷以及免疫力低下時則發生機會性感染。危險因素有意外創傷，特別是植物性的和土壤因素的鞏膜和角膜外傷，還有眼科手術及全眼球炎、全身細菌及病毒感染、免疫係統異常、慢性消耗性疾病、長期配戴角膜接觸鏡、靜脈吸毒者、慢性疾病長期用藥包括糖皮質激素、免疫抑製劑者等。
真菌性鞏膜炎最常見的危害是導致前鞏膜壞死，引起壞死性前鞏膜炎，出現畏光、流淚、咽痛、視力下降以及結膜囊分泌物等。同時容易並發結膜炎、真菌性角膜炎。嚴重者，因為真菌性角膜炎而導致視力下降，甚至引起失明。混合細菌感染導致眼內容物炎以致眼球萎縮。
真菌性鞏膜炎表現為緩慢進展的壞死性前鞏膜炎，起病緩慢，主要症狀有眼紅、畏光、流淚、眼痛、視力下降和結膜囊分泌物。與細菌性鞏膜炎比較，刺激症狀較輕，病程較長，大部分真菌性鞏膜炎患者有疼痛，可局限於眼，也可沿三叉神經分支放射到顳側頭部及額部，易被誤診為偏頭痛、鼻竇炎、甚至腦瘤等。病變早期鞏膜局限性炎性浸潤，色暗紅，鞏膜病灶及其周圍可出現片狀無血管區，是壞死性前鞏膜炎的關鍵性體征，應仔細檢查。病變可向不同方向發展，可吸收局限，亦可進展成大麵積壞死，受累鞏膜可壞死變薄。壞死區周圍鞏膜水腫，表層鞏膜血管擴張迂曲、移位，愈合後壞死區鞏膜菲薄，呈灰藍色外觀，可暴露葡萄膜，但很少發生葡萄腫，伴有毗鄰組織的真菌感染，以角膜炎多見。表現為角膜中央或旁中央孤立或散在的基質內膿腫，白細胞浸潤或淺表潰瘍，無光澤呈苔垢狀。潰瘍緣呈羽毛狀環形浸潤或淺溝，與周圍組織境界明顯，周圍有孤立的圓形點狀浸潤，稱為“衛星灶”。有時潰瘍周圍有免疫環，50％的真菌性角膜炎患者可形成黏稠的前房積膿。
真菌感染為機會性感染，一般和激素的長期不合理應用，或者抗生素的使用相關，在長期應用抗生素及激素的情況下出現眼部炎症應該想到真菌性感染的可能，並及時處理注意做好眼睛的防護，避免外傷而引起真菌感染眼科手術後注意合理的用藥，避免濫用抗生素避免長期佩戴隱形眼鏡，以免導致眼睛的抵抗力下降，而容易引起感染
根據病史和臨床表現懷疑真菌性鞏膜炎應立即進行實驗室檢查。角膜或鞏膜區刮片行革蘭染色或姬姆薩染色可顯示真菌的形態（有隔膜的菌絲碎片），革蘭染色檢出率約55％姬姆薩染色檢出率約66％。確診需培養出真菌。培養真菌需時較長，為提高培養的陽性率，同時接種幾種不同的培養基。常用的真菌培養基如薩布羅葡萄糖瓊脂適合真菌生長，血瓊脂培養基適宜多數酵母菌，二態真菌在37℃孵箱中生長，巧克力瓊脂、心-腦浸出液（BHI）培養基適宜抗酸真菌生長，Thioglycolate培養基適宜分枝杆菌生長。用2個培養盤，一個在室溫下培養，另一個在35℃常規培養真菌。
如果角膜發生匐行性改變，有真菌性角鞏膜炎的臨床表現，真菌培養和鞏膜或角鞏膜活檢陰性，對廣譜抗生素治療無效，真菌可通過完整的Descemet膜侵入前房，引起前房積膿，角膜尚未穿孔時行前房穿刺，立即用血瓊脂或SDA、或BHI室溫培養，以確定真菌。但前房穿刺時的創口可能將細菌等微生物接種於前房，必須慎重。
真菌性鞏膜炎患者應多吃清淡的食物，不要吃過於油膩的食物。注意多吃生菜、胡蘿卜與西紅柿等蔬菜。還應多吃水果，特別要吃柑桔類水果、葡萄、檸檬、香蕉、杏子。
真菌性鞏膜炎治療之前必須明確診斷。在缺乏實驗室證據，沒有分離出真菌，最好延遲或不進行抗真菌治療因為一些少見的微生物如放線菌、阿米巴、厭氧菌都可引起鞏膜炎或角鞏膜炎。
臨床上理想的抗真菌藥應當無毒、廣譜及易透入眼組織。抗真菌藥物需長期的局部點眼、結膜下注射口服和靜脈滴注。由於缺乏特效的抗真菌藥物和藥物穿透眼組織較少限製了抗真菌藥物的治療效果。不同真菌菌株對抗真菌藥物的敏感性差異較大應針對不同真菌菌株，選用有效的抗真菌藥物治療常用抗真菌藥物有多烯類、三唑類及其他類。
多烯類抗真菌藥，能與敏感真菌細胞膜上的固酶結合，破壞真菌細胞膜的通透性，影響真菌的代謝，從而起到抗真菌作用。二性黴素B，可用葡萄糖配成2～5mg/ml滴眼，高濃度刺激性大，應慎用。結膜下注射或靜脈滴注，該藥眼內通透性差可損害腎功能，結膜下注射易致結膜壞死。二性黴素溶液不穩定、怕光，應新鮮配製，放冰箱中可保存4天。
那他黴素廣譜抗真菌藥，可配成5％混懸液滴眼。每天不少於20次，鞏膜炎或角鞏膜炎愈合後，維持2～3周。近年文獻報道采用那他黴素聯合其他抗真菌藥，效果更佳。