一、發病原因：
從本質上講東方馬型腦炎屬蟲媒病毒A組，且Ten Broeck株是其代表株。此病毒的特點是在電鏡下病毒顆粒為球形RNA病毒，有囊膜，直徑為40～60nm。其特性為病毒在pH5.1～5.7不穩;對乙醚、甲醛紫外線、脫氧膽酸鈉敏感;對胰酶不敏感;在-70℃的環境下可長期保存;但是如果在60℃環境中連續加熱10min即可滅活;能凝集1天齡雛雞和成年鵝紅細胞。此病毒致病力。此病毒並不難培養與繁殖，在雞胚、地鼠腎、豚鼠腎、猴腎、鴨腎等組結培養下良好繁殖;此病毒對動物也有較較的侵襲力和致病力，例如對於小白鼠、豚鼠和雞;同時，此病毒能使許多鳥類和齧齒類動物發病，如果在腦內接種和皮下接種此病毒的話。
本病有嚴格季節性，多在7～10月，以8月份為高峰。在人間流行前幾周，常先在家畜、家禽之間流行。本病毒對人的感染大多侵犯10歲以下兒童和50歲以上老年人。據統計10歲以下兒童約占70%，男女無明顯差別。10～50歲之間顯性感染少。
二、發病機製：
被受感染節肢動物一般是蚊子叮咬之後，病毒在局部組織及局部淋巴結複製病毒並傳播到全身，傳播到腦部引起腦部的變性。感染嚴重程度和敗血症的發生與持續取決於神經係統外局部組織內病毒複製的階段，單核-巨噬細胞係統清除病毒的速度以及特異性抗體的出現，個人自身的免疫能力也有影響，故而不同患者不同病情臨床表現較大差異。
病理改變：肉眼可見大腦充血水腫，並有多處有出血灶，廣泛的神經細胞變性。顯微鏡檢查見神經細胞變性壞死，血管周圍有淋巴細胞、單核細胞和多形核白細胞浸潤形成，膠質細胞增生和多形核白細胞堆積形成結節。
