在美洲本病須與西方馬腦炎、聖路易腦炎、單純皰疹性腦炎等鑒別診斷。例如西方馬腦炎、聖路易腦炎的主要特點如下所述：
1、西方馬腦炎
是由西方馬型腦炎病毒引起的人馬共患的病毒性疾病。因首先發現於美國西部，故稱為西方馬型腦炎。主要臨床表現與東方馬腦炎相似，但要比東方馬腦炎輕，病死率亦低。西方馬型腦炎病程3～5 天，大多在8～14 天。成年人多無後遺症，乳幼兒後遺症常有智能低下、情緒不穩、四肢強直性癱瘓;老年患者則表現為精神障礙和人格改變。
2、聖路易腦炎
大多為隱性感染，臨床症狀與其他病毒性腦炎相似，以發熱、頭痛和中樞神經係統症狀為主要症狀，一般持續數天後即可完全恢複，通常病程經過良好，少數患者病後留有不同程度後遺症。
3.單純皰疹性腦炎
是由單純皰疹病毒引起的中樞神經係統最常見的病毒感染性疾病。可有口唇皰疹史，體溫可達38.4-40.0℃，並有頭痛輕微的意識和人格改變，有時以全身性或部分性運動性發作為首發症狀。前驅期有發熱、頭痛、肌痛、嗜睡、腹痛和腹瀉等症狀。
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