病因：
雖然有多種重要理論，但目前AS的確切病因尚不清楚。首先，遺傳因素起重要作用。雖然已經肯定HLA-B27和本病的發病機製有直接關係，但其病理生理作用還不明了，而且非MHC基因也和本病的發病風險相關。其次，軟骨似乎是異常免疫反應的重要靶組織。第三，伴有TNF-α過度表達的細胞因子失調，以及炎性腸炎是本病的突出特點。第四，有證據表明，骨形成蛋白在強直性脊柱炎的發病機製中具有一定作用。
（一）遺傳因素
1.MHC類基因
（1）HLA-B27
AS是一種具高度遺傳性的疾病，最近關於AS的家係和孿生研究顯示，存在遺傳易感性多基因模式。HLA-B27基因是人類MHC類分子B位點上的等位基因，它位於人的第6號染色體的短臂上，由8個外顯子和7個內含子組成，編碼分子量為43Ku的糖蛋白。HLA-B27分子由α鏈(重鏈)和p鏈(輕鏈，即β2微球蛋白)2條多肽鏈組成。
HLA-B27是一種與強直性脊柱炎相關的致病基因，其相關強度居於與HLA有關聯的疾病之首，其編碼的B27抗原在細胞免疫應答中起著重要作用。HLA-B27基因具有廣泛的地理分布，攜帶情況存在種族和地區差異，歐洲、北非、北美、東方人均發現攜帶，而在南美、澳大利亞未與外界通婚的土著人中未發現HLA-B27，亦不患AS，並且發病與該地區人群中的HLA-B27頻率有關。有報道證實，強直性脊柱炎患者的HLA-B27陽性率在83%～95%之間，而正常人群HLA-B27陽性出現的頻率平均大約為4%～8%之間。據流行病學調查，在HLA-B27陽性人群中，強直性脊柱炎的發病率較高，可達20%左右，強直性脊柱炎患者的一級親屬中HLA-B27陽性者非常易患本病，患病率可達11%～24%，比一般的HLA-B27陽性群體高10倍，比正常人群高出120倍甚至高200倍。
（2）HLA-B基因
通過對同卵和異卵雙胞胎As患者研究發現HLA-B27與AS的相關性大約隻占16%。提示除了HLA-B27外，其他的基因也可能與AS具有相關性。國外資料顯示，HLA-B60是次於HLA-B27的AS易感基因。據統計，同時攜帶B27和B60的人AS的發病可能性是僅B27陽性者的3-6倍，且症狀重。2004年在中國台灣的研究發現：HLA-B60和B61獨立於HLA-B27與AS強相關。在加拿大的AS多發家係中也發現HLA-B40(B60、B61)對B27陽性AS患者有35%的危險性。在墨西哥混血兒中所做調查顯示，AS不僅與HLA-B27連鎖，也與HLA-B39連鎖。HLA-B39與HLA-B27在B口袋上結構很相似，且在B27陰性的AS患者中頻率增高。西班牙的AS患者的調查研究中發現，HLA-Ag(A*2402)在AS患者中的頻率明顯高於B27陽性的健康對照組，且在外周關節炎的患者中也有所增高。
（3）HLA-DR基因
近年來，HLA-DR與AS的關聯在不同人群中均有報道，英國發現DRI、DRS在AS患者組中明顯增高，且DRI純合子更易致病，認為DRI是不依賴於B27而與AS關聯，而DR12與AS呈負相關。但在國內實驗結果認為，DPBI*0401在B*2704發個體中具有降低AS易感性的作用。法國SpA家係研究中發現，SpA患者中DR4等位基因比HLA-B27陽性健康同胞有明顯的異常傳遞，其餘的DR等位基因未見這種異常，這提示SpA患者DR4的傳遞可能不依賴HLA-B27而獨立進行，進一步說明了HLA-DR是AS的易感基因。
（二）感染因素
60％以上的AS患者出現亞臨床炎症改變，血清IgA抗體水平明顯升高，且血清濃度與反應蛋白水平顯著相關。研究發現，抗克雷白杆菌抗體與AS患者的腸道損害是密切相關的。研究者利用基因轉殖技術將人類的HLA-B27植入老鼠體內的基因，這種轉基因老鼠 (Transgenicmice)經過暴露於某些環境因素(如細菌感染)之後，也象人類一樣會產生類似脊柱炎的症狀且以腹瀉而發病，而在無菌環境中培育的轉基因鼠和攜帶HLA-B27基因數量少的大鼠則沒有關節炎症和腸道病變出現。轉基因鼠在無菌環境中，並不發生與SpA相似的病變，必須生活在有菌環境中才發病，提示環境因素是B27相關疾病發生不可缺少的條件。
創傷、內分泌、代謝障礙和變態反應等亦被疑為發病因素。總之，目前本病病因未明，尚無一種學說能完滿解釋AS的全部表現，很可能在遺傳因素的基礎上的受環境因素(包括感染)等多方麵的影響而致病。
