（一）椎間盤突出：椎間盤脫出是引起炎性腰背痛的常見原因之一。該病限於脊柱，無疲勞感、消瘦、發熱等全身表現，多隻限於腰部疼痛，活動後加重，休息緩解；站立時常有側曲。觸診在脊柱骨突有l～2個觸痛扳機點。所有實驗室檢查包括血沉均正常。它和AS的主要區別可通過CT、MRI或椎管造影檢查得到確診。腰部X椎間隙狹窄或前窄後寬或前後等寬；椎體緣後上或下角屑樣增生或有遊離小骨塊；CT可證實。
（二）髂骨致密性骨炎：本病多見於於中、青年女性，尤其是有多次懷孕、分娩史或從事長期站立職業的女性。其主要表現為慢性腰骶部疼痛和發僵，勞累後加重，有自限性。臨床檢查除腰部肌肉緊張外無其他異常。診斷主要依靠X線前後位平片，其典型表現為在髂骨沿骶髂關節之中下2/3部位有明顯的骨硬化區，呈三角形者尖端向上，密度均勻，不侵犯骶髂關節麵，無關節狹窄或糜爛，骶骨側骨質及關節間隙正常。
（三）彌漫性特發性骨肥厚（DISH）綜合征
該病發病多在50歲以上男性，患者也有脊椎痛、僵硬感以及逐漸加重的脊柱運動受限。其臨床表現和X線所見常與AS相似。但是，該病X線可見韌帶鈣化，常累及頸椎和低位胸椎，經常可見連接至少四節椎體前外側的流注形鈣化與骨化，而骶髂關節和脊椎骨突關節無侵蝕，晨起僵硬感不加重，血沉正常及HLA-B27陰性。根據以上特點可將該病和AS區別開。
（四）胸椎結核：有肺、淋巴結結核的原發灶，伴結核中毒症狀，常侵犯第10胸椎至第一腰椎，有背痛、駝背、脊髓壓迫症等。X線檢查見腰椎挺邊緣模糊、椎間隙變窄、骨質破壞、椎體呈楔形，常有脊柱旁冷性膿腫陰影，骶髂關節常為單側受累，無韌帶骨贅。抗結核治療有效。
（五） 其他
AS是脊柱關節病的原型，在診斷時必須與骶髂關節炎相關的其他脊柱關節病如銀屑病關節炎、腸病性關節炎或賴特綜合征等相鑒別。此外，脊柱骨關節炎、類風濕關節炎和等累及骶髂關節或脊柱時，需進一步根據相關的臨床特征加以鑒別。
