垂體巨大畸形需要與以下疾病鑒別：
1.兒童性早熟(precocious puberty) 早期有身高增長過快、骨齡超前，常伴有第二性征提早出現，血hGH正常可鑒別。
2.家族性身材高大(familial tall stature) 多數病人有家族史，在家族中或其直係親屬有身材高大者。這類患兒除體格勻稱性的高大外，無任何其他症狀。
3.皮膚骨膜增厚症(osteoarthropathy hypertrophy) 又稱特發性骨關節肥大症，主要見於男性，為常染色體隱性遺傳或不完全顯性突變基因引起，病人在青春期生長突飛猛進，在手足迅速增大同時頭麵部和手腳皮膚增厚，皮膚褶皺多、深，指(趾)端增大呈鼓槌狀。X射線長骨片可表現有骨膜新骨沉積，通常蝶鞍正常，血生長激素水平無升高。
4.腦性巨人症 主要與腦性巨人症鑒別，臨床症狀與垂體性巨人症，肢端肥大症相似。本病於出生後身高體重較大，嬰幼兒期明顯生長過速。智力低下。不伴有血清GH水平過高。
5.馬方綜合征(Marfans syndrome) 為常染色體顯性遺傳結締組織病。因體型細身，手足指趾細長又稱蜘蛛指趾。臨床除高身長外，高齶弓，關節鬆弛過度伸展、脊柱側後變畸形。眼部晶體脫出，有些病人伴有心血管係統先天性畸形。本症皮膚外表常正常。可見膨脹紋。在其真皮的上部可見平行排列的膠原束和彈力纖維。皮下脂肪稀少。實驗室可有尿羥脯胺酸排泄量增高，有利於本病診斷。
6.單純性凸頜症(simple prognathism) 這類病人常誤診為肢端肥大症早期，但此類病人血中GH水平正常。
7.先天性睾丸發育不全式小睾丸症(Klinefelters syndrome) 屬染色體畸形病，染色體核型常為47，XXY或46，XX/47，XXY嵌合型，因此致睾丸生殖細胞發育不良。此病者體形高瘦，缺乏男性第二性征。睾丸細小，無精子產生，常並有不育症。另一類染色體畸形為48，XXYY及47，XYY綜合征，在青春發育前出現生長增快和下頜骨突出症狀，需要與垂體巨大畸形相鑒別，經染色體檢查可區分。
8.突眼、巨舌、巨人綜合征 又稱Beckwith-Wiedemann綜合征(Beckwith-Wiedemann syndrome，BWS)，是以新生兒巨大畸形、巨舌、內髒肥大伴低血糖為特征的遺傳性疾病。1963年由Beckwith等描述。患兒除出生巨大畸形外，並有巨舌、臍疝、頭小，15%表現半身性肥大，常有智能低下。
