應注意與急性闌尾炎、膽道蛔蟲症、急性胰腺炎、肝膿腫及急性傳染性肝炎加以鑒別。急性膽囊炎、膽管炎伴發腹膜炎時，應與其他原因引起的腹膜炎如闌尾炎、胰腺炎及消化道穿孔(如傷寒腸穿孔)等鑒別。除一般病史、體征及X線檢查外，超聲波可測知膽囊大小及囊壁是否粗糙增厚，腹腔穿刺檢查也有助於診斷。
1.急性闌尾炎 小兒的盲腸位置相對較高，部分闌尾伸向右上腹部。高位闌尾炎時，可表現右上腹壓痛、肌緊張。易與急性膽囊炎相混淆。除臨床表現外，超聲檢查有助於鑒別。
2.膽道蛔蟲症 常有吐蟲或便蟲史，表現為陣發性右上腹劇痛，腹部體征輕微。且在疼痛緩解期，病兒無任何不適感。膽囊炎表現為持續性腹痛，並有高熱、黃疸等表現。
3.急性胰腺炎 小兒急性胰腺炎少見。部分病兒有外傷或腸蛔蟲症史。臨床表現上腹或上腹部偏左持續性疼痛，亦有高熱、惡心、嘔吐。胰腺區域有明顯壓痛。白細胞可高達20×109/L以上。血、尿澱粉酶含量增高為鑒別診斷的重要依據。
4.肝膿腫 有高熱、肝區疼痛、右上腹痛性包塊、肝髒腫大及明顯觸痛等征象。超聲波可探及肝內液平段;X線檢查示膈肌升高和活動受限，部分病例可出現右肺或右胸膜腔炎。
5.急性傳染性肝炎 病毒性肝炎有肝炎接觸史。病兒腹部悶脹、食欲不振、乏力、低熱。鞏膜黃染，右季肋下可觸及腫大的肝髒，並有輕度觸痛，肝功能異常。腹部平坦柔軟，無反跳痛。白細胞計數可不增高且有肝功能異常。
