中華原創醫學是指以東方文明整體觀為指導建立的醫學知識體係，既有別於建立在西方文明還原論為基礎的西方醫學，也有別於近年來以西方還原論為指導經改造後的“中醫”。故冠之“原創”以示區別。
如前所述，人與宇宙密切相關，是個如同宏觀宇宙般複雜的小宇宙，包含了作為係統的全部屬性。中醫理論還認為人體是具有適應性調節能力的自穩態係統，這種適應性協調功能源於內部的自組織能力。這種自組織能力“心”或“神”與生命的物質基礎（“形”）構成人體生命的兩大要素（示意如圖2）。正常情況下，心和身都應該全麵健康且全麵協調，這就是“正”（古時“正”和“證”同義）。雖然“神”“形”同為構成人體生命的要素，然而地位卻不相同。相對於人體的物質結構（形）而言，構成人體生命的自組織能力卻更重要。中醫的診斷學和治療學正是圍繞著自組織能力（神）的變化而展開。所謂“辨證”實為“辨正”。即，辨別患者自組織能力偏離正常狀況——“證”的方向與程度。“施治”的標準也以整個係統或者說主要以“神”的得失為依據。作為鮮明對照，以還原論為基礎的西方醫學診斷學強調“致病因子”的物質確定為依據，而治療學則以致病因子的消除為終結。其簡要示意如圖3。
比較圖2與圖3，不難看出：東方醫學的特點是將人體生命視為係統，擅長對係統的信息結構進行綜合；西方醫學將人體視為物質的“邦聯”，細胞的“邦聯”，基因的“邦聯”，精於對係統的物質成份及其結構進行分析。
其實，無論是東方醫學所持之整體論抑或西方醫學所持的還原論，原本都是人類認識自然和認識自我的曆史財富，不應厚此而薄彼。更不應用此論的價值觀去褒貶彼論的得失。
早在三千年前，老子就說過：這兩者（即道德第一章“恒有欲”和“恒無欲”之法）在認識客觀世界方麵均很靈驗（二者同曰“玄”）。如果研究者能將這兩種方法有機地結合（玄之又玄），就能更深刻地認識客觀世界的本質（眾妙之門）。然而，近三百年來，由於曆史原因，逐漸形成今日還原論在“朝”、整體論在“野”的局麵。隨著西學的東漸，人們對還原論的認識由崇拜而迷信，直至將其推上“科學警察”、“行動指南”的無上地位。凡符合“還原論”思維的即為科學，否則即為“不科學”、“偽科學”。
這種態勢，不僅對以整體觀為基礎的中華原創醫學健康發展十分不利，而且對整個科學領域的創新活動也是個障礙。半個世紀以來，新中國科學創新發展勢頭，在關鍵時刻屢遭挫折均與此種陳舊科學觀擋道有關。
如果說，半個世紀前我們曾因迷信西方而盲目地將牛頓時代的舊科學觀視為審判中華原創醫學得失之審判庭尚屬情有可原的話，那麼，當我們在黨中央領導下意氣風發地步入複興中華文明的偉大時代，卻仍然堅持這種舊觀念，勢將嚴重阻礙中國的科學進步與發展。中醫作為碩果僅存的原創係統知識體係，最有希望成長為當代科學創新的生長點。因此，解脫多年來強加在她身上沉重的還原論枷鎖桎梏具有戰略意義。
