肝囊腫有先天的，也有後天的。先天性肝囊腫是由於胚胎時期肝內膽管或淋巴管發育異常造成的；後天性肝囊腫可能是肝髒管道發生退行性改變的結果。
由於形成的原因不同，可以分成①先天性肝囊腫，②創傷性肝囊腫，③炎症性肝囊腫，④腫瘤性肝囊腫，⑤寄生蟲性肝囊腫。平常我們見得最多的90％以上的囊腫就是先天性肝囊腫（也叫真性囊腫）。
先天性肝囊腫：由於肝內膽管和淋巴管胚胎時發育障礙，或胎兒期患膽管炎，肝內小膽管閉塞，近端呈囊性擴大及肝內膽管變性，局部增生阻塞而成，多為多發。
創傷性肝囊腫是肝髒外傷後的血腫或組織壞死液化形成的一個囊腔，因為它不是一個真正的囊腫，所以也把它叫做假性囊腫。
炎症性肝囊腫是由膽管發炎或結石梗阻引起的膽管囊狀擴張，內容物是膽汁，也叫膽汁瀦留性囊腫。
腫瘤性囊腫包括畸胎瘤、囊狀淋巴管瘤、囊腺瘤等。
寄生蟲性囊腫主要是肝包蟲性囊腫，病人在牧區接觸犬、羊或直接食入棘球蚴絛蟲卵後，蟲卵在腸道孵化成幼蟲進入血液停留肝髒生長發育成包蟲成蟲，並在肝髒內形成包蟲生活的一個“窩”，這個“窩”就叫肝髒包蟲囊腫。
肝囊腫常見的並發症是破裂出血、細菌感染、瘺及穿透，罕見癌變。
囊腫感染
囊腫感染是多囊肝的少見並發症，近期有過腹部手術史腎移植和慢性炎症為其危險因素。表現為發熱右上腹痛、血沉加快、血白細胞增多、血清堿性磷酸酶升高，較少有膽紅素及穀草轉氨酶的升高，絕大多數以大腸杆菌感染為主。CT檢查發現囊腫內有氣泡形成提示感染。如果近期有囊腫穿刺史或含氣的膽管相通但CT上亦顯示看到氣體囊腫穿刺抽液有利於診斷治療以囊液引流加抗生素治療為主
其他並發症
多囊肝可並發肝靜流出道阻塞，引發梗阻性黃疸。部分患者伴有先天性纖維化，發病年齡從出生到24歲不等，常伴有脾大及門脈高壓表現。
肝囊腫生長緩慢，所以可能長期或終生無症狀，其臨床表現也隨囊腫位置、大小、數目以及有無壓迫鄰近器官和有無並發症而異。
先天性小肝囊腫常無症狀，通常增大至相當大才有症狀，包括上腹脹、痛、腹塊、肝大，如合並感染則有發熱、疼痛等炎症表現。
肝囊腫可以出現肝區疼痛，腹脹，有時囊腫突然增大或繼發感染，可以突然發生腹痛加劇，或發燒。有時上腹部可觸及包塊，有的病人出現腹痛，嘔吐，黃疸。肝囊腫加大壓迫胃部時，患者可出現不敢正常進食或飽餐；擠壓心髒時，可以出現心髒衰竭的症狀，如胸悶、呼吸困難、咳嗽、咳痰等。
肝囊腫發生惡變，引發肝腫瘤時，一般會出現體重減輕、疲倦、貧血、腹痛及肝腫大等症狀。一經發現就需積極治療。
先天性肝囊腫目前尚無有效預防措施；後天性肝囊腫多由外傷，炎症，甚至腫瘤也可以引起，故應積極治療原發疾病預防肝囊腫的發生應注意：
1、改變日常飲食的習慣，減少食物中脂肪含量及總熱量無論是乙肝病毒攜帶者還是乙肝患者，合理平衡膳食始終是貫穿於日常生活中的重要環節，若能重視飲食調養，將有助於提高自身免疫力、改善肝髒功能，“帶毒”照樣可以延年益壽
2、酒類飲料：酒類、特別是白酒，對於多囊肝患者來講宜戒掉，酒類對與肝髒的刺激性尤為重要，會加速囊腫的生長，同時也需要肝髒分解，加重肝髒負擔並且損傷肝細胞
3、油膩辛辣的食物要避免大量食用，防止給肝髒帶來額外的損傷在保證必需的營養基礎上，飲食要盡量清淡，更不要吃燒烤油炸類的食品
4、應注意休息：肝囊腫患者要多注意休息，避免過勞或過累，加重肝髒損傷
超聲檢查
肝髒囊腫檢查首選B超檢查，超聲顯像最具診斷價值，既便宜簡單又準確可靠，可清楚顯示典型液性占位。
肝髒CT
CT對肝囊腫的診斷意義很大，可以把整個肝髒顯示在CT片上，然後肝髒上所有大大小小的囊腫都可以呈現在CT片上。這種圖像的顯示比我們平時看到的B超圖像要全麵、清楚，可以更好地了解肝髒囊腫的情況。
包蟲囊液皮內試驗
肝髒包蟲性囊腫可以做包蟲囊液皮內試驗（Casoni試驗），但禁止做診斷性穿刺，以免引起過敏性休克和包蟲腹腔擴散
肝囊腫病人在飲食上應注意：
一、患上肝囊腫多吃可提高免疫力的食物。如山藥、烏龜、香菇、獼猴桃、無花果、蘋果、沙丁魚、蜂蜜、牛奶、豬肝等。
二、肝囊腫患者應多抗癌，抗腫瘤，增強免疫力的食物，補充足量的蛋白質。其中硒、鐵含量豐富的菠菜，海類食品，雞蛋等可以適當多食，具有較好的抗癌防癌功效。每天應保證攝入足夠的蛋白質，豆製品、牛奶、瘦肉中蛋白質含量豐富。山藥、香菇、蜂蜜、豬肝，新鮮水果中的獼猴桃、蘋果、葡萄等可提供機體所需的維生素及礦物質，增強機體免疫力。調料品中的大蒜具備很好的抗癌，防癌，助消化作用可適當食用。
三、患上肝囊腫多吃富含維生素的食物。如新鮮的水果、蔬菜等，這樣不僅可以為機體提供所需的營養，而且還可起到輔助抗腫瘤、抗癌的作用，防止肝囊腫癌變。
四、肝囊腫的患者還要注意飲食要偏向清淡，不要食用辛辣刺激、油炸、煙熏性食物，發酵性食物。嚴禁煙酒，避免加速囊腫生長。
肝囊腫既不會影響肝功能，也不會發展為肝癌，凡無明顯症狀或肝功能受損者可不予治療，隻要定期複查即可。
如果肝囊腫體積較大，臨床症狀明顯，且患者對症狀不能耐受，或已影響肝功能，則可手術治療。通常采取部分囊壁切除術，或稱“開窗術”，凡囊液清而無膽汁者均可切除淺表部囊壁而保留肝實質內的囊壁，使囊液引流至腹腔並由腹膜吸收；多囊肝亦可如法處理。與膽管相通者應設法封閉囊內的膽管開口，不得已時可作內引流術。伴感染者可作引流，導管吸引。也可應用經皮穿刺抽出囊液後注入無水酒精以消滅囊壁內皮的方法治療。在超聲波的引導下，將一根細細的針插入囊腫，用細針將囊腫內的液體抽出來，然後再注入純酒精，使肝囊腫硬化閉塞。
對於孤立性肝囊腫除非發生囊腫破裂、囊蒂扭轉或囊內出血等並發症，進行緊急手術治療外，擇期手術需要根據囊腫的大小、部位和病人的全身情況和自覺症狀而定。手術治療，將囊腫連同囊腫的膜一起摘除，可解決病人的疼痛。
多囊肝通常應采取非手術治療，由於其病變累及整個肝髒，除非采用肝移植，否則不能根治本病。多囊肝一旦由於肝腫大壓迫胸腹部影響呼吸循環時，需考慮手術減輕壓力。
大的肝囊腫有症狀出現者最好施行手術治療，因為穿刺抽液等保守療法一般容易複發，並且帶來細菌汙染可能。然而，可根據具體條件用以下手術方法：
1.肝切除術；
2.囊腫切除術；
3.囊腫開窗術或囊腫大部切除術；
4.囊腫內引流術；
5.囊腫穿刺抽液及硬化術。
多囊肝的手術：除非病變局限於肝的一葉，且伴有症狀；或疑有惡變者，一般多不主張手術治療。多囊肝當發現其中個別囊腫增大迅速，壓迫鄰近髒器，嚴重影響病人日常生活或心肺功能時，可以對較大的囊腫進行反複穿刺抽液。如果病人全身情況良好，肝功正常，也可作開窗術，以減輕壓力，緩解症狀，促使肝細胞再生。有條件者可進行肝移植，以徹底根治本病。
多囊肝合並多囊腎的治療：多囊肝的治療參照以上方案。多囊腎沒有症狀時，可觀察並定期複查腎功能。若出現症狀(如腰痛、血尿、高血壓、腎功能衰竭等)，則需要手術治療，包括穿刺或切開囊腫，降低囊腫壓力，有時可以延緩病變的進展和腎功能衰竭，必要時進行透析療法。根治的方法需要腎移植。
創傷性肝囊腫如果沒有感染或膽汁瀦留，可以自行吸收。否則需要做穿刺引流或手術引流。炎症性肝囊腫需要手術治療原發病如膽管結石、膽道狹窄等。腫瘤性肝囊腫常常需要手術進行切除。肝包蟲性囊腫需要手術治療。先天性肝囊腫絕大部分都不需要處理，隻需要定期觀察。一部分生長較快、囊腫較大、伴發感染、出現症狀者需要處理。