原發性硬化性膽管炎的發病原因有感染因素、腸毒素吸收因素、遺傳因素、免疫因素和膽管缺血因素，具體介紹如下：
1、感染因素
原發性硬化性膽管炎病因至今未明，感染因素是較早觀點之一。見於原發性硬化性膽管炎常伴發炎性腸病(IBD)，一般報道在70％左右，其中以潰瘍性結腸炎(UC)最多見，克隆氏病較少，認為細菌及其毒素通過炎性病變腸壁經門靜脈至膽管周圍而發病。
2、腸毒素吸收因素
如上所述，原發性硬化性膽管炎和IBD密切相關，炎症性腸病作為潛在致病因素早已引起注意。推測炎症腸黏膜屏障通透性增高，細菌內毒素、毒性膽酸吸收增多，激活肝內Kupffer細胞使腫瘤壞死因子(TNF)產生增多，導致類似原發性硬化性膽管炎病理變化的膽管破壞和增生。在動物研究中，許多藥物如抗生素、細菌細胞壁成分抗體及腫瘤壞死因子抑製劑可以阻斷實驗動物的原發性硬化性膽管炎病理變化。對於IBD發病率、發病時間、疾病的嚴重程度和原發性硬化性膽管炎在時間上不一致問題如：25％原發性硬化性膽管炎患者結腸正常，原發性硬化性膽管炎發生於結腸病之前，切除結腸後對原發性硬化性膽管炎病程並無影響等，新近有學者提出參與免疫反應的部分淋巴細胞有記憶功能，早期激活後靜止下來，以後再遇刺激時啟動疾病發生。上述觀點雖可解釋兩者關係的部分矛盾現象，尚無直接證據證明IBD是原發性硬化性膽管炎直接病因，最合理解釋是兩種不同器官對共同病因的病理生理反應差異。
3、遺傳因素
原發性硬化性膽管炎在家族成員集中發病現象與HLA密切相關的事實提示遺傳因素在原發性硬化性膽管炎發病中的重要作用。與原發性硬化性膽管炎有關的HLA等位基因較多，它們在原發性硬化性膽管炎發生、發展中可能起著不同作用。HLA-B8見於60％-80％的原發性硬化性膽管炎患者，HLA-DRB1和DRw52a可能決定了原發性硬化性膽管炎的遺傳易感性，而DR4的存在是病情迅速惡化的標誌。有報道原發性硬化性膽管炎與TNF-α受體基因的多態性有關，TNF-α基因第308位上的堿基G取代A與原發性硬化性膽管炎易感性明顯相關。基質金屬蛋白酶(MMP-3)的多態性可能同時影響本病的易感性和疾病的發展。另有文獻顯示MICA-002堿基能明顯降低發生原發性硬化性膽管炎的危險性而MICA-008能增加發生原發性硬化性膽管炎的危險性。以上眾多的事實提示原發性硬化性膽管炎的發生和發展有其內在的遺傳基礎。
4、免疫因素
目前更看重免疫機製，在細胞免疫方麵，發現肝門管區及膽管周圍浸潤的炎性細胞均以T淋巴細胞為主，門管區多數是具有免疫輔助誘導功能的T淋巴細胞亞型CD4，膽管周圍主要聚集有抑製免疫和細胞毒性的另一亞型CD8細胞。正常人的膽管上皮皆由HLA-Ⅰ級抗原表達，研究發現原發性硬化性膽管炎患者的膽管上皮由HLA-Ⅱ級抗原—DR表達，但在部分原發性膽汁性肝硬變及各種原因所致的肝外膽管梗阻者，膽管上皮中也有相同異常發現，膽管上皮的HLA-DR顆粒與原發性硬化性膽管炎發病關係尚不清楚。體液免疫方麵的證據多為非特異性：原發性硬化性膽管炎患者血中各種免疫球蛋白水平不同程度升高；抗細胞核因子及抗平滑肌抗體陽性；血液和膽汁中的免疫複合物水平增高及廓清受損；血中多發現抗中性粒細胞漿抗體有研究發現，一種僅表位於肝外膽管上皮和結腸上皮的肽類物質，在16例原發性硬化性膽管炎中約2/3的血清檢測為陽性，而其他肝病及繼發性肝外膽管狹窄者檢測均為陰性，其病理生理作用還不清楚。
5、膽管缺血因素
膽管缺血可造成缺血性壞死，導致膽管纖維化和硬化，出現淤膽和原發性硬化性膽管炎的影像學和組織學變化，常出現於介入化療、肝移植和膽囊切除術後。嚴格意義上講膽管缺血所致硬化性膽管炎不屬原發性硬化性膽管炎範疇。雖然各種致病因子都可能在原發性硬化性膽管炎發病機製中發揮作用，但不同階段可能有一種或多種因素發揮主要作用。
對原發性硬化性膽管炎患者隨訪5～10年，發現50％的患者可有慢性肝病，門脈高壓症，腹水，門體肝性腦病，骨代謝疾病，腹瀉，脂痢，脂溶性維生素缺乏及肝衰竭等，隨著病情進展會出現肝髒功能損害所致的一係列後果。原發性硬化性膽管炎特有的並發症為菌血症，膽石症及膽管癌。
1、菌血症
可反複發生，可能繼發於慢性膽道感染或血行細菌播散，PSC患者並發菌血症的頻率及嚴重性難以估計，可能導致肝膿腫或其他器官(如心瓣膜)的感染。
2、膽石症
約1/3的PSC患者在疾病過程的某階段有膽囊切除術史，其中約20％是無症狀的膽囊結石，而對PSC患者超聲檢查結果顯示25％有膽囊結石，由於大多數PSC患者為年輕男性，因此這表明PSC中膽石症發生率增加，膽管結石亦可伴發於PSC，但由於膽管炎可能發生於無膽管結石的PSC患者，故診斷較為困難，對於疑似者應行直接膽管造影以證實之，一些複發性膽管炎是因膽管結石引起，通過治療清除膽管結石可消除發作從而減緩PSC病情進展。
3、膽管癌
原發性硬化性膽管炎的屍解報告顯示50％在PSC病理基礎上發生膽管癌變，原發性硬化性膽管炎伴膽管癌者通常伴有肝硬化，門脈高壓及長病程的潰瘍性結腸炎(UC)，通常年齡較大且有膽管造影進展性改變，如膽管囊性擴張，提示膽管癌發生於原發性硬化性膽管炎，若原發性硬化性膽管炎患者膽紅素短時間內由85.5μmol/L(5mg/dl)升至171μmol/L(10mg/dl)則應考慮惡變，但需經活檢或手術予以確診，但是最近Mayo中心對60例PSC行肝移植，切除肝內僅一例有肝總管及左右肝管的上皮乳頭樣發育不良(認為這種病變可能為無浸潤的乳頭發育不良)，未見膽管發育不良及膽管癌，故PSC的膽管癌發生率可能並不高，一般認為其發病率為10％～15％。
原發性硬化性膽管炎的發病多較隱晦，初起無明顯先兆和特異症狀，常偶然發現黃疸並進行性加重，病人因膽管往往不是完全阻塞，很少有灰白色大便，臨床上常誤診為“急性傳染性肝炎”，黃疸加重後有皮膚瘙癢，如合並膽道感染，可有右上腹痛，發熱和寒戰，隨著病情發展，黃疸時間的延長，病人出現肝，脾大，後期因肝功能衰竭可出現腹水，少尿，肝性腦病等。
原發性硬化性膽管炎根據臨床症狀，分為無症狀和有症狀兩類：
1、無症狀：病人無明顯症狀，常為疾病前期或早期，雖影像學檢查符合硬化性膽管炎的表現，而病人無黃疸。
2、有症狀：又分為輕症和重症。輕症患者有不適，易疲乏、厭食、體重減輕、腹痛、發熱、黃疸、皮膚瘙癢，而無門靜脈高壓的症狀和體征，重症患者則明顯黃疸、肝脾大、腹水、腦病或食管靜脈曲張出血等肝硬化晚期症狀。
原發性硬化性膽管炎是慢性膽汁淤積性疾病，其特征為肝內外膽管炎症和纖維化，進而導致多灶性膽管狹窄對於確診原發性硬化性膽管炎而無炎性腸道疾病的患者，應行全結腸鏡及活檢；有結腸炎的原發性硬化性膽管炎患者從診斷原發性硬化性膽管炎起，每年或者根據個人情況每1～2年行全結腸鏡及活檢腹部超聲每年一次，以及時發現膽囊異常
目前尚無可推薦用於膽管癌早期檢測的生化標誌物或影像學方法如果有臨床指征，可行ERCP下細胞刷和/或活檢
原發性硬化性膽管炎是一種膽汁淤積綜合征，其特征是肝內，肝外膽道因纖維化性炎症逐漸狹窄，並伴原發性硬化性膽管炎的症狀。此病需要做以下化驗檢查：
1、膽道造影檢查
是PSC確定診斷和病變範圍最具說服力的方法，包括ERCP，PTC，術中膽道造影和經T管逆行膽道造影等，其中以ERCP最具優點，不僅可理想顯示肝內，外膽管形態變化，還可顯示胰管病變等，檢查時經ERCP用的導管進一步插至膽囊管以上方能得到肝內膽管的詳細資料，為此常需應用球囊阻斷技術加以協助，PTC僅半數成功率，多用於ERCP失敗者，或已行膽道空腸吻合術後病例，術中膽道造影，經T管逆行膽道造影適於施行手術治療術中或術後協助確診，PSC膽道顯影特征為：
①病變部位膽管呈不規則的多發性狹窄，而膽管黏膜表麵光滑。
②狹窄病變呈局限性或彌漫性，也可呈節段性改變。
③狹窄膽管近端輕度擴張。
④病變累及肝內膽管時，可見肝內膽管分支減少，僵硬變細似枯樹枝狀或串珠狀，半球狀擴張，內徑2～3mm。
約80％病例肝內，外膽管同時受累，20％僅累及肝外膽管，膽總管(CBD)內徑小於4mm，壁顯著增厚，膽係無結石和腫瘤征象，膽囊受累時則膽囊壁厚，功能減退或消失，當膽道造影證明存在肝內或肝外膽管狹窄，且無證據證明非PSC時，PSC的診斷即可成立，故典型的放射學改變被確認是PSC診斷的金標準。
2、B型超聲檢查
由於內鏡逆行膽道造影和經肝膽道造影是侵襲性檢查手段，B型超聲技術已成為對PSC進行診斷的一種非侵襲性替代方法，雖然超聲本身不能確診PSC，也不能排除PSC，但對篩選PSC可疑患者確定進一步的損傷性檢查，以及鑒別診斷上可能有較大幫助，典型的B超聲像學為：
①膽管管腔明顯狹窄，多呈均勻一致，一般為4mm，在節段性或局限性PSC可見擴張膽管；
②膽管壁明顯增厚，一般為4～5mm；
③肝內膽管回聲增強；
④累及膽囊可見壁增厚，功能減弱；
⑤聲像圖無結石及腫瘤，學會識別PSC在超聲波中的表現是非常重要的，對以上聲像圖的準確判斷取決於超聲波醫師臨床實踐的經驗。
3、磁共振膽道造影(MRC)
膽管樹顯像技術在診斷PSC中有幫助作用，數個肝葉內不與中心膽管相連的外周膽管的輕度擴張是PSC的MRI征象，但因MRC空間分辨力受限，難以像ERCP或PTC發現微小程度膽管狹窄和擴張，降低其在揭示膽管狹窄中的作用。
4、99mTc-DISIDA掃描
用99mTc標記的二異丙基氨甲酰亞胺乙酰乙酸行膽道閃爍造影是一種對PSC可疑患者的非侵襲性檢查，靜脈注射後，連續γ照像，因為肝實質廓清的延遲，借以確定主膽管不同分支的阻塞，顯示肝內擴張膽管和肝內，外膽管狹窄部位及程度，分辨力低是其缺點。
5、CT
可顯示PSC患者肝內膽管的擴張和變形，若CT顯示膽管樹不規則分支或局灶性擴張，則提示PSC的可能。
6、肝髒組織學檢查
大部分PSC患者肝髒活檢中都可以看到組織學的異常，常見的組織學異常包括：外周膽管纖維化和炎症，水腫和纖維化，膽管和小導管(ductule)的局灶性增殖，局灶性膽管阻塞和缺失，銅沉積和膽汁淤積，典型的表現為外周膽管同心圓樣纖維化，伴有或不伴有肝門部膽管的增生，但這些改變僅在楔形活檢中可見，而細針穿刺時很少能見到。
原發性硬化性膽管炎是一種病程緩慢、較為罕見的膽道病變。本病特點是肝內、外膽道的廣泛纖維化，其管壁明顯增厚而管腔則顯著狹窄。此病在飲食上應注意不要吃以下食物：
1、盡量減少脂肪、特別是動物脂肪的食用量，不吃肥肉、油炸食物，盡可能地以植物油代替動物油。
2、有相當一部分膽囊炎和膽石症的形成與體內膽固醇的含量過高和代謝障礙確有關，因此要限製魚子、各種蛋類的蛋黃及各種食肉動物的肝、腎、心、腦等膽固醇含量高的食物。
3、烹調食品以蒸、煮、燉、燴為佳，切忌大量食用炒、炸、燒、烤、熏、醃製食品。
4、增加魚、瘦肉、豆製品、新鮮蔬菜和水果等富含優質蛋白和碳水化合物的食品食用量，以保證熱量供應，從而促進肝糖元的形成，保護肝髒。
5、多吃西紅柿、玉米、胡蘿卜等富含維生素A的食物，以保持膽囊上皮細胞的健全，防止上皮細胞脫落構成結石核心，從而誘發結石，或使結石增大、增多。
6、若條件許可，平時可多飲新鮮蔬菜或瓜果汁，如西瓜汁、橘子汁、胡蘿卜汁等，並增加飲水、吃飯的次數和數量，以增加膽汁的分泌與排泄，減輕炎症反應和膽汁淤積。
7、少吃大頭菜、芹菜等纖維素含量豐富的食物，以免因難以消化而增加胃腸蠕動，從而引發膽絞痛。
8、戒煙酒及少食辛辣刺激性食物、濃烈調味品，如芥末油等，以免刺激胃腸道，誘發或加重病情。
9、宜進清淡、易消化、少渣、溫度適宜、無刺激性、低脂肪的流質或半流質飲食，切不可圖一時痛快而“放開手腳”，大吃大喝，以免造成不必要的麻煩，甚至誘發膽道出血而危及生命。
原發性硬化性膽管炎可分為彌漫型，局部型，節段型等，其治療方法有所不同，具體介紹如下：
(1)彌漫型，膽管內腔
(2)局部型、節段型，肝外膽管>4mm，黃疸嚴重者，可行手術治療。
(3)膽管完全閉塞或長期梗阻性黃疸，造成肝功能不良而出現腹水、水腫者，可先行非手術治療，效果不顯著時可進行手術探查，但預後不良。
(4)手術後可采用中西醫結合方法治療，以鞏固療效。
(5)隨著治療內鏡技術的發展，其在治療原發性硬化性膽管炎上的應用越來越廣泛。