性交疼痛通常由較明確的婦科疾病或全身性器質性疾病所致。亦有部分病人以心理因素為主，但在臨床上往往器質性疾病與心理因素並存。
1.器質性原因
婦科炎症是性交疼痛的主要原因之一，包括外陰炎、陰道炎、盆腔炎等。外陰炎及其導致的大、小陰唇及陰道前庭部的潰瘍，可引起嚴重的性交疼痛，疼痛部位在外陰口及前庭部。急慢性盆腔炎常出現性交動作引起的盆腔深部疼痛和下腹痛，炎症輕重不同，疼痛程度和持續時間亦不相同。萎縮性陰道炎產生的性交疼痛最為常見，婦女進入圍絕經期、絕經後期或手術切除雙側卵巢、藥物[如促性腺激素釋放激素激動劑（GNRH-a）]導致的體內雌激素水平下降或匱乏均可引起萎縮性陰道炎，其陰道上皮變薄、皺褶減少消失、彈力下降、陰道擴張能力不足、潤滑作用減低等，均可在性交時引起陰道口、陰道管以致下腹疼痛。放射治療引起的卵巢功能低下、陰道纖維化和縮窄，亦可產生性交疼痛和性交困難。
慢性外陰營養不良和外陰白斑的中晚期，局部皮膚萎縮變薄，彈性減低或消失，在性交時往往產生難以避免的、頑固的、較劇烈的性交疼痛，並常常於性交後或僅接觸陰道口後在陰道口下方，會陰體上端產生淺表裂口，觸之疼痛不已，愈合緩慢，以致拒絕性交或長期停止性生活。慢性外陰營養不良是性交疼痛的重要原因之一。
先天性處女膜肥厚、堅韌或產後，外傷後會陰裂傷畸形愈合，瘢痕較大亦可引起性交疼痛。子宮全切術後陰道斷端愈合不良，瘢痕質硬，亦可在術後近期引起陰道深部衝撞疼痛。
子宮內膜異位症是性交疼痛的常見原因，主要為雙側宮骶韌帶處有腫物、結節增厚使其彈性降低時，表現為盆腔深部疼痛，持續時間不等，病人往往避免性生活或深部插入。
急慢性尿道炎或絕經後期老年性慢性尿道炎能引起反複的性交時尿道部及下腹部疼痛，往往遷延不斷，久治不愈，影響健康。
盆腔充血綜合征主要因闊韌帶部靜脈曲張充血所致，其性交疼痛呈盆腔深部彌散性持續隱痛。糖尿病、下肢骨骼疾病亦可伴性交疼痛。
2.心理性原因
封建、宗教及傳統的性教育，以及創傷性性經曆均可引起對性生活的恐懼、焦慮及抑製，引起性欲低下，性喚起障礙、性交疼痛和陰道痙攣等。夫妻關係不和，錯誤的性行為方式也可引起性交疼痛。當性欲低下，性喚起不良時，陰道在正常性反應過程中出現的延長，擴張及充分的潤滑作用不足，在性交時則有不適感或下腹隱痛等。
性交疼痛的產生與配偶關係密切，如體位不當，事前缺乏語言或非語言交流，動作粗暴均可引起性交疼痛。相反，如果配偶過於忍讓，女方稍有不適則缺乏信心而依從、退讓，則亦可能強化女方疼痛感，引起性交困難。
性交疼痛常見並發症：
1、性交疼痛可誘發性喚起及性高潮功能障礙及性交困難等，也可導致男方勃起功能不良及陽萎等。
2、下腹部疼痛：經常發生陰道劇烈疼痛，性交後數小時疼痛仍不能消失，因疼痛而不得不拒絕性交。
女性性交疼痛的最主要及明顯的症狀有以下3點：
1.疼痛的性質及部位
先天性生殖器發育異常，如處女膜肥厚，處女膜傘、陰道閉鎖、狹窄或短小、陰道縱隔或橫隔，疼痛為表淺性鈍性撞擊痛，常伴有陰道插入困難。陰唇及陰道口粘連、瘢痕、外陰炎、前庭大腺炎、囊腫等常為局部燒灼樣痛、銳痛或撞擊時的疼痛。陰蒂或陰蒂包皮過敏時，疼痛呈牽拉性或接觸性疼痛。肛門直腸疾病時，疼痛常呈彌漫性；陰道感染性疾病或陰道創傷及陰道萎縮時，由於缺乏雌激素等因素引起陰道、子宮頸內黏液的酸堿度改變，疼痛多在陰道口、陰道內，呈銳痛或輕度疼痛。子宮後傾或伴有子宮肌瘤，表現為月經前期深部性交疼痛。子宮內膜異位常致經前期性交疼痛，隨性交動作而深部疼痛。慢性盆腔炎等盆腔病變時多為深部性交痛，而膀胱炎時常有隨性交動作的陰道前壁性交痛。脂肪膨出也可引起性交時陰道前壁的疼痛。外陰皮膚由於性傳播的皰疹性外生殖器炎症，性交時可引起陰道外部或內部灼痛。尖銳濕疣引起性交時外陰或陰道口燒灼樣疼痛。其他如單純皰疹、帶狀皰疹、陰虱、疥瘡、皮炎等都可引起性交淺部疼痛。
2.相伴的器質性疾病症狀
如子宮內膜異位症，有典型的經期下腹部疼痛病史，疼痛呈進行性加重，盆腔檢查時常有陰道後穹隆觸痛、子宮或附件的壓痛、宮頸的舉痛、搖擺痛等，有時可觸及內膜異位形成的巧克力囊腫，先天性無陰道、陰道短小或狹窄、陰道隔膜、處女膜閉鎖或肥厚等，婦科檢查時即可明確診斷。各種原因導致的外生殖器萎縮，有陰道幹澀、外陰瘙癢、白帶少，多有尿頻、尿急、尿痛等泌尿道感染症狀。檢查時見外陰陰道皮膚、黏膜變薄，缺乏彈性，陰道分泌物減少或性狀發生改變，常有反複發作的泌尿生殖道感染史，外陰陰道炎症包括螺旋體類性傳播疾病(STDs)時，常有白帶異常、外陰瘙癢，婦檢見局部充血、紅腫潰破及STDs典型的外陰皰疹或贅生物增生等病理損害。分娩、哺乳或絕經特殊生理事件的存在等其他疾病如精神病等的典型表現。
3.精神情緒表現
患者可能述說“不想過性生活，隻是盡做妻子的義務”、“害怕或討厭房事”、“丈夫隻顧自己的感受，動作又粗魯、又不好對他說”、“就是說也說不清楚，有時還被誤會為故意找理由躲避性生活”等類似的抱怨，消極對待夫妻性生活；患者情緒或低落、煩躁，或激動、敏感；夫妻關係不和諧，心理壓力大一般不主動談及性生活問題，但經詢問可發現可能因性知識及性經驗的不足或缺乏存在的性功能障礙隱患，有些患者在婦檢時不由自主地出現緊張焦慮、軀體後移、雙腿內收或用手阻擋窺陰器或手的觸碰而抗拒檢查。
性交疼痛預防的一些措施有以下幾點：
1、克服恐懼心理
2、樹立男女平等心理女性的性交疼痛和困難，有許多是因為心理不平等造成的
3、創造好的性愛環境氛圍環境最能影響人的心理反應，作愛的環境是否合適，對於治療交媾障礙是必不可少的條件
4、合理進行性愛撫這一點對於男性來說是不容忽視的，許多妻子的性交困難與疼痛就是由於丈夫第一次粗暴進入造成的性愛撫可以造成女性的高度性興奮，在此情況下，稍微的疼痛往往覺察不到
5、進行陰道肌肉鬆弛技術練習這一行為治療方法對由於陰道痙攣所引起的性交疼痛尤為有效
6、避免性生活過度，減少性生活的次數，比如說某些人性生活過於頻繁，有些人性生活一天兩到三次，這樣特別容易造成一些充血過度，或者是慢性炎症得不到緩解性生活疼痛
7、避免性生活疼痛還要注意衛生，避免不潔的性生活引起的感染，我們知道泌尿係統炎症是非常普遍的還有近些年性傳播疾病有增長的趨勢，非淋菌性尿道炎、前列腺炎的炎症造成充血，也能造成性生活疼痛
所以說我們要預防，就注意在性生活這塊要注意性生活的衛生，避免感染和性傳播疾病的發生
性交疼痛需要做的檢查有實驗室檢查和其他檢查如下：
內分泌激素檢查
性激素對女性性生理反應的調節作用非常重要，許多疾病或藥物會影響性激素的分泌及調節，進而引起女性性功能障礙；甲狀腺激素直接影響機體的代謝和神經的反應性，或由於幹擾性腺軸的功能，或因情緒因素引起女性性交疼痛。抽血查性激素促卵泡激素(FSH)、促黃體生成激素(LH)、催乳素(PRL)、雌激素(E)、睾酮(T)及甲狀腺激素促甲狀腺激素(TSH)、遊離三點碘甲腺原氨酸(FT3)、遊離四碘甲腺原氨酸(FT4)，可協助確診內分泌源性女性性交疼痛。
其他輔助檢查
1.B超：子宮及附件缺如、畸形，子宮肌瘤、腺肌症、附件包塊等可經B超檢查明確診斷，必要時配合相應特殊檢查如子宮內膜異位的抗子宮內膜抗體檢查，進一步確診。
2.特異性生理檢查：主要包括測定性刺激前及刺激後女性生殖道的血流，陰道pH值，陰道順應性及女性生殖器官震動感覺的界限。
3.利用超聲Doppler：即可測定陰蒂、陰唇、尿道、陰道及子宮的動脈的最大收縮血流速度及靜脈舒張末期速度，了解外生殖器的性生理反應性。
4.陰道pH值：可間接反映陰道滑潤程度和清潔度，可用數字式pH測定儀測定。
5.陰蒂及陰唇震蕩度：是反映陰蒂及陰唇對性刺激的反應敏感性的指標，可用生物震感閾測量器測定。
6.陰道壓力/流量變化：即陰道順應性，則用順應性測量儀測定。
7.其他：軀體性疾病則到相應專科進行診斷治療。
性交疼痛的患者在飲食上應該注意以下內容：
宜食蛋白質含量豐富的食品，如各種豆類、牛奶、瘦豬肉、雞蛋等；
宜食富含維生素的蔬菜，如白菜、韭菜、菠菜、胡蘿卜等；
宜食具有理氣、活血功效的食物，如羊肉、山楂、茴香等；
宜食具有溫補作用的食物，如牛肉、豬肝、羊肉、桂圓、母雞等。
忌食辛辣、油膩等刺激性食物，如辣椒、胡椒、蒜、炸排骨等；
忌食生冷、寒涼的食物，如黃瓜、冬瓜等；
忌酒，一些含酒的補品也不要喝，如人參酒、鹿茸酒等；
忌食過鹹的食物，如鹹肉、鹹湯、醃菜等。
性交疼痛的治療視病因而定。對境遇性女性性交疼痛者，隻要改換適宜的性生活環境即可，伴有器質性疾病的應針對病情采用手術或藥物治療。一般地說，婚前接受性教育和患者接受性谘詢、性診斷是必要的。
器質性疾病的治療：器質性病變引起的性交疼痛，應治療原發病，原發病治愈後性交疼痛自然可以痊愈。
生殖器先天缺乏或發育不良，多采用手術治療。先天性無陰道或陰道短小可行陰道成型術，手術方式應根據患者的情況如有無發育正常的內生殖器、伴或不伴宮頸閉鎖等，有針對性地選擇手術方式。
泌尿生殖係感染應針對病原或病種進行抗感染治療。