小兒自身免疫性淋巴細胞增生綜合征的發生與基因有關。APT1基因定位於10q23，外顯子2、3、4和5占據Fas在細胞外3個半胱氨酸豐富區。外顯子6定位於Fas的轉膜區。外顯子7、8和9為細胞內部分，其中外顯子9與TNF受體-1的細胞內部分同源，是細胞死亡決定區。5端的單肽指導其在細胞膜上的表達。APT1基因的轉錄產物為CD95/Fas/Apo-1蛋白，屬於TNF受體(TNFR)家族。
常見的突變位點為外顯子9上的290-bp缺失(細胞死亡決定區)，其他均為單個核苷酸改變，包括無義突變、錯義突變、插入、移碼和拚接。APT1基因突變與臨床表型的關係並不完全一致。
正常人淋巴細胞在被激活時，即開始進行其自身Fas分子表達，FasL與Fas結合，使其將信號傳遞到Fas分子細胞內死亡決定區，進而觸發蛋白酶係統caspases，最終導致淋巴細胞凋亡的發生。APT1基因突變不能表達CD95/Fas/APO-1，使FasL-Fas誘導的細胞凋亡途徑發生障礙，大量活化的淋巴細胞不能進入凋亡程序，產生淋巴細胞增生和自身免疫反應。
小兒自身免疫性淋巴細胞增生綜合征淋巴細胞增生可致脾功能亢進，脾破裂。本病也可並發溶血性貧血、免疫性血小板減少、中性粒細胞減少、腎小球腎炎、多發性神經根炎、惡性腫瘤等，具體如下。
1、多發性神經炎，以往稱為末梢神經炎，是指各種不同病因引起的全身多數周圍神經的對稱性損害，主要表現為四肢遠端對稱性的感覺、運動和植物神經障礙，下運動神經元癱瘓和自主神經功能障礙的疾病。
2、溶血性貧血(hemolyticanemia)是一個良性疾病，係指紅細胞破壞加速，而骨髓造血功能代償不足時發生的一類貧血。
3、腎小球腎炎又稱腎炎，發生於雙側腎髒腎小球的變態反應性疾病。腎小球腎炎是常見的腎髒疾病，分為急性和慢性兩種。
4、免疫性血小板減少性紫癜即血小板表麵結合有抗血小板抗體，血小板壽命縮短，骨髓巨核細胞可代償性增多而血小板生成障礙。
小兒自身免疫性淋巴細胞增生綜合征（ALPS)發病無性別和人種差異，臨床表現通常如下：
1、淋巴細胞增生性表現100％的ALPS病例均有脾髒腫大，多於5歲內發現，甚至發生在胎兒期。脾腫大的程度不一。74％的病兒因脾功能亢進或脾破裂而行脾切除術。67％的患兒有輕到中度肝大，偶爾發現肝功能異常。約97％的患兒全身性淺表淋巴結腫大，影像學可發現縱隔淋巴結腫大。
2、自身免疫性疾病Coombs陽性溶血性貧血最為常見(75％)，免疫性血小板減少症次之(54％)。自身免疫性中性粒細胞減少症發生率為46％。其他有腎小球腎炎、多發性神經根炎和皮膚損害(包括蕁麻疹和非特異性皮膚血管炎)。
3、其他表現發生惡性腫瘤者均為成人，包括霍奇金和非霍奇金淋巴瘤、肝細胞癌、甲狀腺和乳腺多發性腺癌。
已知一些免疫缺陷病的發生與胚胎期發育不良密切相關，小兒自身免疫性淋巴細胞增生綜合征可能在胚胎期就已發生，要注意預防，通常預防如下：
1、孕婦保健如果孕婦受到放射線照射、接受某些化學藥物的治療或發生病毒感染(特別是風疹病毒感染)等，則可損傷胎兒的免疫係統，特別是在孕早期，可使包括免疫係統在內的多係統受累故加強孕婦保健特別是孕早期保健十分重要孕婦應避免接受放射線，慎用一些化學藥物，注射風疹疫苗等，盡可能防止病毒感染還要使孕婦加強營養，及時治療一些慢性病
2、遺傳谘詢及家族調查雖然大多數疾病不能確定遺傳方式，但對確定了遺傳方式的疾病進行遺傳谘詢是很有價值的如果成人有遺傳性免疫缺陷病將提示他們子女的發育危險性；如果一個小孩患有常染色體隱性遺傳或性聯免疫缺陷病，就要告訴父母親，他們下一胎孩子患病的可能性有多大對於抗體或補體缺陷患者的直係家屬應檢查抗體和補體水平以確定家族患病方式對於某些已能進行基因定位的疾病，如慢性肉芽腫病，患者父母、同胞兄妹及其子女均應做定位基因檢測，如果發現有患者，同樣應在他(她)的家庭成員中進行檢查，患者的子女應在出生開始就仔細觀察有無疾病發生
3、產前診斷某些免疫缺陷病能進行產前診斷，如培養的羊水細胞酶學檢查可診斷腺苷脫氨酶缺乏症、核苷磷酸化酶缺乏症及某些聯合免疫缺陷病；胎兒血細胞免疫學檢測可診斷CGD、X-聯無丙種球蛋白血症、嚴重聯合免疫缺陷病，從而中止妊娠，防止患兒的出生自身免疫性淋巴細胞增生綜合征較為少見，應早期準確診斷，及早給予特異性治療和提供遺傳谘詢(產前診斷甚至宮內治療)，以降低本症發病率非常重要
小兒自身免疫性淋巴細胞增生綜合征的實驗室檢查發現CD3+細胞數量增多，超過CD4T細胞和CD8T細胞的總和，提示存在CIM-CD8-T細胞亞群，且其TCR為α/β鏈(正常人僅偶爾出現，常低於1％，而ALPS患兒常高於5％～20％，甚至達68％)。這些CD4-CD8-T細胞是未進入凋亡的衰老細胞。
T細胞表型為CD45RA+，CD45RO-，CD57+，多數表達DR或HLAⅡ抗原。Th2類細胞因子如IL-4、IL-5和IL-10活性增高，而TH1類細胞因子如IL-12、IL-2和IFN-γ則下降。
皮膚遲發型過敏反應和抗多糖抗原的抗體反應減弱，血清IgG、IgA和IgM升高，且多呈單克隆性，以IgG1類抗體為主。
自身抗體主要針對紅細胞和血小板，Coombs實驗多為陽性。其他自身抗體有抗中性粒細胞抗體、低滴度的抗平滑肌抗體、抗磷脂抗體、抗核抗體和類風濕性因子。
發生溶血危象時血色素可低於30g/L。一旦發生脾功能亢進，血小板數量明顯下降，並發生出血傾向。淋巴細胞絕對計數增高，一般為(8～90)×109/L，甚至更高，大多數患者不同程度嗜酸性細胞增多(3％～32％)。個別患者轉氨酶和膽固醇上升。
APT1基因DNA序列分析發現突變可明確診斷和發現家族成員疾病攜帶者。
根據臨床需要選擇胸片、B超等檢查，可發現縱隔淋巴結腫大、肝脾腫大和腫瘤等。
為了預防小兒自身免疫淋巴細胞增生綜合征，孕婦懷孕前飲食要不挑食、不厭食、不吃刺激性食物，食物種類要全麵、無汙染、葷素搭配合理、三餐安排要合理，不能暴飲暴食、節食少食。孕前飲食要補充各類維生素、無機鹽、微量元素、脂肪、蛋白質、熱能、葉酸等各種營養物質。
淋巴結腫大隨年齡可逐漸縮小，但易於發生自身免疫性疾病。由於脾功能亢進、嚴重的溶血性貧血和頑固性血小板減少症而需要進行脾切除。但脾切除後的細菌性敗血症是致死的原因。
大劑量糖皮質激素能使淋巴結腫大緩解，但停藥後又複腫大。發現自身免疫性疾病，應即刻使用糖皮質激素、細胞毒性藥物，必要時還可給予IVIG聯合使用。個別非常嚴重的病例(為Fas完全缺陷)可先使用抗胸腺細胞球蛋白治療，再給予化療。