衣原體尿路感染的發病原因為易感人群中的衣原體感染。傳播途徑主要由性交傳播，性關係混亂、開始性生活年齡過早，及不用安全套的不潔性交尤易傳染。少數情況下，新生兒可通過感染本病的母親分娩時經陰道感染而患病。
衣原體感染後主要侵犯黏膜，其對單層柱狀上皮和移行上皮所形成的黏膜有親和力，因而黏附到柱狀上皮細胞的表麵進行繁殖，並沿生殖道上行，通過柱狀上皮細胞的吞噬作用而進入細胞內繁殖，導致細胞溶解破裂，引起局部急性炎症，出現充血、水腫、化膿和疼痛。
衣原體尿路感染未經治療或治療不徹底，男性患者可並發急性附睾炎，亦可並發前列腺炎及尿道狹窄，男性同性戀患者可發生直腸炎或咽炎。女性患者可並發急性輸卵管炎、子宮內膜炎及盆腔炎，導致不育症和宮外孕。病菌又可以由孕婦傳染給胎兒，令胎兒的眼睛或肺部受到感染。
衣原體尿路感染一般潛伏期1～3周，男性常感尿道刺癢及輕重不等的尿痛及燒灼感，疼痛較淋病輕，尿道口輕度紅腫，常有漿液性或漿液膿性尿道分泌物，較淋病性尿道炎分泌物稀薄而少，或僅在晨起時發現尿道口有白膜形成。有的患者症狀不明顯或無任何症狀，而往往被誤診。女性患者主要感染部位為子宮頸，尿道炎症狀不明顯，常表現為急、慢性宮頸炎和宮頸糜爛、白帶增多或者輕度排尿困難和尿頻，亦可完全無症狀。
患者有臨床症狀及不潔性交史，尿道分泌物塗片鏡檢高倍鏡下(400×)白細胞10～15個以上，油鏡下(1000×)白細胞5個以上，無革蘭陰性雙球菌，即應高度疑診此病。本病確診需病原學檢查，現多采用尿道分泌物塗片檢查，若高倍視野下白細胞多於10個，同時無革蘭陰性雙球菌即應高度懷疑此病，通過用特異性單克隆抗體染分泌物塗片，免疫熒光或免疫酶標技術觀察，陽性率可達90％以上。
衣原體對理化因子的抵抗力弱，在人體外僅存活很短時間，人與人之間的性傳播是其主要的生存方式預防衣原體感染主要是避免性亂和積極治療帶菌者，對患者的配偶或性伴侶應雙方同治，以防繼續傳播
衣原體尿路感染的臨床檢查手段主要有取尿道分泌物塗片鏡檢和病原學檢查，具體如下：
1、取尿道分泌物塗片鏡檢
(男性患者可從陰莖根部向尿道口輕輕擠按尿道，以求獲得較多分泌物；無分泌物患者留晨尿離心取沉渣鏡檢)，高倍鏡下(400×)白細胞10～15個以上，油鏡下(1000×)白細胞5個以上，無革蘭陰性雙球菌，即應高度疑此病。
2、病原學檢查
沙眼衣原體培養需特殊實驗條件，廣泛應用較難，現多用特異性單克隆抗體染分泌物塗片，用免疫熒光或免疫酶標技術觀察，陽性率達90％以上，核酸擴增法如聚合酶鏈反應(PCR)和連接酶鏈反應(LCR)有極好的敏感性。但PCR不推薦用於確診病人是否治愈，至少不用於治療結束2周以內的患者，因為對充分治療的病例，PCR結果陽性的持續時間比培養法長。
衣原體尿路感染患者宜清淡為主，多吃蔬果，合理搭配膳食，注意營養充足。宜吃抗菌消炎、清熱解毒、增強免疫力的食物；忌吃生冷、不容易消化的食物，如糯米飯、米粑、米糕；忌吃辛辣刺激的食物，如辣椒、花椒、胡椒；3忌吃油脂含量多的食物，如肥肉、豬油。
衣原體尿路感染的病因以濕熱為主，病初多為邪實之證，久病則由實轉虛。如邪氣未盡，正氣已傷，則表現為虛實夾雜的證候。
一、辯證治療急性期尿路感染
急性期，包括急性尿路感染和慢性尿路感染急性發作期，臨床上以尿頻、尿急、尿痛、尿濁，或發熱惡寒，偶見血尿為特征。
1、膀胱濕熱
主證：小便頻數，短澀刺痛，點滴而下，急迫灼熱，溺色黃赤，少腹拘急脹痛，或發熱惡寒，口苦嘔惡，或腹痛拒按，大便秘結，舌紅，苔黃膩，脈滑數。
治法：清熱瀉火，利濕通淋。
方藥：八正散加蒲公英、石韋。木通6g，瞿麥10g，車前草15g，篇蓄10g，滑石30g，山梔10g，大黃6g(後入)，燈心草10g，生甘草6g，石韋30g，蒲公英30g
2、肝膽鬱熱
主證：寒熱往來，口苦咽幹，心煩欲嘔，不思飲食，尿頻而痛，溺色黃赤，少腹脹痛，舌紅苔黃或膩，脈弦數。.
治法：清瀉肝膽濕熱。
方藥：龍膽瀉肝湯。龍膽草10g，柴胡12g，澤瀉12g，車前子15g，木通6g，生地12g，當歸15g，山梔10g，黃芩10g，甘草6g。
3、三焦濕熱
症狀：寒戰高熱，午後熱盛，身重疼痛，胸悶不饑，口幹不欲飲，脘腹痞滿，時感惡心欲吐，小便渾濁，苔黃厚膩，脈濡數或滑數。
治法：宣利三焦，清化濕熱。
方藥：三仁湯加味。杏仁10g，生薏苡仁30g，白蔻仁12g，厚樸10g，製半夏12g，白通草6g，飛滑石30g，竹葉9g。
二、辨證治療緩解期的尿路感染
緩解期是急性症狀已緩解，病程在6個月以上，小便澀痛不甚顯著，時作時止，感腰痛，疲乏無力，常因勞累或感冒引起急性發作.
1、脾腎氣虛
主證：倦怠乏力，納呆腹脹，腰酸腰痛，尿頻清長或夜尿多，大便稀軟，時感小便澀滯，時作時止，舌淡苔薄白，脈沉細無力。
治法：益氣健脾補腎，佐以利濕。
方藥；清泉飲(自擬方)。黨參15g，黃芪15g，山yao15g，茯苓15g，枸杞15g，菟絲子12g，薏苡仁30g，車前子15g(布包)，石韋30g，甘草3g。
2、肝腎陰虛
主證：頭暈耳鳴，甚則頭痛，潮熱盜汗，口幹唇燥，腰酸痛，小便短赤而黃，舌質偏紅苔薄黃或少苔，脈沉細或弦細
治法：滋陰清熱利濕。
方藥：知柏地黃湯合二至丸加味。知母9g，黃柏9g，熟地12g，山yao15g，山萸肉9g，牡丹皮12g，茯苓15g，澤瀉12g，女貞子12g，旱蓮草12g，車前子15g(布包)，益母草18g。