兒童抽動障礙的病因不清，主要與以下幾種因素相關。
1、遺傳
研究已證實遺傳因素與Tourette綜合征發生有關，但遺傳方式不清。家係調查發現10％～60％患者存在陽性家族史，雙生子研究證實單卵雙生子的同病率明顯高於單卵雙生子，寄養子研究發現其寄養親屬中抽動障礙的發病率顯著低於血緣親屬。
2、神經生化異常
抽動障礙可能存在神經遞質紊亂。多數學者認為Tourette綜合征的發生與紋狀體多巴胺過度釋放或突觸後多巴胺D2受體的超敏有關，多巴胺假說也是Tourette綜合征病因學重要的假說。
3、腦結構或功能異常
皮層-紋狀體-丘腦-皮層（CSTC）環路結構和功能異常與抽動障礙的發生有關。結構MRI研究發現兒童和成人抽動障礙患者基底節部位尾狀核體積明顯減小，左側海馬局部性灰質體積增加。對發聲抽動的功能MRI研究發現抽動障礙患者基底節和下丘腦區域激活異常，推測發聲抽動的發生與皮層下神經回路活動調節異常有關。
4、心理因素
兒童在家庭、學校以及社會中遇到的各種心理因素，或者引起兒童緊張、焦慮情緒的原因都可能誘發抽動症狀，或使抽動症狀加重。
5、免疫因素
研究顯示患者的發病與溶血性鏈球菌感染的免疫反應有關，部分患者免疫抑製劑治療有效。
兒童抽動障礙引起的並發症較多，主要有以下幾種。
1、小兒多動症：以注意力渙散及(或)多動衝動為主的注意缺陷多動障礙(ADHD)，俗稱小兒多動症。
2、強迫症：包括單獨或同時出現的各種強迫觀念與行為，始終無法擺脫，有時很痛苦，可出現自殘行為，如咬舌咬破手指、損傷皮膚、毀容等，常留下感染或疤痕，甚至流露出不想活下去的自殺念頭，對此務必高度警惕，防止意外。
3、品行障礙及對立違抗性障礙：顧名思義二者都有反社會傾向，不可忽視，不少家長常誤認為這些表現不是病態，隻是脾氣倔強而加以打罵壓製，結果病情反而加重。
4、學習障礙：主要是閱讀障礙和數學困難，可嚴重影響學習成績。
5、情緒障礙：主要是抑鬱症及心境惡劣，成人型的交替性抑鬱躁狂症也可在兒童及青少中發病。
6、焦慮障礙：主要是害怕與不安，如怕與親人分離怕親人出事、怕上學、長期過度地怕陌生人怕社會交往，乃至每天都為將來前途擔憂、惶惶不安等。
7、孤獨症：是一種以注意力不集中、多動和衝動為主要特征的行為障礙，可伴有學習困難等表現。
兒童抽動障礙主要表現為運動抽動和或發聲抽動，從抽動的複雜程度來分，又可分為簡單抽動和複雜抽動兩種形式。運動抽動的簡單形式是眨眼、聳鼻、歪嘴、聳肩、轉肩或斜肩等，抽動可發生於身體的單個部位或多個部位。運動抽動複雜形式包括蹦跳、跑跳旋轉、屈身、拍打自己和猥褻行為等。發聲抽動的簡單形式是清理喉嚨、吼叫、嗤鼻子、犬叫聲等，複雜形式表現為重複言語、模仿言語、穢語（控製不住地說髒話）等。
抽動的特點是不隨意、突發、快速、重複和非節律性，可以受意誌控製在短時間內不發生，但卻不能較長時間地控製症狀。在受到心理刺激、情緒緊張、學習壓力大、患軀體疾病或其他應激情況下發作較頻繁，睡眠時症狀減輕或消失。
兒童抽動障礙的預防包括病因學預防、對家長和照管者的健康教育以及對該疾病早期發現、早期診斷預防工作主要是預防疾病複發，減少患兒功能損害，提高生活質量
兒童抽動障礙的診斷除依靠臨床表現，相關的輔助檢查也是必不可少的。臨床上常用的檢查項目主要包括腦電圖檢查以及顱腦CT、MRI檢查。
兒童抽動障礙治療，首先針對抽動症狀，選用藥物治療，臨床常用的藥物主要有以下幾種。
1、氟呱啶醇：開始劑量每日1～2mg，分2～3次口服，而後增量，每日總量範圍為1.5～8mg，同時可服用抗震顫麻痹藥(如安坦)以減少副反應。常見的副反應為嗜睡、乏力、頭昏、便秘、排尿困難、錐體外係反應。
2、呱迷清：治療作用與氟呱啶醇相似，但鎮靜作用輕，對心髒副作用較氟呱啶醇為多見。每日服藥1次，開始劑量0.5～1mg/d，小量增加，兒童每日劑量為3～6mg。服藥過程須監測心電圖的變化。
3、泰必利：治療抽動障礙有效，副反應較氟呱啶醇為輕，但見效稍慢，一般於服藥後1～2周見效，劑量50～100mg，每日2～3次。主要副反應有頭昏、無力、嗜睡。
4、可樂定：是一種α腎上腺素阻滯劑，可直接作用於中樞多巴胺神經元，屬於抗高血壓藥。臨床用以治療抽動障礙證明有效，同時可改善伴發行為症狀。可樂定主要副反應為嗜睡、口幹、頭昏、血壓降低、失眠。少數可產生心電圖改變，服藥時應定期測血壓和心電圖檢查。