病因尚未完全闡明，現認為可能由一種或多種病原微生物或寄生蟲引起的慢性小腸感染，與麥膠飲食無明確關係。本病有流行性、季節性，廣譜抗生素治療有效，但糞便、小腸內容物以及腸黏膜中未發現病原菌。營養缺乏，如蛋白質、維生素B族、葉酸等可能與本病發病有關。
熱帶口炎性腹瀉常常出現貧血、低白蛋白血症、葡萄糖耐量不正常等並發症。伴有消瘦、乏力、貧血、水腫等。高熱、嘔吐，繼而大便頻頻，以致失禁、痢下鮮紫膿血、腹痛劇烈、裏急後重感顯著，更甚者津液耗傷、四肢厥冷、神誌昏蒙、嘔吐頻繁、驚厥頻頻、舌質紅絳、舌苔黃燥、脈滑數或微細欲絕。
患者有乏力、腹痛、腹瀉，大便每日1～2次或十幾次、糞便量大、呈糊狀、色淡惡臭、油膩泡沫狀。約30％的病例有脂肪瀉、低白蛋白血症，口服蛋白耐量試驗顯示吸收延緩。50％的病人有葡萄糖耐量不正常，約90％的病例木糖吸收試驗尿排出量減少。維生素A及B12吸收試驗亦不正常。
患者合理膳食，食物攝入種類應多而營養豐富適當補液，糾正電解質平衡失調過多不易消化並加重胃腸道負擔，刺激胃腸蠕動加重腹瀉故植物油也應限製，並注意烹調方法，以蒸、煮、氽、燴、燒等為主，禁用油煎炸、爆炒、滑溜等可用食物有瘦肉、雞、蝦、魚、豆製品等注意少渣，粗纖維多的食物能刺激腸蠕動，使腹瀉加重，當腹瀉次數多時最好暫時不吃或盡量少吃蔬菜和水果，可給予鮮果汁、番茄汁以補充維生素；少渣飲食可減少腸蠕動、減輕腹瀉，故宜進食細掛麵、粥、爛飯等
熱帶口炎性腹瀉應該做小腸活組織病理檢查、維生素A及B12吸收試驗、木糖吸收試驗、葡萄糖耐量試驗、口服蛋白耐量試驗。
熱帶口炎性腹瀉患者飲食宜易消化、少渣宰，並忌食生冷食物。紅棗、淮山藥、栗子、扁豆、糯米、蓮子肉有健脾厚腸止瀉作用，不妨多吃點。蘋果能止瀉，煮熟後也可多吃。熱帶口炎性腹瀉患者忌吃生大蒜，大蒜的辛辣會刺激腸壁，加劇腹瀉。忌食生冷食物。
首先給予營養豐富的飲食，適當補液，糾正電解質平衡失調。腹瀉次數過多者給予止瀉劑。維生素B12、葉酸治療時間要持續一年。同時給予抗生素治療，口服四環素250～500mg，4/d，共1個月，隨後改為2/d，共5～6個月。應用磺胺類藥同樣有效，琥磺噻唑（sulfasuxidine）1.0g，4/d，口服1個月，後改為2d，共5個月。經過治療後貧血及舌炎迅速恢複，食欲好轉，體重增加，腸粘膜病變有改善，腸粘膜酶活力增加。有些病例對治療反應很慢，症狀及吸收不良持續很長時間，因此治療時間要長。