小兒潰瘍性結腸炎病因尚不明確，目前較一致的觀點認為，在本病的發病中，既有免疫因素，又有遺傳因素存在，而其他各種因素多是誘發因素，可能有以下多種原因：
1、自身免疫原因：潰瘍性結腸炎常並發自身免疫性溶血，類風濕關節炎，紅斑狼瘡，橋本病，虹膜炎等，且用腎上腺皮質激素類藥物或其他免疫抑製劑治療有效，因此考慮本病可能為一自身免疫性疾病。
2、感染原因：一些患兒用抗生素治療有效。
3、飲食過敏原因：某些食物可使病變複發，去除這些飲食後使病情可緩解。
4、遺傳原因：患者家族中有15％～30％發病者。
5、精神因素：臨床多發現有些患兒伴有焦慮，緊張，多疑以及自主神經紊亂的表現，精神治療可收到一定效果。
小兒潰瘍性結腸炎的主要並發症分為腸道並發症和腸道外並發症，具體如下：
一、腸道並發症
1、急性暴發型潰瘍結腸炎：可出現急性結腸擴張和潰瘍穿孔；，下消化道出血，結腸假性息肉，呈多發，大小不等，有時呈鵝卵石樣，結腸狹窄多見於直腸和橫結腸，也可見於其他部位。
2、中毒性巨結腸(toxicmegacolon)：是一種嚴重的並發症，發生率1.6％～2.5％，病死率13％～50％，多見於急性暴發型和重型患者，誘因多與服用過多抗膽堿藥物，低鉀，鋇劑灌腸有關，結腸病變廣泛嚴重，累及腸道肌層及肌間神經叢，使腸管擴張不能收縮，腸腔直徑可達10cm以上，中毒症狀明顯，出現腹脹，腹部壓痛，反跳痛，腸鳴音減弱或消失，白細胞明顯升高，X射線平片可見結腸擴大，結腸袋形消失，由於腸道擴張，可發生缺血，壞死，造成急性腸穿孔(acuteintestinalperforation)。
3、結腸穿孔(intestinalperforation)及直腸大出血：發生率在1％左右，病死率在40％～50％，因為中毒性巨結腸擴張的基礎上發生。
4、息肉(polyp)：為晚期並發症，發生率9.7％～39％，由炎症所致，一般為結腸假性息肉(pseudo-polyp)。
5、癌變(canceration)：晚期可發生癌變，發生率5％～10％，病變主要發生在重型患者，病變累及全結腸和病程漫長的患者，癌變在兒童病例中較少，病程越長癌變傾向越高，發病後第1個10年癌變率約為3％，以後每年遞增0.5％～1.0％，第2個10年可達10％～20％，故患兒應1年行一次結腸鏡檢查，晚期並發症尚有肛周感染，肛瘺等。
二、腸道外並發症
1、關節受累：潰瘍性結腸炎中關節受累約25％，表現為非致畸形性遊走性急性關節炎，如腫脹，疼痛；同時受累可以是1個或多個關節，各個關節均可侵犯，但以膝，踝和腕關節多見。
2、皮膚損害：較常見，嚴重的活動性潰瘍性結腸炎約15％有皮膚損害，結節性紅斑較常見，且愈後不留瘢痕；壞疽性膿皮病為潰瘍性損害，常見於軀幹部，愈後留有瘢痕，在疾病的活動期，其發生率為5％～10％，但可治愈。
3、大出血(massivehemorrhage)：發生率為1.1％～4.0％，發生原因是潰瘍累及大的血管發生出血，及低凝血酶原血症(hypoprothrombinemia)。
起病多數緩慢，病程可為持續性，常有發作期與緩解期交替。起病急驟者占5％，病情發展快，全身中毒症狀明顯，並發症多見，病死率高。緩解期病情亦可突然加劇。精神刺激、疲勞、腸道炎症、飲食失調常為本病的誘發因素。
一、消化係統表現
1、腹瀉(diarrhea)：腹瀉程度輕重不一，輕者每天排便3～4次，或腹瀉與便秘交替出現，重者排便頻繁，可每1～2小時1次。病初為稀便，4～6次/d，進行性加重，排黏液血便、血便、水樣便、稀爛便和膿便。尤其是黏液血便幾乎成為本病所有活動期患者的必有症狀。常見裏急後重。急性發病者開始即為血便伴腹痛、嘔吐、發熱及其他中毒症狀。
2、腹痛(abdominalpain)：輕型及緩解期患者可無腹痛。腹痛一般為輕、中度，常局限於左下腹或下腹，亦可涉及全腹。有疼痛-便意-便後緩解的規律。
3、其他症狀：常有腹脹。嚴重者有食欲不振、惡心、嘔吐等症狀。
4、體征：輕型者除左下腹有輕壓痛外，多無其他體征。重型和暴發型者可有腹脹、腹肌緊張、腹部壓痛或反跳痛。部分病人可觸及痙攣或腸壁增厚的乙狀結腸或降結腸。
二、全身表現
輕者常不明顯。重者可有發熱、水電解質紊亂；病兒由於長期腹瀉、便血、食欲不振、心率增快、衰弱、精神萎靡，久之即出現體重減輕、低蛋白血症、貧血和營養不良等表現。約有3％的患者表現為情緒不穩定，如抑鬱、焦慮、失眠等；重症病例亦可伴有生長發育障礙、青春發育延遲。部分病兒伴有精神、心理及情緒異常。
三、腸道外症狀
25％病兒可伴有關節炎，以四肢及脊柱為主，關節症狀有時發生在腹瀉之前。10％的病兒發生皮膚病變，如結節性紅斑，壞疽性膿皮病等。2％可伴有視網膜炎、口腔潰瘍等。
目前尚無確切預防小兒潰瘍性結腸炎的措施，應合理飲食，良好的飲食習慣，增強體質，促進身心健康，避免精神緊張，防治營養缺乏和消化道感染性疾病等
小兒潰瘍性結腸炎的主要檢查有血液常規檢查、免疫功能檢查、糞便檢查、鋇灌腸檢查和乙狀結腸鏡檢查，其中鋇灌腸及乙狀結腸鏡檢是有價值的診斷及鑒別診斷方法。
一、血液常規檢查
可有白細胞計數升高、貧血、紅細胞沉降率增快(可作為病情演變的指標)。嚴重者凝血酶原時間延長，凝血因子Ⅷ活性增加，血清鉀、鈉、氯降低，血漿蛋白降低。重症患者α2球蛋白增高，γ球蛋白反而降低，而緩解期患者α2球蛋白增加是病情複發的先兆。
二、免疫功能檢查
1、體液免疫：本病患者的免疫球蛋白常有升高，IgM明顯增多，IgG與IgA在血清中以及腸黏膜間質和腺腔內亦增多。在血清中還可找到多種非特異性的抗結腸抗體。
2、細胞免疫：本病患者的周圍血中T淋巴細胞數和比率、淋巴細胞轉換率、白細胞及吞噬細胞遊走阻斷試驗均有降低，說明本病的發生與細胞免疫功能下降有關。活動期患者T淋巴細胞亞群測定Th/Ts比值顯著增高，主要原因是Ts細胞數量減少。
3、免疫複合物：本病患者的結腸黏膜固有膜中有IgG、補體和纖維蛋白原沉積的免疫複合物存在。
三、糞便檢查
常有黏液血便。鏡檢見紅細胞、白細胞、吞噬細胞，反複檢查均無特異病原體發現。
四、鋇灌腸檢查
主要是用來診斷結腸病變的一種方法，即從肛門插進一個肛管、灌入鋇劑再通過X線檢查，診斷結腸腫瘤、息肉、炎症、結核、腸梗阻等病變。
五、乙狀結腸鏡檢查
是一種簡便易行的檢查方法，可發現直腸指檢無法摸到的位置較高的腫塊，同時對可疑病變取組織活檢，明確性質。故乙狀結腸鏡檢查可用於診斷，又可作為治療儀器，對預防及早期發現直腸和乙狀結腸癌有著重要的意義。乙狀結腸鏡檢查術，用於檢查直腸和乙狀結腸的炎症、潰瘍、息肉、腫瘤、寄生蟲所致的病變以及不明原因的腹瀉。可用於檢查時取活組織標本。
小兒潰瘍性結腸炎患者飲食上要攝入高熱量、高營養、少纖維、少刺激、低脂肪、易消化的食物，補充體內缺乏的營養物質。對可疑不耐受的食物，如蝦、鱉、花生等應避免食用。牛奶可導致腹瀉加重，應避免服用牛奶及奶製品，忌食辣椒、冰凍、生冷食物。
小兒潰瘍性結腸炎的中藥組方為大黃、土茯苓、黃柏各10克，黃連、白芍、白芨、烏梅各15克，白頭翁、苦參各25克，丹參20克，雲南白藥1克。該方藥每日1劑，加水500毫升浸泡兩小時，文火煎兩次，每次30分鍾，合並兩次藥液再煎至約120毫升，放置沉澱去渣約剩80毫升備用。
直腸給藥方法是藥液用前加溫至38℃～39℃。在患兒晚睡前，讓其排空大便，取頭低臀高左側臥位，臀部抬高10厘米，將18號導尿管從肛門輕輕插入約15厘米，藥液灌腸完成後，讓患兒繼續保持原體位30分鍾。如果病變是在乙狀結腸或以上者，灌腸完成後，患兒改為胸膝臥位15分鍾，使藥液到達整個結腸保留4小時以上。如果患兒灌腸後藥液很快排出，過半小時應再灌腸1次。此治療每晚1次，30次為1個療程，休息兩天後開始第2療程，患兒至少要做兩個療程的治療。