化膿性骨髓炎的並發症包括全身性並發症和局部並發症。
一 、全身並發症
（1）貧血、低蛋白血症 慢性化膿性骨髓炎病程遷延，長期反複急性發作，低熱和竇道內膿性分泌物的排出，對全身將產生慢性消耗性損害。貧血和低蛋白血症是慢性化膿性骨髓炎的常見並發症。這些並發症的存在，進不步降低了全身及局部的抗病能力。對慢性化膿性骨髓炎的治療更增添了不利因素，從而形成惡性循環。因此，在慢性化膿性骨髓炎的治療中糾正貧血及治療低蛋白症甚為重要。
（2）全身性澱粉樣變 澱粉樣變是病理學上組織變性的一種，分全身性與局限性兩種。全身性澱粉樣變並發於象慢性化膿性骨髓炎這樣的長期反複化膿性炎症。病理學表現為全身髒器的細胞間隙、血管基底膜上澱粉樣物質的沉積。沉積物實際上是一種蛋白類物質，但具有遇碘變藍的性質。病變的髒器常發生嚴重的功能損害。幸運的是，該病在我國罕見。
二 、局部並發症
（1）病理骨折 當骨的破壞嚴重且廣泛，而骨包殼尚未形成，或者骨包殼不牢固時，在外力作用下，即便是比較輕微的外力，也可造成骨折——即病理骨折。因此，在此期間患肢應予以製動，用石膏固定或牽引治療，以預防病理骨折的發生。待骨包殼完全形成且牢固以後，可拆除固定。
（2）骨不連 病理骨折發生後未進行及時正確的治療，可發生骨不連。另外，在骨包殼尚未完全形成之前進行手術治療，摘除大塊死骨，亦可造成骨缺損或骨不連。由於局部血循環差，病骨的破壞仍在繼續進行，這種骨折愈合十分困難，日久將形成假關節，使整個治療更加複雜和困難。假關節分兩種，一種為接觸型，另一種為大塊骨缺損型，後者治療更為困難。
（3）化膿性關節炎 幹骺端化膿性骨髓炎，膿腫可通過兩個途徑進入關節腔合並化膿性關節炎。一是通過骺板血管交通支，膿腫穿破關節軟骨直接進入關節，形成化膿性關節炎。這種情況多見於嬰幼兒及成人化膿性骨髓炎。另一種情況是幹骺端位於關節囊內時（如股骨頸位於髖關節囊內），則膿腫可穿破幹骺斷骨皮質而進入關節。關節內膿液破壞關節軟骨，侵犯軟骨下骨質，嚴重影響關節功能，甚至完全強直。
（4）脊髓或馬尾神經受壓 化膿性脊椎炎尤其是椎弓、椎板破壞後，膿腫、壞死組織及新生的纖維組織可壓迫脊髓或馬尾神經引起截癱或神經根受壓。這種情況多見於頸段及胸段脊椎。感染亦可波及蛛網膜引起蛛網膜炎。
（5）惡性變 化膿性骨髓炎發生惡變多見於病程長者。常見於病程在10年以上的中老年男性患者。
