一、病因
引起真菌性腸炎的病原主要是念珠菌，其次是曲菌、毛黴菌、組織胞漿菌、副球孢子菌和地絲菌等。偶見球孢子菌、馬爾尼菲青真菌和新型隱球菌。
念珠菌廣泛存在於自然界，也是人體正常菌群之一，為條件致病性真菌中的主要一屬，共有150餘種。其中以白念珠菌和熱帶念珠菌最常見，且致病性較強。念珠菌為雙相型真菌，酵母體呈卵圓形或圓形，帶有單個芽生孢子，直徑2.5～5µm，可相互連接形成假菌絲，菌絲體長為5～10µm，可見成串的孢子。在培養基上24h可形成較大的頂端厚壁孢子，而在含血清沙保培養基上37℃ 1～3h可見芽管形成。念珠菌胞壁上所含甘露糖蛋白是血清學診斷的靶抗原。
曲菌屬於子囊菌亞門，有性孢子為子囊孢子，無性孢子為分生孢子，但有些種單營無性生殖。曲菌共有132個種和18個亞種。致病菌主要是煙曲菌、黃曲菌、黑曲菌等10種。病灶中的曲菌孢子大小約3～4µm，形狀不整，密集成群。曲菌菌絲長短不一，多呈杆狀，有分隔，直徑較孢子稍大，菌絲呈銳角分支，並有多根菌絲朝同一方向反複分支的傾向，排列呈放射狀或珊瑚狀。
毛黴菌屬於接合菌亞門，有性孢子為接合孢子，無性孢子為孢子囊孢子。菌絲不分隔，較粗大，壁厚具有折光性。約為曲菌菌絲的2～3倍，呈直角分支，可見膨大細胞及彎曲菌絲;孢子囊柄直接由菌絲長出。致病菌以毛黴科中的根黴屬、毛黴屬、犁頭黴屬等3類最為常見，特別是根黴屬中的少根根黴和米根黴，常侵犯胃腸道。
組織胞漿菌有莢膜組織胞漿菌和非洲組織胞漿菌之分，屬不全菌亞門，為雙相型真菌。在組織內和37℃培養基中呈酵母型。直徑2～4µm;在室溫下生長緩慢，為白色菌絲集落，有典型的齒輪狀大分生孢子。菌絲分隔，傳染性很強。
副球孢子菌亦為雙相型，在自然環境中或在25℃沙保培養基上呈菌絲相生長，菌落小，鏡下可見寬1～2µm有分隔的分支菌絲，在菌絲兩側有圓形或卵圓形、約3～6µm大小的側生小分生孢子。在組織內或在37℃血瓊脂上呈酵母相生長，形成大的卵圓形或球形酵母體，直徑10～60µm，周圍環繞多個芽生孢子，小者1～2µm，大者10～30µm。
地絲菌為酵母樣真菌，屬於不全菌亞門，叢梗孢科，地黴屬。糞等標本直接塗片經10%氫氧化鉀溶液處理後，鏡下可見細的分隔菌絲，以及長方形關節孢子，約4μm×8µm大小，革蘭染色陽性，兩個關節孢子之間無間隙，有時關節孢子一角有芽管生出。偶見圓形孢子，胞壁增厚。
真菌性腸炎的發病誘因包括：
1.廣譜抗生素的應用引起腸道菌群失調。
2.糖皮質激素、免疫抑製藥、腫瘤化療或放療等導致機體免疫功能受損。
3.存在某些基礎疾病如慢性肝病、糖尿病、AIDS等。
4.腸道營養不良和手術創傷。
二、發病機製
真菌感染的發病機製較複雜，尚未完全清楚。感染的發生是病原菌與人體相互作用的結果。
1.機體方麵
免疫功能低下，尤其是細胞免疫功能受損，吞噬細胞的數量減少，趨化性喪失，殺菌力下降等，是真菌性腸炎發病的主要因素。條件致病性真菌感染的一個特點，就是常發生在有基礎疾病的患者，這些患者的共同之處就是免疫功能低下。
2.菌體方麵
如白念珠菌細胞壁含甘露糖，能加強其黏附力，且白念珠菌在組織內常呈菌絲體，與酵母體相比，不易被巨噬細胞吞噬。又如莢膜組織胞漿菌被巨噬細胞吞噬後，不易被殺死，可在巨噬細胞內繁殖，導致感染播散。而曲菌內毒素和溶蛋白酶(類胰蛋白酶)則可導致感染灶周圍組織壞死。此外，一次攝入的真菌數量亦可成為感染發生的決定因素。如Krause曾給健康人口服1012CFU(菌落形成單位)的白念珠菌，數小時後發生腸道感染，隨後出現念珠菌菌血症。
3.醫源性因素
如應用廣譜抗生素導致腸道菌群失調，條件致病性真菌過度生長，或腸道手術增加了感染機會。
真菌性腸炎之病理變化，主要見於真菌侵襲腸壁各層。毛黴菌、曲菌和少數由白色念珠菌所致的腸炎，而且還可侵犯漿膜下層及腸係膜的小動脈和小靜脈，破壞管壁引起真菌性脈管炎和真菌性血栓的形成。這些病變在毛黴菌感染時尤為突出。本病有時還可由兩種真菌混合感染，如白色念珠菌合並毛黴菌，或白色念珠菌合並曲菌感染。因此病理檢查時，最好同時結合真菌培養，對病原菌進行分離鑒定，有利於診斷。而真菌感染所引起的肉芽腫和纖維性病灶，在真菌性腸炎中則少見。顯微鏡下所見：腸黏膜有局灶性壞死及潰瘍形成。潰瘍有的表淺，有的深達黏膜下層，有的表麵有假膜形成。假膜有大量的真菌、纖維蛋白、壞死組織及少量炎性細胞組成。腸壁各層，尤其是黏膜下層呈充血、水腫及炎性細胞浸潤。炎性細胞多少不一，以中性粒細胞為主，並有單核細胞和淋巴細胞。有時可見到膿腫。
