一、症狀
1.念珠菌腸炎
最常見，好發於兒童，尤其是營養不良或嚴重衰竭的嬰兒。主要表現為腹瀉，大便每天10～20次，呈水樣或豆腐渣樣，泡沫比較多且呈黃綠色，可伴有腹脹、低熱，甚至嘔吐，但腹痛少見。糞標本碘塗片可見大量出芽酵母和菌絲，培養多為白色念珠菌。患兒常伴有鵝口瘡。有基礎疾病的患者則往往於發病前有應用廣譜抗生素史。免疫缺陷患者易發展為播散性念珠菌病。如按一般細菌性腸炎治療，症狀反而加劇，腹瀉呈遷延性經過，常數月不愈，且愈後易複發。
2.曲菌腸炎
好發於有基礎疾病的體力勞動者，多為煙曲菌所致。由於煙曲菌並非腸道正常菌群，故感染是外源性的，往往繼發於肺曲菌病。曲菌有侵犯血管之傾向，菌絲可穿入血管壁導致血栓形成。曲菌腸炎的臨床表現以腹痛和血便為主，可引起消化道大出血，而腹瀉常不典型，也缺乏念珠菌腸炎的遷延性經過，侵犯血管後易發展為播散性曲菌病。
3.毛黴菌腸炎 因攝入被真菌孢子汙染的食物所致，好發於營養不良的兒童或有胃腸道慢性疾病的患者。臨床表現由於受累部位和感染程度的不同而差異較大。其特點是血管栓塞後引起黏膜潰瘍甚至穿孔的表現，多伴有胃的感染和胃潰瘍。可出現腹痛、腹瀉、嘔血和黑便，或腸穿孔導致腹膜炎，或侵入胃腸血管導致血行播散，病情發展快，病死率高。
4.組織胞漿菌腸炎
具有地方流行性，多見於艾滋病患者或兒童，因吸入或攝入來自汙染土壤中的孢子所致。臨床經過酷似局限性腸炎或潰瘍性結腸炎。起病緩慢，有發熱、消化不良、腹瀉、黑便、腹痛，有時嘔吐。常伴有肺部感染灶，但以腸炎為主要表現。
5.副球孢子菌腸炎
繼發於肺部感染灶或經血行播散而感染。本病亦具有地方流行性。主要見於巴西中部高原，經常接觸土壤的人群較易患此病。病變多在回盲部，引起有膿腫形成的潰瘍性肉芽腫。病原菌可通過淋巴播散至局部淋巴結、肝、脾。主要症狀是腹痛，右下腹可觸及腫塊，伴腹瀉、嘔吐，往往由於出現腹水和腹腔淋巴結腫大而易誤診為結核或腫瘤。
6.地絲菌腸炎
地絲菌和念珠菌相似，是一種內源性條件致病菌。地絲菌腸炎多見於有免疫缺陷的慢性病患者和應用免疫抑製藥、抗生素或糖皮質激素者。症狀有腹痛、腹瀉、膿血便或黏液便，與痢疾相似，但膿血便中可查到大量地絲菌和長方形關節孢子。患者多伴有口腔地絲菌病，類似鵝口瘡。
二、診斷標準
真菌性腸炎的診斷比較困難，臨床病例多數被漏診或誤診，有些直到屍檢時才被發現。一是由於臨床症狀一般不嚴重，缺乏特征性表現，少數甚至無明顯腹瀉，如曲菌腸炎;二是由於實驗室檢查中具確診意義的項目不多，有些項目又難以推廣應用。因此，真菌性腸炎的診斷需要運用多種方法，結合臨床經驗作綜合分析。
1.臨床診斷
組織胞漿菌和副球孢子菌腸炎具有地方流行性，患者多為流行區居民或曾去流行區旅行。條件致病性真菌在正常情況下不致病，隻有當人體免疫功能低下時才引起發病，如念珠菌、曲菌。若臨床表現不能用細菌性或病毒性感染來解釋，抗生素治療反而使症狀加劇，腹瀉遷延不愈，同時還存在與免疫功能低下有關的基礎疾病或其他誘因如廣譜抗生素和免疫抑製藥的應用等，應考慮真菌性腸炎的可能，及時作糞標本病原學檢查或腸鏡活檢。對腹瀉伴有鵝口瘡的患者更不可忽視，必要時應用抗真菌藥做診斷性治療。
2.病原學診斷
包括真菌形態學檢查和真菌培養。若糞標本直接鏡檢發現大量菌絲和孢子，並排除汙染因素可確診為真菌性腸炎。僅有少量孢子則可能為正常帶菌，意義不大。真菌培養需連續3次陽性並為同一菌種，結合臨床方可確診。對於雙相型真菌，需分別在25℃和37℃條件下培養並染色鏡檢。以鑒定真菌形態，或進一步做動物接種試驗以鑒定真菌的致病性。
3.病理學診斷
通過臨床診斷和病原學診斷仍不能確診的患者，腸鏡活檢是最後手段。在病理切片中找到菌絲和孢子，是真菌感染的直接證據，且曲菌、毛黴菌等真菌感染的病理變化又頗具特征，有診斷意義。腸活檢結果還可經動物接種試驗出現類似病理改變，來加以證實。
4.免疫學診斷
以檢測真菌循環抗原最具診斷意義，但往往因交叉反應而不能確定菌種。試驗陽性提示曾經感染，適用於流行病學調查，對急性感染的診斷價值不大。特異性檢測則常常由於患者伴有免疫功能低下而出現假陰性，應用範圍有限。
