一、檢查
1.病原學檢查
由於真菌廣泛分布於自然界，甚至空氣中也常有孢子飛揚，采集糞標本和檢查操作中，應盡可能減少汙染，標本要新鮮。有些真菌傳染性很強如莢膜組織胞漿菌，應注意安全防護，以免造成實驗室人員感染。
(1)直接鏡檢標本：
以10%氫氧化鉀或生理鹽水製片，高倍鏡下發現大量菌絲和孢子有診斷意義。對於雙相型真菌，僅查到孢子可能是正常帶菌。真菌性腸炎的6種常見病原多數情況下直接鏡檢即可鑒定，但孢子、菌絲和其他背景物質有時相互混淆，不易辨認。
①菌絲和孢子：菌絲粗細一致，除毛黴菌外均有分隔，可見不同角度的分支，細胞質均勻，內含大小不等的顆粒。孢子多為圓形或卵圓形，多數大小一致，邊緣整齊，可見細胞構造。
②細胞壁：在氫氧化鉀溶液處理的標本中，細胞壁常變寬，連接成弧狀，類似菌絲，但無菌絲的構造。
③石棉體：比菌絲更細，不分節，無菌絲顆粒。
④植物纖維：未消化的食物殘渣，邊緣不整，無分支。
⑤脂細胞：圓形，構造模糊，無細胞壁。
⑥磷脂小球：大小不一，形狀不整，無細胞構造。
⑦氫氧化鉀結晶：雪花樣或珊瑚狀，邊緣呈鋸齒形，折光性強。
⑧小水皰：圓形，透亮，無細胞構造。
(2)染色鏡檢常用的染色方法：
①革蘭染色：適用於念珠菌，孢子、菌絲染成藍色，但著色不均。
②過碘酸錫夫染色(PA5)：真菌孢子、菌絲均染成紅色。
③丫啶橙染色：熒光顯微鏡下真菌孢子呈亮綠色。
④吉姆薩染色和瑞特染色：適用於莢膜組織胞漿菌，染色前用甲醇固定，油鏡下菌體染成紅色，較小一端有出芽，菌體周圍有一圈莢膜樣結構，為此菌的細胞壁。通常菌體位於巨噬細胞或單核細胞內，少數位於細胞外。
⑤乳酸酚棉藍染色：適用於各種真菌培養塗片，菌體染成藍色。
(3)真菌培養：
糞標本直接鏡檢通常不容易確定菌種，需參考糞培養結果，觀察菌落形態，再挑取菌落染色後鏡檢。常用沙保培養基和血瓊脂培養基。對於雙相型真菌還需在不同溫度下(25℃或37℃)分別培養，以便觀察其形態改變。
①大培養：
是鑒別真菌的主要方法之一，可觀察菌落的生長情況。根據菌落的生長速度、形態、色澤等，初步判別菌種。
A.試管斜麵：用白金環刺破瓊脂平麵，分3點將標本接種於試管斜麵培養基上。此法不易汙染，但菌落較小。
B.培養皿：分3點將標本接種於平皿培養基中央，倒置後放恒溫箱中培養，每3天觀察1次菌落生長情況。
②小培養：
將大培養中生長較好的菌落接種在玻片培養基上。培養1～3天後，在顯微鏡下觀察菌體的特征。
A.點片法：先將少許培養基成形於載玻片中央，再將菌種接種於培養基邊緣。覆以蓋玻片，置於有U形管的玻璃平皿中，培養後於不同時間取出鏡下觀察或染色鏡檢。
B.壓片法：將菌種接種在試管斜麵或平皿培養基上，覆一蓋玻片，以便菌體向蓋玻片上生長，然後於適當時間取出置於載玻片上鏡檢。
2.組織病理學檢查
有些真菌屬於人腸道內正常菌群，如白念珠菌。且真菌汙染問題廣泛存在，所以糞標本病原學檢查的診斷價值有限，有時需結合腸鏡活檢結果綜合判斷。
(1)曲菌感染的病理變化：
具有診斷意義，包括：
①炎症：急性滲出性炎症。
②潰瘍形成：由於曲菌侵犯血管，引起血管破壞，出現血栓和組織壞死;潰瘍大小不一，形態各異，可深達肌層，底麵粗糙不平，有膿性滲出。
③肉芽腫：由上皮細胞和巨噬細胞組成，伴有中性粒細胞、淋巴細胞或漿細胞浸潤。
④化膿性改變：黏膜下小膿腫形成，大量中性粒細胞浸潤，其中可見菌絲。
(2)病理切片中發現真菌孢子和菌絲;
是侵襲性腸炎的直接證據，有肯定的診斷意義。染色方法包括：
①過碘酸錫夫染色：真菌呈紅色。
②烏洛托品銀染色：真菌呈黑色。
③丫啶橙熒光染色：真菌呈黃色或紅色熒光。
3.免疫學檢查
(1)真菌菌素皮膚試驗：
用念珠菌、曲菌、組織胞漿菌、副球孢子菌等真菌的菌素或菌苗，按不同的稀釋比例做皮膚過敏試驗，48h後出現直徑大於5mm硬結或紅斑為陽性，對於診斷臨床症狀不典型的患者，有參考價值。
(2)血清抗原檢測：
病原真菌被人體吞噬細胞等處理降解後，細胞壁和細胞漿抗原遊離於血循環中，未被清除者可經酶免疫法(EIA)、間接血凝試驗、免疫印跡法等檢測。加熱休克蛋白屬於真菌胞漿抗原。Walsh等對腫瘤並發侵襲型念珠菌病，於發病後24h內檢測有50%陽性，特異性高達96%。又如用ElA法檢測曲菌腸炎患者血清中的細胞壁抗原和能與刀豆素A結合的相關抗原，有早期診斷價值，定量檢測抗原水平達100μg/ml時，可對真菌培養陰性者做出確診。
(3)血清抗體檢測：
補體結合試驗對診斷組織胞漿菌腸炎有一定價值，可參考皮膚試驗結果綜合判斷以排除假陽性。間接熒光素標記抗體定量試驗可用於診斷念珠菌腸炎。此外，尚有對流免疫電泳、乳膠凝集試驗、ELA等常用方法，以後者最為敏感。但對於艾滋病等伴有免疫功能抑製的患者，抗體檢測容易出現假陰性。
(4)蝟集反應(cumping reaction)：
念珠菌病患者血清內有一種蝟集因子和抑製蝟集現象的幹擾物，前者可抑製由念珠菌在試管中的活力。血清蝟集反應在正常人普遍存在，但感染念珠菌後，由於幹擾物增多，蝟集現象被抑製。
4.動物接種試驗
對於糞標本真菌培養的菌落，其致病性如何，可進一步通過動物接種加以鑒定。
(1)接種方法：
刮取培養基上的菌落，研碎，加生理鹽水稍加震蕩，濾去菌絲，製成孢子混懸液，濃度為108/ml左右，注入動物體內。根據動物的大小及接種途徑，劑量0.2～1.0ml不等，可反複多次接種以加強對動物的致病性。
(2)動物的選擇與接種途徑：
因菌種不同，對動物的感染性也不同，應選擇適當的動物和不同的接種途徑：
①白念珠菌：選用兔靜脈注射或小鼠腹腔注射。
②曲菌：選用兔、小雞靜脈或腹腔注射。
③毛黴菌：選用兔靜脈注射。
④組織胞漿菌：菌液加5%胃黏液素，選用大鼠或小鼠腹腔注射。
⑤副球孢子菌：選用豚鼠睾丸內注射。
⑥地絲菌：對動物不致病。
(3)動物解剖：
解剖前將動物放入5%苯酚溶液中消毒，然後在無菌條件下檢查相應組織、器官的病理改變，並取病灶材料作直接塗片和真菌培養。解剖後的動物屍體應火化，不可土埋，以免致病真菌擴散。
利用氣相色譜法測定血清中真菌代謝產物或分解產物濃度，對診斷侵襲型真菌性腸炎有一定參考價值。如念珠菌胞壁上的甘露聚糖經水解後產生甘露糖，其血清濃度在念珠菌菌血症常大於800µg/ml，念珠菌腸炎在600～800µg/ml之間，正常人低於600 µg/ml。現代分子生物學技術飛速發展也為深部真菌病的診斷開辟了新的途徑。核配探針雜交和PCR技術，可測定真菌的特異性基因片段，敏感、快速，目前國內外均已開展。如Buchman等報道，念珠菌羊毛固醇去甲基酶的編碼基因，為真菌特異性基因片段，通過PCR法檢測可用於臨床診斷深部真菌病。
