乙腦鑒別診斷
1.中毒性菌痢
因乙腦發生在夏秋季，且多見於10歲以下兒童，故需與該季節發病較多的中毒性菌痢鑒別，後者起病急驟，發展迅速，於發病24h內出現高熱，驚厥，昏迷，休克甚至呼吸衰竭，此時臨床上尚未出現腹瀉及膿血便等腸道症狀，易與乙腦相混淆，但乙腦患者一般無上述迅猛發生的凶險症狀，而中毒性菌痢一般不出現腦膜刺激征，必要時可用生理鹽水灌腸，如獲得膿血樣便可作鏡檢和細菌培養以確診，特殊情況下可進行腦脊液檢查，中毒性菌痢腦脊液多無變化。
2.化膿性腦膜炎
其中樞神經係統症狀和體征與乙腦相似，但化膿性腦膜炎中的流行性腦脊髓膜炎患者多見於冬春季，大多有皮膚黏膜瘀點，腦脊液混濁，其中白細胞增多達數千至數萬，中性粒細胞多在90%以上，糖量減低，蛋白質含量明顯增高，腦脊液塗片及培養可獲得致病菌，乙腦有時尚需與其他早期化膿性腦膜炎及不徹底治療的化膿性腦膜炎鑒別，需參考發病季節，年齡，原發感染部位，並根據病情發展多次複查腦脊液，進行血及腦脊液培養，並結合臨床進行鑒別診斷。
3.結核性腦膜炎
無季節性，多有結核病史或結核病接觸史，嬰幼兒多無卡介苗接種史，起病緩慢，病程較長，腦膜刺激征較顯著，而腦症狀如意識障礙等較輕，且出現較晚，腦脊液外觀毛玻璃樣，白細胞分類以淋巴細胞為主，糖及氯化物含量減低，蛋白質含量增加，薄膜塗片時常可找到結核分枝杆菌，必要時作X線胸片檢查，眼底檢查及結核菌素試驗以鑒別之。
4.其他病毒所致腦炎
(1)腸道病毒所致腦膜腦炎：
目前發病率有增多之勢，夏秋乙腦流行季節中有20%～30%為其他病毒引起的腦炎，主要病原為柯薩奇及埃可病毒，這兩種腸道病毒引起的腦膜腦炎起病不如乙腦急，臨床表現較乙腦輕，中樞神經係統症狀不明顯，不發生明顯腦水腫及呼吸衰竭，預後良好，恢複後大多無後遺症。
(2)腦型脊髓灰質炎：
為脊髓灰質炎中罕見的臨床類型，其臨床表現酷似乙腦，起病急，高熱，昏迷，驚厥，瞳孔縮小，反應遲鈍，四肢肌張力增高，並可出現四肢痙攣性或強直性抽搐，病程進展迅速，病死率很高，流行季節亦在夏秋季，因此，需作血清學或病毒學檢查進行鑒別。
(3)腮腺炎腦炎：
在病毒性腦炎中較常見，多發生於冬春季，大多數有腮腺炎接觸史，腦炎往往在腮腺腫大後3～10天發生，少數在腮腺腫大前發生，亦可不發生腮腺腫大，血清澱粉酶測定及血清抗體檢測有助於鑒別診斷。
(4)單純皰疹病毒腦炎：
病情重，發展迅速，常有額葉及顳葉受損的定位症狀，腦電圖顯示局限性慢波，單純皰疹病毒性腦炎至今病死率仍在30%以上，存活者大多有不同程度後遺症，腦脊液測定抗體有助於診斷。
5.腦型瘧疾
不規則發熱，肝脾多腫大，血中可找到惡性瘧原蟲，腦脊液檢查基本正常。
6.其他
乙腦患者還應與其他發熱及有中樞神經係統症狀的疾病相鑒別，包括蛛網膜下腔出血，腦出血，腦血管栓塞，腦血管畸形等。
